PDB-4nrh: CopN-Scc3 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nrh

タイトル

CopN-Scc3 complex

要素

Chaperone SycD
CopN

キーワード

Chaperone/protein binding / cytosol / Chaperone-protein binding complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type III secretion system / outer membrane / negative regulation of protein secretion / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Archuleta, T.L. / Spiller, B.W.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: A gatekeeper chaperone complex directs translocator secretion during type three secretion.
著者: Archuleta, T.L. / Spiller, B.W.

履歴

登録	2013年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nrh.cif.gz	383.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nrh.ent.gz	316.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1klf-3 2wvr-d 1klf-2 5n47-3 2771 1klf-4 6sit-d 3e20-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CopN

B: Chaperone SycD

C: CopN

D: Chaperone SycD

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CopN

D: Chaperone SycD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Chaperone SycD

C: CopN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.571, 96.183, 94.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

#1: タンパク質	CopN / Low Calcium Response E / Low calcium response E / Type III secreted protein SctW 分子量: 35420.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア) 遺伝子: copN, CpB0334, CPn_0324, CP_0433, lcrE / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL32 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Z8L4
#2: タンパク質	Chaperone SycD / Low Calcium Response Protein H / Low calcium response protein H / Type III secretion chaperone 分子量: 20984.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア) 遺伝子: CpB1060, CPn_1021, CP_0832, lcrH_2, Scc3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Z6N8
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 200mM Na/K Tartate, 18-22 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 55841 / Num. obs: 50257 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 24.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1480 / R_sym value: 0.722 / % possible all: 53.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	モデル構築
PHENIX		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→47.199 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	1982	3.94 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.1853	46421	88.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7302	0	2	377	7681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.567	10094
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.81	2762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1906-2.2454	0.35	75	0.2635	1807	X-RAY DIFFRACTION	47
2.2454-2.3061	0.2923	98	0.2416	2300	X-RAY DIFFRACTION	59
2.3061-2.374	0.2869	116	0.2345	2611	X-RAY DIFFRACTION	68
2.374-2.4506	0.2442	113	0.2299	3025	X-RAY DIFFRACTION	78
2.4506-2.5382	0.2852	158	0.2198	3566	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5382-2.6398	0.2901	154	0.2281	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6398-2.7599	0.3132	158	0.2207	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7599-2.9054	0.2998	163	0.2184	3872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9054-3.0874	0.2507	152	0.2077	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0874-3.3257	0.218	161	0.1956	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3257-3.6603	0.1999	157	0.1765	3907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6603-4.1897	0.1972	155	0.1562	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1897-5.2774	0.1777	169	0.1501	3900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2774-47.2097	0.2116	153	0.1608	3975	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9176	-1.1911	0.7096	5.2981	-3.3067	4.6898	-0.1198	-0.2777	-0.2275	0.1401	0.2998	0.1821	0.2348	-0.1312	-0.1585	0.2549	0.0068	-0.0077	0.2205	-0.017	0.2853	14.6548	33.9362	42.7664
2	4.9425	-2.6879	1.1152	5.1731	-1.7904	3.476	-0.2227	-0.4767	-0.0402	0.4368	0.288	-0.0947	-0.3	-0.4001	-0.0852	0.2793	0.0512	-0.0132	0.299	-0.0148	0.219	1.0896	54.8098	33.6544
3	6.1499	1.7604	0.0182	4.0918	-0.7882	7.1901	-0.3705	0.1901	-0.6643	-0.4772	0.3616	-0.69	0.5618	-0.1039	0.0363	0.3455	0.0548	-0.0549	0.2634	0.0033	0.2987	2.4821	47.3639	27.1662
4	2.4063	3.0481	-1.0238	3.3108	-1.0249	1.4654	-0.1065	0.1314	-0.1728	-0.1235	0.0424	-0.4432	-0.0206	0.1119	0.0001	0.3215	-0.0107	-0.1096	0.3137	0.0021	0.291	0.1696	65.6284	21.2266
5	3.3976	-0.4601	0.6828	7.7414	-2.6529	5.234	0.3422	-0.5886	-0.0607	0.8638	-0.0753	0.5416	0.084	-0.558	-0.2533	0.5491	0.0287	-0.0787	0.3878	0.0108	0.3748	-7.1191	75.5767	22.2969
6	5.5155	5.6644	5.1034	5.8371	5.2405	4.7104	0.2521	-0.9521	1.0014	0.0422	-0.1253	0.7859	-0.7716	-0.933	-0.0533	0.5289	0.1666	-0.0022	0.4708	-0.032	0.4385	-11.6071	82.7651	19.8494
7	1.1698	0.353	0.6848	5.7271	2.1869	1.5857	-0.0584	0.0167	0.0791	0.1372	0.0693	-0.3593	-0.1285	0.0054	-0.0237	0.3583	-0.0227	-0.0566	0.2852	0.0572	0.2711	-4.3256	72.8443	13.099
8	6.7253	-0.0912	0.2106	3.3123	4.8807	7.3777	-0.3874	-0.3206	0.676	-1.1508	-0.1121	1.2046	-0.4418	-0.3036	0.3995	0.5526	-0.0101	-0.1752	0.4628	0.0177	0.3999	-12.0926	77.4112	8.1502
9	4.8051	-1.0948	1.158	3.1833	-0.6105	5.8663	-0.2577	-0.6202	0.1781	0.337	0.2281	0.1082	-0.2606	-0.0539	0.0495	0.2599	-0.0385	-0.0046	0.2393	-0.0253	0.3171	36.2342	58.0838	50.5169
10	3.5776	-2.5177	-0.5524	6.1308	3.3883	2.3613	-0.113	0.1708	-0.042	0.329	0.415	-0.0907	0.7086	-0.2655	-0.2424	0.2549	-0.0111	-0.0409	0.2653	0.0233	0.2934	32.4122	45.6619	42.5229
11	4.2135	-0.2526	0.003	4.9991	-1.4809	3.8412	-0.0126	-0.1005	0.5002	-0.1893	0.087	0.3955	-0.3308	-0.0959	-0.0612	0.2722	-0.0231	-0.0512	0.247	-0.0265	0.3705	27.3667	62.4598	40.1505
12	1.6841	0.3688	-0.7598	3.987	-0.8961	2.8755	-0.1052	0.2784	0.0251	-0.2978	-0.0413	-0.3945	-0.3576	0.3052	0.1696	0.2938	-0.0912	-0.026	0.3083	0.0667	0.2802	31.4951	56.928	30.1939
13	2.6191	0.87	0.1637	6.5089	-0.6211	4.0212	-0.4823	1.3967	-0.1011	-1.3956	0.6302	-0.4071	0.0589	0.4863	-0.0446	0.5549	-0.1926	0.0162	0.7752	-0.0472	0.3805	29.2134	54.0773	17.195
14	6.3439	-1.571	-1.1999	5.9157	0.7046	7.7588	0.0564	1.3654	0.5409	-1.6434	0.2381	1.0994	-0.3001	-0.6967	-0.1758	0.7575	-0.206	-0.2038	0.7995	0.063	0.5454	18.0065	55.0598	12.7047
15	2.4502	1.1821	1.952	3.1014	3.1017	3.7296	-0.2	0.0563	0.1964	0.1136	0.1736	-0.0129	-0.2924	0.2838	0.0245	0.5278	-0.0044	-0.0416	0.2822	0.023	0.2735	58.4961	69.6193	73.3621
16	1.1404	0.5534	0.2366	5.8297	-0.7258	1.4791	0.0362	0.0721	-0.166	0.1666	-0.0106	-0.272	-0.0096	0.1464	-0.0594	0.2009	0.0154	-0.0173	0.2746	-0.0367	0.2566	47.2055	37.7374	50.4011
17	4.8037	-0.0058	0.9978	8.2437	1.9933	2.0637	0.4161	0.2149	-0.6947	-0.8258	0.4659	-0.8552	0.6363	0.8904	-0.7712	0.6732	0.0757	-0.0414	0.5553	0.023	0.4396	4.8031	49.6219	4.1112
18	4.669	-1.0792	1.6273	2.5458	-0.8238	5.0511	-0.1883	-0.1589	0.1474	0.0796	0.1441	-0.0716	-0.0748	-0.2807	0.0612	0.4181	-0.0629	0.0022	0.3045	-0.0181	0.2199	-5.559	60.4398	5.6309
19	6.9872	3.8309	-0.131	7.8717	0.6394	4.6029	-0.1344	0.5037	-0.4179	-0.2399	0.0463	0.0893	0.4984	0.373	0.1858	0.7445	0.0163	-0.0353	0.4181	0.0046	0.2678	-2.6616	48.5482	-8.111
20	4.1433	-0.5082	1.0532	2.5994	0.8315	4.1067	0.1386	-0.0051	-0.2076	-0.0744	-0.0735	0.2958	0.3623	-0.6212	-0.0704	0.5302	-0.1634	-0.0311	0.4371	0.0422	0.2408	-14.1924	52.4014	-4.8905
21	5.845	-0.6644	5.3483	2.7294	-0.0021	7.5925	0.0286	-1.7263	-0.5087	0.7214	0.1682	0.7437	0.6136	-1.9735	-0.2484	0.7445	-0.2066	-0.0701	1.2127	0.0985	0.5373	-28.7582	52.1556	-9.9152
22	8.8889	2.6903	0.1877	6.7915	1.1515	5.8123	-0.6004	0.7659	0.556	-1.3141	0.1468	0.9383	-0.0072	-1.264	0.4183	0.708	-0.0477	-0.1355	1.0467	0.0874	0.4657	-27.5019	57.1823	-21.3166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 94 through 195 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 196 through 229 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 230 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 257 through 294 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 295 through 321 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 322 through 336 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 337 through 361 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 362 through 382 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 29 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 30 through 50 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 51 through 83 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 84 through 117 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 118 through 152 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 153 through 170 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 94 through 256 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 257 through 380 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 13 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 14 through 50 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 51 through 66 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 67 through 122 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 123 through 139 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 140 through 170 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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