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- PDB-4nsd: Crystal Structure of CBARA1 in the Ca2+ Binding Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nsd
タイトルCrystal Structure of CBARA1 in the Ca2+ Binding Form
要素Calcium uptake protein 1, mitochondrial
キーワードCalcium Binding protein / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial crista junction / positive regulation of cristae formation / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity ...mitochondrial crista junction / positive regulation of cristae formation / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity / calcium import into the mitochondrion / cellular response to calcium ion starvation / calcium ion import / calcium channel inhibitor activity / calcium channel complex / cellular response to calcium ion / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / defense response / mitochondrial inner membrane / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, L. / Yang, X. / Li, S. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Structural and mechanistic insights into MICU1 regulation of mitochondrial calcium uptake.
著者: Wang, L. / Yang, X. / Li, S. / Wang, Z. / Liu, Y. / Feng, J. / Zhu, Y. / Shen, Y.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,54611
ポリマ－80,9602
非ポリマー5869
水54030
1
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1928
ポリマ－80,9602
非ポリマー2316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PISA
2
B: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,90114
ポリマ－80,9602
非ポリマー94012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area4190 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area29640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.283, 105.804, 156.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

CL

21B-602-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 40480.199 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 97-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 43% reservoir solution composed of (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 22761 / Num. obs: 22533 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 %
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→32.38 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 2 / 位相誤差: 30.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 1138 5.14 %
Rwork0.212 --
obs0.216 22144 96.2 %
all-22761 -
溶媒の処理減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.47 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7278 Å20 Å20 Å2
2--0.9471 Å2-0 Å2
3---1.7808 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4531 0 30 30 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0856268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9061678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.8250.41241160.3012402X-RAY DIFFRACTION89
2.825-2.97380.3721330.25492507X-RAY DIFFRACTION93
2.9738-3.160.31831420.22212545X-RAY DIFFRACTION95
3.16-3.40370.31911500.2242620X-RAY DIFFRACTION97
3.4037-3.74580.281390.20472669X-RAY DIFFRACTION98
3.7458-4.28680.24781490.18442718X-RAY DIFFRACTION99
4.2868-5.39680.23971510.17932717X-RAY DIFFRACTION99
5.3968-32.38370.27981580.22922828X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8581 Å / Origin y: -10.9619 Å / Origin z: -19.7357 Å
111213212223313233
T0.11 Å20.0546 Å20.0046 Å2-0.0805 Å20.0023 Å2--0.0443 Å2
L0.5562 °2-0.354 °2-0.1782 °2-0.4862 °20.1443 °2--0.3158 °2
S-0.0087 Å °-0.0604 Å °-0.0253 Å °0.0799 Å °-0.0436 Å °-0.0282 Å °0.0347 Å °-0.0609 Å °0.0538 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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