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- PDB-4nsy: Wild-type lysobacter enzymogenes lysc endoproteinase covalently i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nsy
タイトルWild-type lysobacter enzymogenes lysc endoproteinase covalently inhibited by TLCK
要素Lysyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / ENDOPROTEINASE / AROMATIC STACK / ATOMIC RESOLUTION / SERINE PROTEASE / CATALYTIC TRIAD / COVALENT INHIBITION / TLCK / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysyl endopeptidase / serine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(2S,3S)-7-AMINO-1-CHLORO-2-HYDROXYHEPTAN-3-YL]-4-METHYLBENZENESULFONAMIDE (BOUND FORM) / Chem-2OY / Lysyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lysobacter enzymogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Asztalos, P. / Muller, A. / Holke, W. / Sobek, H. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Atomic resolution structure of a lysine-specific endoproteinase from Lysobacter enzymogenes suggests a hydroxyl group bound to the oxyanion hole.
著者: Asztalos, P. / Muller, A. / Holke, W. / Sobek, H. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysyl endopeptidase
B: Lysyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2638
ポリマ－57,4422
非ポリマー8216
水17,366964
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.579, 135.810, 45.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lysyl endopeptidase / Lys-C


分子量: 28721.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lysobacter enzymogenes (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7M135, lysyl endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-2OY / N-[(2S,3S)-7-amino-1-chloro-2-hydroxyheptan-3-yl]-4-methylbenzenesulfonamide (Bound Form) / Tosyllysine Chloromethyl Ketone (Bound Form)


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 334.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23ClN2O3S
参照: N-[(2S,3S)-7-AMINO-1-CHLORO-2-HYDROXYHEPTAN-3-YL]-4-METHYLBENZENESULFONAMIDE (BOUND FORM)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
211
反射解像度: 1.1→37.6 Å / Num. obs: 182416 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.10728 / Net I/σ(I): 6.2978
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.95205 / Mean I/σ(I) obs: 1.0009 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1520)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ARB

1arb


解像度: 1.1→33.993 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 8425 5.02 %random
Rwork0.164 ---
obs0.1662 182401 94.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→33.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3870 0 44 964 4878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1985580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2821411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11250.36592530.33094780X-RAY DIFFRACTION79
1.1125-1.12560.33552640.29835144X-RAY DIFFRACTION84
1.1256-1.13930.3243080.29095320X-RAY DIFFRACTION87
1.1393-1.15370.32072680.2845383X-RAY DIFFRACTION89
1.1537-1.16890.30833120.26845430X-RAY DIFFRACTION89
1.1689-1.18490.31932720.24375438X-RAY DIFFRACTION90
1.1849-1.20190.27792750.24145571X-RAY DIFFRACTION90
1.2019-1.21980.2682940.23695507X-RAY DIFFRACTION92
1.2198-1.23890.28563000.22725601X-RAY DIFFRACTION92
1.2389-1.25920.27662950.21455705X-RAY DIFFRACTION94
1.2592-1.28090.26532730.20925719X-RAY DIFFRACTION93
1.2809-1.30420.25573050.19175764X-RAY DIFFRACTION95
1.3042-1.32930.23423140.19365795X-RAY DIFFRACTION95
1.3293-1.35640.25293040.18515885X-RAY DIFFRACTION97
1.3564-1.38590.21913110.1855905X-RAY DIFFRACTION97
1.3859-1.41810.25022790.17836003X-RAY DIFFRACTION97
1.4181-1.45360.20263110.15735934X-RAY DIFFRACTION98
1.4536-1.49290.20532990.14565956X-RAY DIFFRACTION98
1.4929-1.53680.19432920.14275984X-RAY DIFFRACTION98
1.5368-1.58640.20093360.13946024X-RAY DIFFRACTION99
1.5864-1.64310.17493260.13936018X-RAY DIFFRACTION99
1.6431-1.70890.19453060.14266037X-RAY DIFFRACTION99
1.7089-1.78670.1883370.13886026X-RAY DIFFRACTION99
1.7867-1.88090.16923310.13726060X-RAY DIFFRACTION99
1.8809-1.99870.18963530.13836006X-RAY DIFFRACTION99
1.9987-2.1530.17753060.1386063X-RAY DIFFRACTION99
2.153-2.36960.18233290.14176045X-RAY DIFFRACTION99
2.3696-2.71240.19743400.14346032X-RAY DIFFRACTION99
2.7124-3.41680.19023200.14766030X-RAY DIFFRACTION99
3.4168-34.00950.17593350.14916088X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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