[日本語] English
万見
- PDB-4nqc: Crystal structure of TCR-MR1 ternary complex and covalently bound... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqc
タイトルCrystal structure of TCR-MR1 ternary complex and covalently bound 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • TCR alpha chain
  • TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MR1 / T-Cell receptor / immune receptor complex / Ig-fold / protein binding / Schiff base / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LJ / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / TRA@ protein / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: T-cell activation by transitory neo-antigens derived from distinct microbial pathways.
著者: Corbett, A.J. / Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Liu, L. / Patel, O. / Mahony, J. / Chen, Z. / Reantragoon, R. / Meehan, B. / Cao, H. / Williamson, N.A. / Strugnell, R.A. / Van Sinderen, D. / ...著者: Corbett, A.J. / Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Liu, L. / Patel, O. / Mahony, J. / Chen, Z. / Reantragoon, R. / Meehan, B. / Cao, H. / Williamson, N.A. / Strugnell, R.A. / Van Sinderen, D. / Mak, J.Y. / Fairlie, D.P. / Kjer-Nielsen, L. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Structure summary
改定 2.02024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: TCR alpha chain
E: TCR beta chain
F: Beta-2-microglobulin
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,96911
ポリマ－187,3138
非ポリマー6563
水18,7361040
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7763
ポリマ－43,4602
非ポリマー3161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7763
ポリマ－43,4602
非ポリマー3161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
3
D: TCR alpha chain
E: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1972
ポリマ－50,1972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
4
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2203
ポリマ－50,1972
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.760, 71.110, 144.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細heterodimer with beta microglobulin / heterodimer with TCR beta chain / heterodimer with TCR alpha chain / heterodimer with MR1

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBFDGEH

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, Beta 2 microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TCR alpha chain


分子量: 22650.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR-alpha / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6P4G7*PLUS
#4: タンパク質 TCR beta chain


分子量: 27546.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR-beta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 1043分子

#5: 化合物 ChemComp-2LJ / 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-propylideneamino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol / 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil


分子量: 316.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O6
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.3
詳細: 12% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M bis-tris propane, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→33.42 Å / Num. obs: 74555 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 7.8 / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→33.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU R Cruickshank DPI: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 3757 5.04 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.168 74553 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1817 Å20 Å20.0896 Å2
2---8.2393 Å20 Å2
3---5.0575 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.273 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12382 0 45 1040 13467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112828HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1617481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4200SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes300HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1901HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12828HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1647SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14657SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 281 5.15 %
Rwork0.2103 5180 -
all0.2145 5461 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4131-0.33730.37461.024-0.05571.5514-0.00250.24020.22110.01010.0129-0.18360.11350.1598-0.0104-0.104-0.0443-0.02470.0162-0.00470.003848.194477.2281225.4665
23.1493-1.04180.64540.0021.5730.12070.0327-0.16420.13280.14750.0196-0.00810.01240.1434-0.0523-0.10360.0011-0.014-0.036-0.0478-0.029842.45880.9379235.9761
30.61140.3850.32530.93960.11290.69570.1281-0.11470.17410.0465-0.0050.10190.0731-0.056-0.1232-0.0487-0.010.0112-0.0032-0.0139-0.021139.759774.1724236.3441
44.36790.3581.20753.48013.0714.2923-0.1535-0.0550.49760.1830.0321-0.002-0.170.00120.1215-0.09160.0313-0.0856-0.0018-0.06140.004466.707980.5468253.3782
51.025-1.7138-0.74831.11190.05390.9933-0.0595-0.07670.14340.10470.0486-0.11830.0013-0.05510.011-0.05530.0458-0.08110.0711-0.1052-0.059767.889775.957262.2372
64.91120.34141.14022.206-0.47182.2038-0.07470.35270.50440.0732-0.0499-0.526-0.31270.64270.1246-0.2247-0.1297-0.05660.00060.01390.025967.38389.2066235.1816
70.81190.2936-0.173.17660.8241.8950.00320.09840.0198-0.0613-0.01780.1927-0.1425-0.01920.0146-0.04950.00250.0131-0.019-0.0192-0.0561-5.795962.8106161.8369
81.70420.1979-0.29792.1851-0.06031.2247-0.039-0.097-0.04850.0887-0.0830.01370.11460.11780.1221-0.0286-0.0202-0.0043-0.034-0.0142-0.08771.875855.6738171.8288
92.43380.7264-1.61070.6036-0.21212.03810.0451-0.2246-0.0585-0.0167-0.00530.20370.0045-0.0417-0.0398-0.01320.0330.0424-0.06850.00660.0325-22.514873.4728190.0198
101.74420.0178-0.39942.75820.3720.0507-0.0489-0.25790.0020.3721-0.03250.29760.1760.07910.0814-0.02320.0250.0598-0.03360.0158-0.0061-21.613570.6755193.9926
112.46690.6368-0.15280.7398-0.08622.2661-0.0069-0.01090.0557-0.0359-0.0106-0.10560.09570.22560.0175-0.09010.0079-0.0186-0.01450.0356-0.088928.558961.6993161.5011
124.5666-0.4378-2.45680.23430.11621.53060.00530.01020.09290.0613-0.018-0.29880.07070.29160.0127-0.11010.0183-0.00960.13430.0241-0.036238.014362.61150.0477
136.31980.59331.81141.70342.07762.9037-0.1785-0.03650.50690.01760.0848-0.23940.08590.28910.0937-0.24140.06670.00920.01460.07280.111153.457463.6451141.0767
141.73820.3967-1.07561.2331-1.00062.3338-0.09790.21310.0421-0.1593-0.08910.01450.1445-0.11820.1871-0.0348-0.0208-0.00850.02170.0041-0.076912.258761.7922141.3616
151.41840.193-1.37360.0027-0.88822.1409-0.00750.08370.0395-0.0732-0.096-0.065-0.13580.03270.10350.0295-0.00740.01840.0239-0.0061-0.0614.845461.3637144.4568
16-0.8169-1.91011.185401.90672.6574-0.03450.15720.1484-0.05890.11920.05960.03-0.0215-0.0848-0.07-0.01740.05020.00840.0787-0.077227.223467.4426125.5592
174.6964-1.26812.53122.8019-0.674.68110.25110.2597-0.3738-0.10020.0012-0.14940.57840.6015-0.2523-0.04610.11650.0478-0.14160.0035-0.182941.875156.2338129.9746
182.46640.52920.42623.02220.50261.9842-0.10860.48240.1505-0.1419-0.06930.4752-0.1828-0.40450.1778-0.10710.0022-0.0055-0.01610.0035-0.0665-28.889764.9295171.7054
193.02121.36151.36721.5240.94231.3927-0.0244-0.0052-0.07990.0040.06310.07360.09890.0043-0.0387-0.0306-0.04570.0173-0.03680.0537-0.054820.141257.4557224.4361
201.41991.3611.91320.8391.0241.0097-0.0287-0.1214-0.12540.0840.0226-0.05490.0147-0.08060.0061-0.0125-0.05360.01020.03950.02260.001812.55252.1185214.9809
213.13750.3457-1.12051.59290.55197.0965-0.0901-0.2116-0.3074-0.275-0.0607-0.00050.48370.34340.1508-0.0703-0.00880.031-0.16050.0721-0.0215-1.007542.5364200.7445
221.16090.48270.531.32011.20631.9696-0.05760.19060.0318-0.15280.0133-0.0028-0.10630.15780.0443-0.0577-0.0534-0.01710.04120.0546-0.063731.751967.174205.7171
230.36180.8677-0.76200.33950.6084-0.0122-0.0684-0.09390.0838-0.0381-0.12490.17890.14120.0503-0.0688-0.0004-0.02110.09150.0125-0.075624.369353.9282189.5304
245.5478-0.0221-2.19011.5136-0.23352.45420.0978-0.4085-0.1411-0.0536-0.0523-0.0461-0.04020.2073-0.0455-0.0249-0.0372-0.0055-0.06080.0184-0.1152.489453.2587196.5785
254.3065-0.0715-2.31820-0.42321.45810.03660.00880.094-0.08080.01260.0026-0.04450.1089-0.04930.0089-0.0326-0.0368-0.01780.04090.02437.433659.9907186.2972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|84 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|85 - A|114 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|115 - A|182 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|183 - A|244 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|251 - A|269 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|1 - B|96 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|0 - C|84 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|85 - C|171 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|172 - C|216 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ C|217 - C|269 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ D|2 - D|83 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ D|84 - D|135 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ D|136 - D|198 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ E|3 - E|73 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ E|74 - E|109 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ E|110 - E|124 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ E|125 - E|239 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ F|1 - F|97 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ G|2 - G|91 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ G|92 - G|120 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ G|121 - G|199 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ H|1 - H|109 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ H|110 - H|124 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ H|125 - H|202 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ H|203 - H|243 }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る