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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nsm | ||||||
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タイトル | crystal structure of the streptococcal collagen-like protein 2 globular domain from invasive M3-type group A Streptococcus | ||||||
![]() | Collagen-like protein SclB | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / six-helix bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2770 / : / M protein-type anchor domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / LPXTG cell wall anchor motif / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Berisio, R. / Squeglia, F. / Lukomski, S. / Bachert, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of the Streptococcal Collagen-like Protein 2 Globular Domain from Invasive M3-type Group A Streptococcus Shows Significant Similarity to Immunomodulatory HIV Protein gp41. 著者: Squeglia, F. / Bachert, B. / De Simone, A. / Lukomski, S. / Berisio, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10119.227 Da / 分子数: 1 / 断片: V domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-595 / MGAS315 / 遺伝子: sclB, SpyM3_0738 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M Ammonium sulfate, 0.05M BIS-TRIS pH 6.5, 30% v/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月12日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→30 Å / Num. all: 13802 / Num. obs: 13802 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / % possible all: 86.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.793 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→14.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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