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万見
- PDB-4ntp: Crystal structure of macrocycles containing A 17-23 (LV(PHI)FAED)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ntp
タイトルCrystal structure of macrocycles containing A 17-23 (LV(PHI)FAED) and A 30-36 (AII(SAR)L(ORN)V)
要素Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
キーワードde novo protein / protein binding / beta-sheet / beta-hairpin / amyloid / Phe19 changed to p-iodo-phenylalanine
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.987 Å
データ登録者Nowick, J.S. / Spencer, R.K. / Li, H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: X-ray crystallographic structures of trimers and higher-order oligomeric assemblies of a peptide derived from A beta (17-36).
著者: Spencer, R.K. / Li, H. / Nowick, J.S.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32020年10月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / reflns_shell ...pdbx_validate_polymer_linkage / reflns_shell / struct_conn / struct_site
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
B: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
C: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
D: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
E: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
F: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
G: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
H: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
I: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
J: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
K: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
L: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
M: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
N: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
O: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
P: Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,44823
ポリマ－30,22416
非ポリマー2237
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.180, 68.180, 170.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-216-

HOH

21E-219-

HOH

31H-215-

HOH

41H-216-

HOH

51H-218-

HOH

61O-117-

HOH

71O-122-

HOH

詳細Trimer occurs along a 3-fold axis perpendicular to the β-sheets. / Two trimer units associate along the 3-fold axis / Four timer units associate along the trimer apex.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Cyclic hexadecapeptide (ORN)LV(PHI)FAED(ORN)AII(SAR)L(ORN)V


分子量: 1889.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% Jeffamine M-600, 0.1 M HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月12日
放射モノクロメーター: VARIMAX VHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.987→34.09 Å / Num. all: 20197 / Num. obs: 20197 / % possible obs: 99.11 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1366 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 22.24
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.987-2.040.4852.23054178.5
2.04-2.090.4063.6629141100
2.09-2.160.364.4929161100
2.16-2.220.3295.3926821100
2.22-2.290.316627291100
2.29-2.370.2517.6426101100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.987→34.09 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Phe-I residues were refined as anisotropic
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 1996 4.98 %XDS 5%
Rwork0.2068 ---
obs0.209 18823 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.987→34.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 0 7 287 2294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2232720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.15960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.987-2.03660.2471260.23562159X-RAY DIFFRACTION78
2.0366-2.09170.22061420.22292712X-RAY DIFFRACTION100
2.0917-2.15320.28431340.22282802X-RAY DIFFRACTION100
2.1532-2.22270.27211360.22012762X-RAY DIFFRACTION100
2.2227-2.30220.27741500.22292771X-RAY DIFFRACTION100
2.3022-2.39430.30211520.22632724X-RAY DIFFRACTION100
2.3943-2.50330.3151540.2332752X-RAY DIFFRACTION100
2.5033-2.63520.3141360.23442818X-RAY DIFFRACTION100
2.6352-2.80020.27381340.23352746X-RAY DIFFRACTION100
2.8002-3.01630.31311440.21082778X-RAY DIFFRACTION100
3.0163-3.31960.23791340.20812750X-RAY DIFFRACTION100
3.3196-3.79940.21061600.19472776X-RAY DIFFRACTION100
3.7994-4.78480.18961200.16362786X-RAY DIFFRACTION100
4.7848-34.0950.22991740.20682709X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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