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- PDB-4nto: Crystal structure of D60A mutant of Arabidopsis ACD11 (accelerate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nto
タイトルCrystal structure of D60A mutant of Arabidopsis ACD11 (accelerated-cell-death 11) complexed with C2 ceramide-1-phosphate (d18:1/2:0) at 2.15 Angstrom resolution
要素accelerated-cell-death 11
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein-lipid complexes / pi-bulge / GLTP-fold / lipid transfer protein / cell death / ceramide-1-phosphate / C1P
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin transfer activity / response to salicylic acid / cell death / defense response to bacterium / lipid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycolipid transfer protein domain / Glycolipid transfer protein superfamily / Glycolipid transfer protein (GLTP) / Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PW / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Accelerated cell death 11
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.152 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Brown, R.E. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Arabidopsis Accelerated Cell Death 11, ACD11, Is a Ceramide-1-Phosphate Transfer Protein and Intermediary Regulator of Phytoceramide Levels.
著者: Simanshu, D.K. / Zhai, X. / Munch, D. / Hofius, D. / Markham, J.E. / Bielawski, J. / Bielawska, A. / Malinina, L. / Molotkovsky, J.G. / Mundy, J.W. / Patel, D.J. / Brown, R.E.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: accelerated-cell-death 11
B: accelerated-cell-death 11
C: accelerated-cell-death 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,00211
ポリマ－68,2603
非ポリマー2,7418
水5,639313
1
A: accelerated-cell-death 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7034
ポリマ－22,7531
非ポリマー9493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: accelerated-cell-death 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7034
ポリマ－22,7531
非ポリマー9493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: accelerated-cell-death 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5963
ポリマ－22,7531
非ポリマー8432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.820, 103.574, 165.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-463-

HOH

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要素

#1: タンパク質 accelerated-cell-death 11 / Glycolipid transfer protein / At2g34690


分子量: 22753.471 Da / 分子数: 3 / 変異: D60A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ACD11, AT2G34690 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O64587
#2: 化合物
ChemComp-1PW / (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / C2-セラミド1-ホスファ-ト


分子量: 421.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 42665 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 39.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.562 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.234.20.60742290.7631100
2.23-2.324.20.47842171.05199.7
2.32-2.424.30.32342670.9731100
2.42-2.554.30.24242521.072199.9
2.55-2.714.40.18642531.316199.7
2.71-2.924.40.13142601.481199.8
2.92-3.214.30.142541.848199.6
3.21-3.684.30.07343002.47199.2
3.68-4.634.20.0642753.137198.7
4.63-504.20.03143581.51196.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NT1

4nt1


解像度: 2.152→35.411 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.8101 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 2000 4.69 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1981 42653 99.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.98 Å2 / Biso mean: 41.5039 Å2 / Biso min: 16.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.152→35.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 168 313 5099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0936573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7971846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.152-2.2290.31151940.26783937413197
2.229-2.31820.30791980.251840344232100
2.3182-2.42370.28852010.235440704271100
2.4237-2.55140.30052000.225540704270100
2.5514-2.71120.27281990.224340614260100
2.7112-2.92050.27852000.220540694269100
2.9205-3.21420.28572000.226340654265100
3.2142-3.67890.23652020.1954100430299
3.6789-4.63340.18712010.15844088428999
4.6334-35.41610.20552050.17124159436497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.8167 Å / Origin y: -6.2889 Å / Origin z: 41.2296 Å
111213212223313233
T0.2047 Å20.0016 Å2-0.0321 Å2-0.1955 Å20.0546 Å2--0.2188 Å2
L0.3827 °20.2561 °20.1826 °2-0.1061 °20.3033 °2--0.3255 °2
S0.0261 Å °-0.0526 Å °-0.1447 Å °-0.0553 Å °0.0199 Å °-0.1287 Å °0.0206 Å °-0.016 Å °0.0022 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 549
2X-RAY DIFFRACTION1allC7 - 473
3X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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