[日本語] English
万見
- PDB-4npm: Crystal structure of Zebrafish ALKBH5 in complex with succinic acid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npm
タイトルCrystal structure of Zebrafish ALKBH5 in complex with succinic acid
要素RNA demethylase ALKBH5
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization ...Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / response to hypoxia / nuclear speck / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUCCINIC ACID / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者He, C. / Chen, W. / Zhang, L.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the RNA demethylase ALKBH5 from zebrafish.
著者: Chen, W. / Zhang, L. / Zheng, G. / Fu, Y. / Ji, Q. / Liu, F. / Chen, H. / He, C.
履歴
登録2013年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0576
ポリマ－56,7112
非ポリマー3464
水8,485471
1
A: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5283
ポリマ－28,3551
非ポリマー1732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5283
ポリマ－28,3551
非ポリマー1732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.067, 69.792, 115.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 28355.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: alkbh5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08BA6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q08BA6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Sodium iodide, pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9676 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9676 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 49614 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.803→47.979 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1819 2512 5.06 %
Rwork0.1721 --
obs0.1726 49614 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→47.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 18 471 3799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1614701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0471321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.803-1.83820.2421200.25212546X-RAY DIFFRACTION97
1.8382-1.87570.23981350.2172570X-RAY DIFFRACTION100
1.8757-1.91650.20871400.1962568X-RAY DIFFRACTION100
1.9165-1.96110.18551410.18292599X-RAY DIFFRACTION100
1.9611-2.01010.20611380.17542593X-RAY DIFFRACTION100
2.0101-2.06450.19531140.17822615X-RAY DIFFRACTION100
2.0645-2.12520.2051490.17732561X-RAY DIFFRACTION100
2.1252-2.19380.22351300.17642606X-RAY DIFFRACTION100
2.1938-2.27220.20331430.1712599X-RAY DIFFRACTION100
2.2722-2.36320.1761410.16682602X-RAY DIFFRACTION100
2.3632-2.47070.19751600.17152591X-RAY DIFFRACTION100
2.4707-2.6010.19011280.1752628X-RAY DIFFRACTION100
2.601-2.76390.2021310.18042629X-RAY DIFFRACTION100
2.7639-2.97730.15521580.17542595X-RAY DIFFRACTION100
2.9773-3.27690.16781300.16612669X-RAY DIFFRACTION100
3.2769-3.75090.16181560.15042642X-RAY DIFFRACTION100
3.7509-4.72510.13541510.14622669X-RAY DIFFRACTION99
4.7251-47.99620.21641470.1912820X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.4265 Å / Origin y: 1.7759 Å / Origin z: -9.5206 Å
111213212223313233
T0.1772 Å20.0113 Å20.0129 Å2-0.1812 Å2-0.0197 Å2--0.1388 Å2
L1.2095 °20.6749 °20.014 °2-0.7209 °2-0.0994 °2--0.0938 °2
S-0.0858 Å °0.1843 Å °-0.1288 Å °-0.0839 Å °0.0805 Å °-0.068 Å °0.0288 Å °-0.0074 Å °0.0021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る