PDB-4nu7: 2.05 Angstrom Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nu7

タイトル

2.05 Angstrom Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase from Toxoplasma gondii.

要素

Ribulose-phosphate 3-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM Barrel / ribulose-phosphate 3-epimerase

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Minasov, G. / Ruan, J. / Ngo, H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Front Cell Infect Microbiol / 年: 2018
タイトル: CSGID Solves Structures and Identifies Phenotypes for Five Enzymes in Toxoplasma gondii .
著者: Lykins, J.D. / Filippova, E.V. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Zhou, Y. / Dubrovska, I. / Flores, K.J. / Shuvalova, L.A. / Ruan, J. / El Bissati, K. / Dovgin, S. / Roberts, C.W. / Woods, S. ...

履歴

登録	2013年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2021年1月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nu7.cif.gz	373.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nu7.ent.gz	309.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nu7_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nu7_full_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示
XML形式データ	4nu7_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	4nu7_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nmlC 4nogC 4o0nC 4odiC 5bxiC 3qc3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n4m-3 2qyf-2 6wwa-1 2bdq-d 3r7c-2 5ldp-d 3vza-d 3ocd-1 4e3z-d 3ocd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP92047

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

D: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.510, 138.510, 349.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Ribulose-phosphate 3-epimerase 分子量: 26469.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ME49 / 遺伝子: RPE, TGVEG_004130 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMagic / 参照: UniProt: B9PPN9, ribulose-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: Protein: 7.4 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: Classics II (A1), 2M Ammonium sulfate, 0.1M Citric acid pH 3.5. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月18日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 81012 / Num. obs: 81012 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3999 / R_sym value: 0.615 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0046	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QC3

3qc3

解像度: 2.05→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 6.973 / SU ML: 0.093
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18685	4056	5 %	RANDOM
R_work	0.14941	-	-	-
all	0.15126	76865	-	-
obs	0.15126	76865	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0.06 Å²	-0 Å²
2-	-	0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6761	0	69	513	7343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	7266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.971	9877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.719	3	16162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.112	5	965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.956	24.502	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.142	15	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.199	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.021	8394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.834	2.197	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.833	2.196	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.73	3.274	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.732	3.275	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.164	2.58	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.997	2.537	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.703	3.654	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.956	19.247	8611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.737	18.505	8375

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	311	-
R_work	0.219	5594	-
obs	-	5594	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9112	-4.1803	-3.4015	6.2777	1.8958	2.4382	0.1179	-0.0869	0.2026	0.2114	0.0032	-0.4163	0.2236	0.0063	-0.121	0.3336	0.015	-0.0549	0.4132	-0.1219	0.1247	6.9149	31.136	55.2416
2	1.9083	-0.714	-0.7564	2.134	-0.4805	3.1438	-0.0534	-0.3847	0.1129	0.0979	0.1826	-0.2106	0.3102	0.1708	-0.1292	0.1496	0.019	-0.0066	0.1439	-0.0379	0.0377	6.989	27.382	48.5536
3	1.7692	0.1755	-0.1903	1.9942	-0.8827	2.5139	0.0816	-0.0274	0.0377	-0.2362	0.005	0.0619	0.2386	-0.1252	-0.0866	0.1411	-0.021	0.0158	0.0569	-0.0058	0.0113	-3.6587	30.6507	37.5566
4	2.4263	0.2855	0.0145	5.8118	0.1514	2.1836	0.1434	-0.1723	0.1116	-0.3222	-0.089	0.3598	-0.098	-0.3009	-0.0544	0.1365	0.0037	0.0079	0.1347	-0.0288	0.039	-8.1267	37.2447	42.1286
5	2.7141	-0.3552	-0.29	2.9886	0.5065	3.5831	0.0974	-0.3975	0.4817	0.0581	0.0254	-0.1382	-0.4398	0.0001	-0.1228	0.1938	-0.0275	0.0566	0.1574	-0.1281	0.1277	-0.3422	45.347	51.1503
6	4.7526	-2.2466	-2.4459	5.9583	0.9994	5.7141	-0.0547	-0.6219	0.291	0.3655	0.2568	-0.5066	-0.0585	0.5942	-0.2021	0.234	-0.0099	-0.0377	0.4493	-0.2233	0.1442	6.6558	39.466	62.901
7	4.9645	1.738	3.5314	1.8227	1.3034	6.7689	0.1125	-0.1078	-0.3974	-0.102	0.0103	-0.2194	0.2027	-0.0612	-0.1228	0.1092	-0.0447	-0.03	0.0245	0.0143	0.0688	23.8946	62.2353	18.7339
8	2.9654	1.3992	-0.1569	1.1242	0.0271	1.4621	-0.0389	-0.0036	-0.3387	-0.0358	0.0052	-0.2675	0.1447	-0.0777	0.0336	0.1075	-0.0227	-0.0265	0.0477	0.0002	0.0816	19.5726	55.0357	20.184
9	1.7656	0.4124	-0.2754	3.3921	0.1827	2.2042	0.105	-0.4307	-0.4755	0.3695	-0.2421	-0.2149	0.32	-0.1356	0.137	0.1555	-0.0704	-0.0569	0.141	0.1053	0.1526	20.3373	49.4217	34.0642
10	1.4613	-0.2219	1.3433	4.0337	-0.3563	2.9584	0.2075	-0.372	-0.1122	0.2257	-0.1311	-0.0936	-0.0516	-0.2561	-0.0764	0.197	-0.07	-0.0574	0.2018	0.0541	0.0247	19.5212	63.8198	37.087
11	1.4184	0.7036	0.9389	2.4513	-1.1603	3.3648	0.0542	-0.2944	-0.1038	0.2992	-0.0628	-0.1699	-0.2651	-0.0977	0.0085	0.1468	-0.0355	-0.0656	0.1125	0.0363	0.0396	25.7758	68.3559	32.28
12	3.6426	2.3714	-0.1411	4.6616	-0.0899	4.227	0.0519	-0.0681	-0.1054	0.1419	0.0416	-0.0293	0.0257	-0.0137	-0.0935	0.1331	-0.0611	-0.0566	0.0366	0.0289	0.0319	27.7999	73.1262	20.6938
13	4.9528	-2.7568	-2.3769	3.0185	2.0987	4.8407	0.1236	-0.1637	0.5027	0.0721	0.0718	-0.4266	-0.1163	-0.0433	-0.1954	0.162	0.039	0.0421	0.0258	-0.0162	0.1163	26.2379	14.5723	41.1141
14	2.1887	-1.6632	0.28	2.6041	-0.0914	1.7717	0.0979	-0.0546	0.4927	-0.1519	-0.0828	-0.5847	-0.0702	0.0083	-0.0151	0.159	0.008	0.1019	0.0261	-0.004	0.1868	21.7258	26.4421	33.6857
15	10.8578	1.9555	9.0374	3.0703	2.7974	11.5518	0.1946	0.6594	1.3851	-0.6873	-0.554	-0.7913	-0.5416	0.4845	0.3594	0.5579	0.113	0.3435	0.2873	0.2534	0.6772	27.638	32.1272	20.3415
16	5.4395	2.326	-0.053	7.3406	2.9543	7.0414	0.502	0.4115	0.0594	-0.6854	-0.2195	-0.6139	-0.1288	-0.199	-0.2824	0.3105	0.1563	0.2032	0.0884	0.0994	0.1583	23.4142	21.4247	20.4855
17	1.6425	-0.961	-0.4571	1.3399	-0.2221	1.1207	0.2144	0.1762	0.1063	-0.3224	-0.1244	-0.2205	0.143	-0.0425	-0.09	0.2808	0.0546	0.1094	0.072	0.0264	0.1044	24.0183	11.4034	24.4952
18	1.905	-1.3719	-1.5624	4.9099	-1.3899	8.6909	0.1884	-0.07	0.2549	-0.2411	-0.1032	-0.1925	0.1333	0.1906	-0.0852	0.2059	0.0623	0.065	0.032	0.0062	0.0652	29.5826	3.6526	35.7466
19	6.6188	3.9506	3.3159	5.0986	0.9374	2.6212	-0.0577	0.0973	-0.238	-0.1178	0.0248	-0.2352	-0.2214	-0.1674	0.0329	0.156	-0.0036	0.0251	0.2734	-0.1394	0.0978	3.1296	48.3024	2.8757
20	2.1714	0.9129	-0.0902	1.5706	-0.8224	2.3061	0.0366	0.2766	-0.1592	0.0015	0.0446	-0.1047	-0.2216	0.1877	-0.0812	0.0875	-0.0358	0.023	0.0892	-0.0394	0.0241	3.8467	52.1131	10.033
21	2.5216	0.0274	-0.1897	1.722	-1.1259	2.6523	0.056	-0.1221	-0.1076	0.1873	-0.0201	0.059	-0.2484	-0.0278	-0.0358	0.1117	-0.0056	0.0133	0.0345	0.0009	0.0081	-7.3246	50.0125	20.6102
22	2.9232	0.134	-0.2266	5.7265	-0.0992	2.1029	0.1183	0.182	-0.2623	0.2794	-0.0889	0.3121	0.0955	-0.2351	-0.0293	0.0954	-0.0221	0.0232	0.0732	-0.0373	0.0567	-11.6632	43.5733	15.582
23	3.2545	0.2175	-0.1392	1.6804	-0.0143	3.634	0.0177	0.37	-0.575	-0.0801	0.0099	-0.1578	0.4058	-0.0031	-0.0276	0.1491	-0.0183	0.0118	0.0864	-0.1214	0.1865	-4.6675	34.5931	7.0637
24	2.6745	2.6569	1.3007	3.9656	1.9826	5.6214	-0.149	0.5346	-0.5624	-0.1537	0.3329	-0.4784	0.049	0.2643	-0.1838	0.1048	-0.029	0.0454	0.3133	-0.2275	0.1873	3.2262	40.1747	-4.1489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	112 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	145 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	205 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	4 - 26
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	27 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	76 - 129
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	130 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	169 - 207
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	208 - 228
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	4 - 33
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	34 - 102
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	103 - 115
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	116 - 134
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	135 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	209 - 230
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	3 - 26
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	27 - 72
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	73 - 111
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	112 - 146
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	147 - 202
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	203 - 228

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)