+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nr1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with consensus ankyrin repeat domain-(d)allyl-GLY peptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Scotti, J.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of an oxygenase in complex with substrate 著者: Scotti, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nr1.cif.gz | 157.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4nr1.ent.gz | 122.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nr1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nr1_validation.pdf.gz | 465.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4nr1_full_validation.pdf.gz | 466.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nr1_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nr1_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nr1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AS
#1: タンパク質 | 分子量: 40610.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: FIH1, HIF1AN / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2215.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 4種, 59分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
---|---|---|---|
#4: 化合物 | ChemComp-OGA / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single bounce monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9173 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.68→74.69 Å / Num. all: 16485 / Num. obs: 16485 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 54.683 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 17.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1H2K 解像度: 2.68→74.69 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
| ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.01 Å2 / Biso mean: 63.4135 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→74.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.68→2.72 Å
|