[日本語] English
万見
- PDB-4ns0: The C2A domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ns0
タイトルThe C2A domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2
要素Rabphilin-3A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / C2 domain / Calcium binding / phospholipid binding / RABPHILIN-3A / C2A / SYNAPTIC EXOCYTOSIS METAL-BINDING / C-2 domain fold / EXOPHILIN-1
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / cholinergic synapse / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / extrinsic component of membrane ...selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / cholinergic synapse / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / extrinsic component of membrane / synaptic vesicle priming / phosphate ion binding / exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / secretory granule / intracellular protein transport / neuromuscular junction / phospholipid binding / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / postsynaptic membrane / dendritic spine / neuron projection / calcium ion binding / synapse / protein-containing complex binding / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin ...Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / Rabphilin-3A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guillen, J. / Ferrer-Orta, C. / Buxaderas, M. / Perez-sanchez, D. / Guerrero-Valero, M. / Luengo-Gil, G. / Pous, J. / Guerra, P. / Gomez-Fernandez, J.C. / Verdaguer, N. / Corbalan-Garcia, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the Ca2+ and PI(4,5)P2 binding modes of the C2 domains of rabphilin 3A and synaptotagmin 1.
著者: Guillen, J. / Ferrer-Orta, C. / Buxaderas, M. / Perez-Sanchez, D. / Guerrero-Valero, M. / Luengo-Gil, G. / Pous, J. / Guerra, P. / Gomez-Fernandez, J.C. / Verdaguer, N. / Corbalan-Garcia, S.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rabphilin-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1483
ポリマ－15,3051
非ポリマー8432
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.970, 38.910, 88.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Rabphilin-3A / Exophilin-1


分子量: 15305.478 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain, UNP RESIDUES 378-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rph3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47709
#2: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25mM Hepes, 20mM Ammonuim Sulphate, 25% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.93
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.36 Å / Num. obs: 12421 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
XFITデータ削減
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CHD

2chd


解像度: 1.8→44.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.744 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22604 635 5 %RANDOM
Rwork0.18405 ---
obs0.18612 12047 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å2-0 Å20 Å2
2---0.1 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1019 0 39 113 1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.22.0071457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98232366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6115129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.00623.87849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6315197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.48159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0862.221513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.072.219512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8673.323640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9293.297640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2652.497564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2532.472566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0663.639820
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.69418.8651224
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.92818.2321184
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 46 -
Rwork0.375 873 -
obs--99.78 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る