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- PDB-4nqw: Structure of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic function... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqw
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic function sigma factor SigK in complex with the cytosolic domain of its cognate anti-sigma factor RskA
要素
  • Anti-sigma-K factor RskA
  • ECF RNA polymerase sigma factor SigK
キーワードDNA BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / sigma factor / transcription initiation / DNA binding / Promoter DNA binding and transcription initiation / anti-sigma factor / DNA BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist activity / cell wall / sigma factor activity / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / regulation of translation / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma K factor RskA / : / Anti-sigma-K factor rskA, C-terminal / Anti-sigma-K factor RskA, N-terminal domain / : / Anti-sigma factor, zinc-finger domain / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A ...Anti-sigma K factor RskA / : / Anti-sigma-K factor rskA, C-terminal / Anti-sigma-K factor RskA, N-terminal domain / : / Anti-sigma factor, zinc-finger domain / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Anti-sigma-K factor RskA / ECF RNA polymerase sigma factor SigK / ECF RNA polymerase sigma factor SigK / Anti-sigma-K factor RskA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shukla, J.K. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the redox sensitivity of the Mycobacterium tuberculosis SigK-RskA sigma-anti-sigma complex
著者: Shukla, J. / Gupta, R. / Thakur, K.G. / Gokhale, R. / Gopal, B.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年1月22日ID: 3VDO
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECF RNA polymerase sigma factor SigK
B: Anti-sigma-K factor RskA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,65112
ポリマ－31,5272
非ポリマー1,12410
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.390, 57.390, 150.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 ECF RNA polymerase sigma factor SigK / ECF sigma factor SigK / Alternative RNA polymerase sigma factor SigK / RNA polymerase sigma-K ...ECF sigma factor SigK / Alternative RNA polymerase sigma factor SigK / RNA polymerase sigma-K factor / Sigma-K factor


分子量: 22971.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0445c, sigK / プラスミド: pETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O53730, UniProt: P9WGH7*PLUS
#2: タンパク質 Anti-sigma-K factor RskA / Regulator of SigK / Sigma-K anti-sigma factor RskA


分子量: 8555.508 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: rskA, Rv0444c / プラスミド: pETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O53729, UniProt: P9WGX4*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch underoil / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1M sodium acetate trihydrate, 0.05M cadmium sulphate hydrate, 12%(v/v) 2,5 hexanediol, pH 7.5, Microbatch underoil, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月28日
放射モノクロメーター: VariMaxHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→28.695 Å / Num. all: 9753 / Num. obs: 9747 / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 1480 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→28.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 20.303 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25986 916 9.9 %RANDOM
Rwork0.20463 ---
obs0.21018 8305 87.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 10 89 1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8421.9562387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7273.0013864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0525218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.25321.72487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17215298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.60233465
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.799536
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.08853504
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 71 -
Rwork0.218 637 -
obs--94.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43450.1811-0.33940.9101-1.07791.31660.04660.0443-0.00070.0680.01450.0494-0.0891-0.0292-0.06110.05070.0019-0.00820.0295-0.01390.014315.65056.456846.9331
20.17190.2205-0.18721.4819-1.10920.85250.0086-0.0370.0062-0.02660.05150.1057-0.0074-0.0344-0.06010.0431-0.0021-0.01580.0822-0.00660.02788.91892.480246.7229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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