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万見
- PDB-4ntw: Structure of acid-sensing ion channel in complex with snake toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ntw
タイトルStructure of acid-sensing ion channel in complex with snake toxin
要素
  • Acid-sensing ion channel 1
  • Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
  • Neurotoxin MitTx-alpha
キーワードTRANSPORT PROTEIN/TOXIN / Kunitz / phospholipase A2-like / ion channel / nociception / membrane / TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / phospholipid metabolic process ...pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel ...Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha / Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta / Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Micrurus tener tener (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Baconguis, I. / Bohlen, C.J. / Goehring, A. / Julius, D. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of Acid-sensing ion channel 1-snake toxin complex reveals open state of a na(+)-selective channel.
著者: Baconguis, I. / Bohlen, C.J. / Goehring, A. / Julius, D. / Gouaux, E.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,04210
ポリマ－72,2133
非ポリマー8297
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
2
A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子

A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子

A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,12630
ポリマ－216,6399
非ポリマー2,48821
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area29360 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area73600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.930, 151.930, 123.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-776-

HOH

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal


分子量: 51327.352 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2 / 細胞株 (発現宿主): human embryonic kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q1XA76
#2: タンパク質 Neurotoxin MitTx-alpha


分子量: 7117.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrurus tener tener (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I929
#3: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta / svPLA2 homolog / MitTx-beta


分子量: 13767.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrurus tener tener (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I930

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糖 , 1種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 328分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細MODIFIED RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50 mM sodium acetate, 22-25% PEG 400, 10 mM magnesium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→28 Å / Num. obs: 70881 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 70881 / % possible all: 57.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1402)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→28 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 6124 5.01 %random
Rwork0.2064 ---
obs0.2083 70881 94.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4637 0 51 323 5011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0896498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5271740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.09350.34421740.30553362X-RAY DIFFRACTION84
2.0935-2.11810.31011940.29873740X-RAY DIFFRACTION90
2.1181-2.1440.31421920.29663722X-RAY DIFFRACTION90
2.144-2.17110.34081920.29133713X-RAY DIFFRACTION91
2.1711-2.19970.30882050.28023808X-RAY DIFFRACTION91
2.1997-2.22980.28731940.27023698X-RAY DIFFRACTION92
2.2298-2.26160.30342020.26633757X-RAY DIFFRACTION91
2.2616-2.29540.32831980.27563716X-RAY DIFFRACTION91
2.2954-2.33120.28952030.2623730X-RAY DIFFRACTION91
2.3312-2.36940.31511920.25513784X-RAY DIFFRACTION92
2.3694-2.41020.30492040.25493762X-RAY DIFFRACTION92
2.4102-2.4540.30242040.24863776X-RAY DIFFRACTION92
2.454-2.50120.2651990.24183785X-RAY DIFFRACTION93
2.5012-2.55220.28342060.23393913X-RAY DIFFRACTION93
2.5522-2.60770.29082000.23363795X-RAY DIFFRACTION93
2.6077-2.66830.26382020.22313842X-RAY DIFFRACTION94
2.6683-2.7350.28042050.22123917X-RAY DIFFRACTION94
2.735-2.80890.26282060.21653888X-RAY DIFFRACTION95
2.8089-2.89140.21362100.2163908X-RAY DIFFRACTION96
2.8914-2.98470.29992060.23263948X-RAY DIFFRACTION96
2.9847-3.09120.30452100.23644052X-RAY DIFFRACTION98
3.0912-3.21480.27522140.21694019X-RAY DIFFRACTION98
3.2148-3.36090.26232140.21144075X-RAY DIFFRACTION99
3.3609-3.53780.25712140.2064069X-RAY DIFFRACTION99
3.5378-3.75890.21912150.19064104X-RAY DIFFRACTION99
3.7589-4.04840.23472120.18084035X-RAY DIFFRACTION99
4.0484-4.45430.17542150.15874107X-RAY DIFFRACTION99
4.4543-5.09550.19422140.16284083X-RAY DIFFRACTION99
5.0955-6.40710.2262160.18444050X-RAY DIFFRACTION99
6.4071-28.00630.21832120.18924028X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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