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万見
- PDB-4nur: Crystal structure of thermostable alkylsulfatase SdsAP from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nur
タイトルCrystal structure of thermostable alkylsulfatase SdsAP from Pseudomonas sp. S9
要素PSdsA
キーワードHYDROLASE / dimerization fold / sulfatase / thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


protein dimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkyl sulfatase, dimerisation domain / Metallo-beta-lactamase domain / Alkyl sulfatase dimerisation domain / Alkyl sulfatase, C-terminal / Alkyl/aryl-sulfatase, dimerisation domain superfamily / Alkyl sulfatase dimerisation / Alkyl sulfatase C-terminal / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily ...Alkyl sulfatase, dimerisation domain / Metallo-beta-lactamase domain / Alkyl sulfatase dimerisation domain / Alkyl sulfatase, C-terminal / Alkyl/aryl-sulfatase, dimerisation domain superfamily / Alkyl sulfatase dimerisation / Alkyl sulfatase C-terminal / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Alpha Horseshoe / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas sp. S9 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Sun, L.F. / Su, Y.T. / Zhao, Y.H. / Cai, Z.X. / Wu, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of thermostable alkylsulfatase SdsAP from Pseudomonas sp. S9
著者: Wu, Y.K. / Sun, L.F.
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSdsA
B: PSdsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,7046
ポリマ－141,5242
非ポリマー1794
水25,6531424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10540 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area44570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.780, 76.656, 103.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PSdsA


分子量: 70762.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-674 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. S9 (バクテリア) / 株: S9 / 遺伝子: psdsA, sdsAP / プラスミド: pET-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2WP51
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.05M Magnesium acetate, 20%(v/w) PEG4000, pH 4.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 144084 / Num. obs: 137186 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.761→39.749 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.9003 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 6898 5.03 %RANDOM
Rwork0.1522 ---
obs0.1538 137186 99.53 %-
all-144084 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.525 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.49 Å2 / Biso mean: 22.8936 Å2 / Biso min: 5.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7388 Å20 Å20.2185 Å2
2---0.1536 Å2-0 Å2
3----0.5852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.761→39.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9962 0 4 1424 11390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08413842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6393750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.761-1.78130.28362090.2243835404489
1.7813-1.80230.27862260.22054258448499
1.8023-1.82430.23722220.204243664588100
1.8243-1.84730.22932300.190743194549100
1.8473-1.87170.24052200.185143684588100
1.8717-1.89730.22192540.172842594513100
1.8973-1.92440.2242330.16443734606100
1.9244-1.95310.19032030.154144144617100
1.9531-1.98360.18372330.149842844517100
1.9836-2.01620.19012260.153543904616100
2.0162-2.05090.19482180.156243234541100
2.0509-2.08820.19292260.153943474573100
2.0882-2.12840.17842420.149243874629100
2.1284-2.17180.17482200.152243184538100
2.1718-2.2190.20052550.147943654620100
2.219-2.27070.18262480.150943124560100
2.2707-2.32740.17862270.143443554582100
2.3274-2.39040.18452270.143443544581100
2.3904-2.46070.20112520.149543704622100
2.4607-2.54010.19022220.151643454567100
2.5401-2.63090.18022370.147643774614100
2.6309-2.73620.18082030.151244104613100
2.7362-2.86070.19512440.161943274571100
2.8607-3.01140.1972310.161543804611100
3.0114-3.20.20212560.160843724628100
3.2-3.4470.18632060.151744074613100
3.447-3.79360.15652390.146943804619100
3.7936-4.3420.14872060.127544164622100
4.342-5.46820.15362640.129944044668100
5.4682-39.75880.16572190.15574473469299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57860.2270.0510.84160.17910.90380.0216-0.0462-0.06870.0919-0.0069-0.14970.12280.155-0.00910.06780.021-0.01250.05320.00630.111187.801229.682785.275
20.5318-0.01860.00580.3539-0.04070.7169-0.00120.0305-0.0336-0.05870.0021-0.02880.059-0.01790.00170.0782-0.00690.00960.0263-0.00620.066373.237731.899271.8232
30.3301-0.1765-0.5860.33980.71271.7469-0.0425-0.0437-0.04380.0780.0026-0.00440.2248-0.06430.02970.1210.0115-0.0110.08610.03010.110261.914427.1232102.0543
40.5448-0.1353-0.10730.58570.09720.5727-0.01650.12390.0315-0.07090.09920.036-0.2768-0.2656-0.01980.02460.0756-0.01320.31160.0690.097737.852951.486477.2212
50.481-0.2481-0.13560.3382-0.10560.3846-0.05070.0067-0.04630.02660.07910.05880.0596-0.2344-0.01670.0634-0.0067-0.00670.18820.02770.082147.587534.381981.246
61.08240.7949-0.25951.0063-0.13150.40190.0460.15950.2204-0.16620.07450.0637-0.2387-0.2293-0.04070.16870.03440.00270.1320.03260.101363.535853.307359.9498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 42:285)A42 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 286:522)A286 - 522
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 523:674)A523 - 674
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 42:285)B42 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 286:522)B286 - 522
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 523:674)B523 - 674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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