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- PDB-4nsc: Crystal Structure of CBARA1 in the Apo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nsc
タイトルCrystal Structure of CBARA1 in the Apo-form
要素Calcium uptake protein 1, mitochondrial
キーワードCalcium Binding protein / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial crista junction / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion ...mitochondrial crista junction / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium ion sensor activity / cellular response to calcium ion starvation / calcium ion import / calcium channel inhibitor activity / calcium channel complex / calcium channel regulator activity / cellular response to calcium ion / defense response / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, L. / Yang, X. / Li, S. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Structural and mechanistic insights into MICU1 regulation of mitochondrial calcium uptake.
著者: Wang, L. / Yang, X. / Li, S. / Wang, Z. / Liu, Y. / Feng, J. / Zhu, Y. / Shen, Y.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
B: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
C: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
D: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
E: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
F: Calcium uptake protein 1, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,0586
ポリマ－278,0586
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area90170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.879, 146.819, 115.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 46342.980 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 97-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% PEG 3350 and 0.075 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 46641 / Num. obs: 44146 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 %
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / % possible all: 69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIX1.7モデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→36.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1854 4.3 %RANDOM
Rwork0.254 ---
all0.259 46641 --
obs0.254 43232 92.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.14 Å20 Å2-18.32 Å2
2---4.56 Å20 Å2
3---11.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15336 0 0 13 15349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it2.842.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 266 4.3 %
Rwork0.348 5917 -
obs-3207 79.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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