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- PDB-4np6: Crystal Structure of Adenylate Kinase from Vibrio cholerae O1 bio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4np6
タイトルCrystal Structure of Adenylate Kinase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / alpha-beta-alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / purine nucleotide metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Adenylate Kinase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2534
ポリマ-95,2534
非ポリマー00
2,468137
1
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6272
ポリマ-47,6272
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
2
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6272
ポリマ-47,6272
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.617, 101.617, 89.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase


分子量: 23813.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
: N16961 / 遺伝子: adk, VC_0986 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KTB7, adenylate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4 M sodium citrate tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 61011 / Num. obs: 61011 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 36.35 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3049 / Rsym value: 0.655 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.004→45.445 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 3078 5.05 %
Rwork0.186 --
obs0.188 60974 99.58 %
all-60974 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→45.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6550 0 0 137 6687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3488983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5292523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.0053-2.03990.28121440.2672816296091
2.0399-2.0770.28481610.27432848300995
2.077-2.1170.28761760.2622901307794
2.117-2.16020.31021720.27352829300194
2.1602-2.20710.31811420.26652900304295
2.2071-2.25850.25271400.25212943308395
2.2585-2.3150.26891490.25682889303895
2.315-2.37750.26281470.24882855300295
2.3775-2.44750.27761620.25332871303395
2.4475-2.52650.30551440.26632929304495
2.5265-2.61680.28591440.24772900307395
2.6168-2.72150.33781180.25212929304796
2.7215-2.84540.29111540.25232867302195
2.8454-2.99540.28471980.22432895309394
2.9954-3.1830.25131710.20772861303294
3.183-3.42870.21211470.19282912305995
3.4287-3.77350.18281470.15192932307995
3.7735-4.31920.17331410.12092919306095
4.3192-5.44010.16681560.1082943309995
5.4401-44.21220.15891640.14132943310794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.35372.3562-0.55847.3618-0.71464.11010.0886-0.2799-0.1265-0.14210.09950.49110.3153-0.5301-0.16620.27140.0197-0.03590.47060.0620.341420.7789.2119-0.7123
21.64560.33160.59582.28341.63173.12420.0555-0.04340.199-0.1717-0.1091-0.0643-0.2039-0.2760.05510.29260.05850.03810.33470.01110.317718.777717.122719.3811
30.98730.7480.70380.9090.37042.57950.36740.1714-0.264-0.01590.00230.07510.52110.0275-0.34440.35740.0569-0.05390.33170.03020.298526.6089.09348.1747
43.2748-0.9571-0.81411.660.52921.4126-0.22670.0843-0.2110.0705-0.05930.21350.4027-0.12910.31410.3924-0.09230.00970.3451-0.04450.231615.305831.5651-7.0197
59.53051.39830.66343.47241.28292.3656-0.4943-0.2610.4358-0.19980.00760.43730.1479-0.65550.4770.3105-0.0134-0.02320.4052-0.08210.24649.270338.0862-6.5469
64.3488-2.80691.73483.4145-3.31653.68740.0044-0.31140.1274-0.012-0.0378-0.418-0.09830.38990.09370.2602-0.01720.00730.4391-0.01660.25534.216121.83192.4683
78.8927-2.05612.6514.4583-0.14842.1470.14530.8881-0.6099-0.0704-0.0159-0.06760.00850.6855-0.17810.47520.17330.07440.392-0.0330.32431.28159.7718-5.6767
86.5043-3.7844-1.10122.68541.28031.02850.74471.023-0.5702-0.4184-0.80620.22850.63360.64330.02330.58370.0813-0.07560.6368-0.14170.315124.0686.1778-10.7911
95.99160.60971.11965.2761-0.96295.29790.53290.0496-0.54191.33730.0775-0.4556-0.18840.619-0.33130.4411-0.0765-0.09310.4856-0.03180.243-2.301726.769120.8538
101.181-1.8852-2.35313.1924.13675.24440.0089-0.3319-0.0170.05980.1256-0.05410.03170.2152-0.18370.2451-0.0043-0.01140.49960.03340.26055.753221.246618.5132
112.8259-3.86613.74695.3372-5.17645.04360.49030.6331-0.3086-0.8911-0.73920.93180.29910.55950.28350.39910.0207-0.05560.6776-0.17450.4075.061812.4943-0.9123
123.16221.23950.38133.6682-1.20632.3764-0.01670.39430.1691-0.0703-0.15030.2540.18470.42970.18150.22-0.0193-0.04740.31470.00760.2416-1.557615.61865.8617
134.0183-2.00564.01745.330.64495.88260.0187-0.25850.30150.5935-0.2616-0.38330.2277-0.21950.4030.2744-0.00930.05330.31150.05480.3467-1.11618.111917.7896
142.59280.1494-0.39190.69380.11235.6743-0.1565-0.3753-0.5272-0.1114-0.15780.1230.1604-0.04580.31780.24480.00530.02260.2810.01090.296-8.730723.990216.7844
153.06910.7874-4.02230.9567-0.20176.17970.4394-0.48790.06750.1103-0.45370.0007-0.58650.44470.13510.4118-0.0245-0.04910.2865-0.01540.34749.966743.78615.6691
162.332-0.4116-1.6622.0392-0.05013.97840.4783-0.28270.0440.1914-0.081-0.22350.97911.2265-0.39160.41740.1054-0.06540.6124-0.10060.347523.124540.072113.3662
175.87343.5054-1.37894.3012-0.58670.5862-0.1722-0.09460.097-0.10090.02920.0660.0019-0.02410.11560.25220.0235-0.04730.29340.00370.2123-6.412235.153516.279
188.97190.6829-2.87743.4006-0.23077.0821-0.286-1.2460.27670.1796-0.2020.0488-0.5085-0.31760.49110.47650.1009-0.06630.4748-0.03890.21010.401431.400432.9324
192.1321.92941.62614.8846-0.48644.4127-0.2661-0.6661-0.29560.2550.0645-0.37620.22530.77910.09320.33320.073-0.03790.2941-0.01170.233240.810925.689859.4047
205.75821.0924-0.88154.7193-1.46137.48840.2712-0.0058-0.1440.37850.349-0.2034-0.68080.5877-0.52970.40670.0569-0.07020.4659-0.09520.367842.361633.599863.8165
215.5887-3.53986.07674.0961-4.31788.3172-0.7541-0.28610.01040.19950.4658-0.2125-0.7075-0.52820.20960.38150.02270.06760.2732-0.06210.280534.151235.18347.63
221.0654-0.24161.60192.4775-0.80852.4348-0.10190.0915-0.049-0.2250.15120.0703-0.0610.0981-0.06130.33450.0010.06020.2922-0.02010.226134.004530.576338.6117
230.01910.1038-0.27697.43941.29175.21760.5896-0.48380.72960.9035-0.13260.303-0.0970.5202-0.39470.2905-0.00140.05980.335-0.09850.29442.656229.674451.8261
243.07770.5576-0.2681.3713-0.72824.3884-0.2674-0.4013-0.12770.11170.1903-0.2608-0.09460.37730.17260.27790.0999-0.00380.25280.00770.2640.98819.917653.9472
254.518-5.5532-0.5276.66820.64780.6316-0.1735-0.2333-0.13920.0188-0.18690.32580.08230.04440.34640.3571-0.0288-0.00790.3654-0.01370.28619.54930.136368.5379
263.1005-0.6921.32013.524-0.85985.2006-0.26750.60530.20920.18970.04260.0898-0.38760.5060.1860.3051-0.07560.00860.42060.00210.279614.774641.519767.5915
272.6348-0.3345-0.47061.43681.3973.3014-0.0816-0.0773-0.22790.18610.04630.02510.25740.24250.00940.44490.03980.03420.27960.05350.260432.917417.589661.2339
283.9484-3.3054-3.77553.38812.82993.81170.1334-0.8259-0.58320.714-0.1681-0.1340.8224-0.2820.0170.5674-0.0308-0.10640.60210.00140.261644.661326.894271.9237
296.67770.2729-2.86113.65411.68166.2652-0.29240.1367-0.2394-0.36520.11630.20120.47490.37210.1780.37650.0792-0.01490.2567-0.01230.252725.699748.43736.9305
301.2586-1.30651.58985.6182-0.20712.60820.0617-0.0074-0.1170.72530.1734-0.22440.38720.0153-0.27760.4036-0.03480.0340.3334-0.02390.301535.253944.825856.7113
314.21340.43372.35834.14870.4573.1445-0.10910.1304-0.1578-0.18660.0126-0.11290.01910.13630.10310.25740.00040.0270.1875-0.03840.225231.000755.285247.1033
323.0494-0.85610.05884.7523-4.08677.36490.40.1458-0.0577-0.8104-0.51990.30730.7851.15730.11340.40650.0162-0.03230.4986-0.03850.26019.852335.015545.3249
331.52740.5645-0.71710.698-0.7192.4331-0.14520.0095-0.0664-0.35640.10910.04810.4803-0.13770.0030.33930.0204-0.04180.2151-0.00990.216914.28248.847143.3295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 71 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 72 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 139 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 140 through 160 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 161 through 187 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 188 through 201 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 202 through 214 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 0 through 12 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 13 through 41 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 42 through 54 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 55 through 73 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 74 through 89 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 90 through 112 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 113 through 125 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 126 through 160 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 161 through 201 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 202 through 214 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid -1 through 12 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 13 through 26 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 27 through 41 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 42 through 72 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 73 through 89 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 90 through 112 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 113 through 126 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 127 through 160 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 161 through 201 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 202 through 214 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 0 through 27 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 28 through 55 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 56 through 112 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 113 through 139 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 140 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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