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- PDB-1r0n: Crystal Structure of Heterodimeric Ecdsyone receptor DNA binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r0n
タイトルCrystal Structure of Heterodimeric Ecdsyone receptor DNA binding complex
要素
  • Ecdsyone Response Element
  • Ecdysone Response Element
  • Ecdysone receptor
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTranscription/DNA / Ecdysone receptor / nuclear receptor / DNA binding domain / Ultraspiracle / RXR / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


repressor ecdysone receptor complex / ecdysis, chitin-based cuticle / larval wandering behavior / regulation of Malpighian tubule diameter / regulation of neuron remodeling / compound eye photoreceptor fate commitment / larval development / ecdysone receptor holocomplex / activator ecdysone receptor complex / dorsal vessel heart proper cell fate commitment ...repressor ecdysone receptor complex / ecdysis, chitin-based cuticle / larval wandering behavior / regulation of Malpighian tubule diameter / regulation of neuron remodeling / compound eye photoreceptor fate commitment / larval development / ecdysone receptor holocomplex / activator ecdysone receptor complex / dorsal vessel heart proper cell fate commitment / hatching / regulation of hemocyte proliferation / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histoblast morphogenesis / chitin-based cuticle development / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / Malpighian tubule morphogenesis / response to ecdysone / larval central nervous system remodeling / VLDLR internalisation and degradation / ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / germ-band shortening / head involution / pupariation / cardioblast differentiation / regulation of development, heterochronic / positive regulation of neuron remodeling / mushroom body development / metamorphosis / border follicle cell migration / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / autophagic cell death / polytene chromosome / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / peripheral nervous system development / regulation of cellular respiration / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / cardiac muscle tissue development / Signaling by Retinoic Acid / dendrite morphogenesis / DNA binding domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / phagocytosis, engulfment / oogenesis / neuron remodeling / nuclear steroid receptor activity / LBD domain binding / germ cell development / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / epidermis development / long-term memory / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / regulation of macroautophagy / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / Recycling of bile acids and salts / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / steroid binding / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / peptide binding / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / determination of adult lifespan / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to cocaine / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Ecdysone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Devarakonda, S. / Harp, J.M. / Kim, Y. / Ozyhar, A. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structure of the heterodimeric Ecdysone Receptor DNA-binding complex
著者: Devarakonda, S. / Harp, J.M. / Kim, Y. / Ozyhar, A. / Rastinejad, F.
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ecdsyone Response Element
D: Ecdysone Response Element
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Ecdysone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1878
ポリマ－32,9254
非ポリマー2624
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.620, 60.260, 115.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the macromolecular complex in the asymmetric unit and consists of two DNA binding domains (EcR and RXR), bound to an ecdysone response element (IR-1)

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 Ecdsyone Response Element


分子量: 5501.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 Ecdysone Response Element


分子量: 5492.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha


分子量: 9375.969 Da / 分子数: 1 / Fragment: Retinoid X Receptor DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P19793
#4: タンパク質 Ecdysone receptor / Ecdysteroid receptor / 20-hydroxy-ecdysone receptor / 20E receptor


分子量: 12554.819 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ecdsyone Receptor DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ECR / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P34021

-
非ポリマー , 2種, 108分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: PEG 3350, Lithium Sulfate, Magnesium Sulfate, DTT, Magnesium Chloride, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 282K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Lithium Sulfate11
3Magnesium Sulfate11
4DTT11
5Magnesium Chloride11
6MES11
7H2O11
8PEG 335012
9Magnesium Sulfate12
10DTT12
11Magnesium Chloride12
12MES12
13H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Zhao, Q., (2000) J.Mol.Biol., 296, 509.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mMTris1drop
20.9 mMprotein1drop
30.45 mMDNA1drop
418-23 %PEG33501reservoir
525 mMTris1reservoir
65 mM1reservoirMgCl2
7400 mM1reservoirNH4Cl
81
91
101
111
121
131

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2834, 1.2837, 1.2155
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月26日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28341
21.28371
31.21551
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 12840 / Num. obs: 12403 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 110 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 86.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 11884 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 683925.45 / Data cutoff high rms absF: 683925.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 739 6.7 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.26 12403 --
obs0.233 10992 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.3423 Å2 / ksol: 0.28339 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.05 Å20 Å20 Å2
2---2.61 Å20 Å2
3----12.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.39 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1301 729 4 104 2138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 86 5.9 %
Rwork0.346 1382 -
obs--72.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.282 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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