PDB-4np6: Crystal Structure of Adenylate Kinase from Vibrio cholerae O1 bio...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4np6

タイトル

Crystal Structure of Adenylate Kinase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / alpha-beta-alpha sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.004 Å

データ登録者

Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Adenylate Kinase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4np6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4np6	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5e3x-d 1ve6-1 1mdf-d 6nml-d 5v1q-1 5kyj-2 6k9m-1 1wxh-2 2e0x-1 1fvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04500

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

C: Adenylate kinase

D: Adenylate kinase

95.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Adenylate kinase

D: Adenylate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.617, 101.617, 89.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase 分子量: 23813.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: adk, VC_0986 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KTB7, adenylate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4 M sodium citrate tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 61011 / Num. obs: 61011 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 36.35 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3049 / R_sym value: 0.655 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.004→45.445 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	3078	5.05 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.188	60974	99.58 %
all	-	60974	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.004→45.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	0	137	6687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.348	8983
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.529	2523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1183

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.0053-2.0399	0.2812	144	0.267	2816	2960	91
2.0399-2.077	0.2848	161	0.2743	2848	3009	95
2.077-2.117	0.2876	176	0.262	2901	3077	94
2.117-2.1602	0.3102	172	0.2735	2829	3001	94
2.1602-2.2071	0.3181	142	0.2665	2900	3042	95
2.2071-2.2585	0.2527	140	0.2521	2943	3083	95
2.2585-2.315	0.2689	149	0.2568	2889	3038	95
2.315-2.3775	0.2628	147	0.2488	2855	3002	95
2.3775-2.4475	0.2776	162	0.2533	2871	3033	95
2.4475-2.5265	0.3055	144	0.2663	2929	3044	95
2.5265-2.6168	0.2859	144	0.2477	2900	3073	95
2.6168-2.7215	0.3378	118	0.2521	2929	3047	96
2.7215-2.8454	0.2911	154	0.2523	2867	3021	95
2.8454-2.9954	0.2847	198	0.2243	2895	3093	94
2.9954-3.183	0.2513	171	0.2077	2861	3032	94
3.183-3.4287	0.2121	147	0.1928	2912	3059	95
3.4287-3.7735	0.1828	147	0.1519	2932	3079	95
3.7735-4.3192	0.1733	141	0.1209	2919	3060	95
4.3192-5.4401	0.1668	156	0.108	2943	3099	95
5.4401-44.2122	0.1589	164	0.1413	2943	3107	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3537	2.3562	-0.5584	7.3618	-0.7146	4.1101	0.0886	-0.2799	-0.1265	-0.1421	0.0995	0.4911	0.3153	-0.5301	-0.1662	0.2714	0.0197	-0.0359	0.4706	0.062	0.3414	20.778	9.2119	-0.7123
2	1.6456	0.3316	0.5958	2.2834	1.6317	3.1242	0.0555	-0.0434	0.199	-0.1717	-0.1091	-0.0643	-0.2039	-0.276	0.0551	0.2926	0.0585	0.0381	0.3347	0.0111	0.3177	18.7777	17.1227	19.3811
3	0.9873	0.748	0.7038	0.909	0.3704	2.5795	0.3674	0.1714	-0.264	-0.0159	0.0023	0.0751	0.5211	0.0275	-0.3444	0.3574	0.0569	-0.0539	0.3317	0.0302	0.2985	26.608	9.0934	8.1747
4	3.2748	-0.9571	-0.8141	1.66	0.5292	1.4126	-0.2267	0.0843	-0.211	0.0705	-0.0593	0.2135	0.4027	-0.1291	0.3141	0.3924	-0.0923	0.0097	0.3451	-0.0445	0.2316	15.3058	31.5651	-7.0197
5	9.5305	1.3983	0.6634	3.4724	1.2829	2.3656	-0.4943	-0.261	0.4358	-0.1998	0.0076	0.4373	0.1479	-0.6555	0.477	0.3105	-0.0134	-0.0232	0.4052	-0.0821	0.2464	9.2703	38.0862	-6.5469
6	4.3488	-2.8069	1.7348	3.4145	-3.3165	3.6874	0.0044	-0.3114	0.1274	-0.012	-0.0378	-0.418	-0.0983	0.3899	0.0937	0.2602	-0.0172	0.0073	0.4391	-0.0166	0.255	34.2161	21.8319	2.4683
7	8.8927	-2.0561	2.651	4.4583	-0.1484	2.147	0.1453	0.8881	-0.6099	-0.0704	-0.0159	-0.0676	0.0085	0.6855	-0.1781	0.4752	0.1733	0.0744	0.392	-0.033	0.324	31.2815	9.7718	-5.6767
8	6.5043	-3.7844	-1.1012	2.6854	1.2803	1.0285	0.7447	1.023	-0.5702	-0.4184	-0.8062	0.2285	0.6336	0.6433	0.0233	0.5837	0.0813	-0.0756	0.6368	-0.1417	0.3151	24.068	6.1778	-10.7911
9	5.9916	0.6097	1.1196	5.2761	-0.9629	5.2979	0.5329	0.0496	-0.5419	1.3373	0.0775	-0.4556	-0.1884	0.619	-0.3313	0.4411	-0.0765	-0.0931	0.4856	-0.0318	0.243	-2.3017	26.7691	20.8538
10	1.181	-1.8852	-2.3531	3.192	4.1367	5.2444	0.0089	-0.3319	-0.017	0.0598	0.1256	-0.0541	0.0317	0.2152	-0.1837	0.2451	-0.0043	-0.0114	0.4996	0.0334	0.2605	5.7532	21.2466	18.5132
11	2.8259	-3.8661	3.7469	5.3372	-5.1764	5.0436	0.4903	0.6331	-0.3086	-0.8911	-0.7392	0.9318	0.2991	0.5595	0.2835	0.3991	0.0207	-0.0556	0.6776	-0.1745	0.407	5.0618	12.4943	-0.9123
12	3.1622	1.2395	0.3813	3.6682	-1.2063	2.3764	-0.0167	0.3943	0.1691	-0.0703	-0.1503	0.254	0.1847	0.4297	0.1815	0.22	-0.0193	-0.0474	0.3147	0.0076	0.2416	-1.5576	15.6186	5.8617
13	4.0183	-2.0056	4.0174	5.33	0.6449	5.8826	0.0187	-0.2585	0.3015	0.5935	-0.2616	-0.3833	0.2277	-0.2195	0.403	0.2744	-0.0093	0.0533	0.3115	0.0548	0.3467	-1.116	18.1119	17.7896
14	2.5928	0.1494	-0.3919	0.6938	0.1123	5.6743	-0.1565	-0.3753	-0.5272	-0.1114	-0.1578	0.123	0.1604	-0.0458	0.3178	0.2448	0.0053	0.0226	0.281	0.0109	0.296	-8.7307	23.9902	16.7844
15	3.0691	0.7874	-4.0223	0.9567	-0.2017	6.1797	0.4394	-0.4879	0.0675	0.1103	-0.4537	0.0007	-0.5865	0.4447	0.1351	0.4118	-0.0245	-0.0491	0.2865	-0.0154	0.3474	9.9667	43.786	15.6691
16	2.332	-0.4116	-1.662	2.0392	-0.0501	3.9784	0.4783	-0.2827	0.044	0.1914	-0.081	-0.2235	0.9791	1.2265	-0.3916	0.4174	0.1054	-0.0654	0.6124	-0.1006	0.3475	23.1245	40.0721	13.3662
17	5.8734	3.5054	-1.3789	4.3012	-0.5867	0.5862	-0.1722	-0.0946	0.097	-0.1009	0.0292	0.066	0.0019	-0.0241	0.1156	0.2522	0.0235	-0.0473	0.2934	0.0037	0.2123	-6.4122	35.1535	16.279
18	8.9719	0.6829	-2.8774	3.4006	-0.2307	7.0821	-0.286	-1.246	0.2767	0.1796	-0.202	0.0488	-0.5085	-0.3176	0.4911	0.4765	0.1009	-0.0663	0.4748	-0.0389	0.2101	0.4014	31.4004	32.9324
19	2.132	1.9294	1.6261	4.8846	-0.4864	4.4127	-0.2661	-0.6661	-0.2956	0.255	0.0645	-0.3762	0.2253	0.7791	0.0932	0.3332	0.073	-0.0379	0.2941	-0.0117	0.2332	40.8109	25.6898	59.4047
20	5.7582	1.0924	-0.8815	4.7193	-1.4613	7.4884	0.2712	-0.0058	-0.144	0.3785	0.349	-0.2034	-0.6808	0.5877	-0.5297	0.4067	0.0569	-0.0702	0.4659	-0.0952	0.3678	42.3616	33.5998	63.8165
21	5.5887	-3.5398	6.0767	4.0961	-4.3178	8.3172	-0.7541	-0.2861	0.0104	0.1995	0.4658	-0.2125	-0.7075	-0.5282	0.2096	0.3815	0.0227	0.0676	0.2732	-0.0621	0.2805	34.1512	35.183	47.63
22	1.0654	-0.2416	1.6019	2.4775	-0.8085	2.4348	-0.1019	0.0915	-0.049	-0.225	0.1512	0.0703	-0.061	0.0981	-0.0613	0.3345	0.001	0.0602	0.2922	-0.0201	0.2261	34.0045	30.5763	38.6117
23	0.0191	0.1038	-0.2769	7.4394	1.2917	5.2176	0.5896	-0.4838	0.7296	0.9035	-0.1326	0.303	-0.097	0.5202	-0.3947	0.2905	-0.0014	0.0598	0.335	-0.0985	0.294	42.6562	29.6744	51.8261
24	3.0777	0.5576	-0.268	1.3713	-0.7282	4.3884	-0.2674	-0.4013	-0.1277	0.1117	0.1903	-0.2608	-0.0946	0.3773	0.1726	0.2779	0.0999	-0.0038	0.2528	0.0077	0.26	40.988	19.9176	53.9472
25	4.518	-5.5532	-0.527	6.6682	0.6478	0.6316	-0.1735	-0.2333	-0.1392	0.0188	-0.1869	0.3258	0.0823	0.0444	0.3464	0.3571	-0.0288	-0.0079	0.3654	-0.0137	0.286	19.549	30.1363	68.5379
26	3.1005	-0.692	1.3201	3.524	-0.8598	5.2006	-0.2675	0.6053	0.2092	0.1897	0.0426	0.0898	-0.3876	0.506	0.186	0.3051	-0.0756	0.0086	0.4206	0.0021	0.2796	14.7746	41.5197	67.5915
27	2.6348	-0.3345	-0.4706	1.4368	1.397	3.3014	-0.0816	-0.0773	-0.2279	0.1861	0.0463	0.0251	0.2574	0.2425	0.0094	0.4449	0.0398	0.0342	0.2796	0.0535	0.2604	32.9174	17.5896	61.2339
28	3.9484	-3.3054	-3.7755	3.3881	2.8299	3.8117	0.1334	-0.8259	-0.5832	0.714	-0.1681	-0.134	0.8224	-0.282	0.017	0.5674	-0.0308	-0.1064	0.6021	0.0014	0.2616	44.6613	26.8942	71.9237
29	6.6777	0.2729	-2.8611	3.6541	1.6816	6.2652	-0.2924	0.1367	-0.2394	-0.3652	0.1163	0.2012	0.4749	0.3721	0.178	0.3765	0.0792	-0.0149	0.2567	-0.0123	0.2527	25.6997	48.437	36.9305
30	1.2586	-1.3065	1.5898	5.6182	-0.2071	2.6082	0.0617	-0.0074	-0.117	0.7253	0.1734	-0.2244	0.3872	0.0153	-0.2776	0.4036	-0.0348	0.034	0.3334	-0.0239	0.3015	35.2539	44.8258	56.7113
31	4.2134	0.4337	2.3583	4.1487	0.457	3.1445	-0.1091	0.1304	-0.1578	-0.1866	0.0126	-0.1129	0.0191	0.1363	0.1031	0.2574	0.0004	0.027	0.1875	-0.0384	0.2252	31.0007	55.2852	47.1033
32	3.0494	-0.8561	0.0588	4.7523	-4.0867	7.3649	0.4	0.1458	-0.0577	-0.8104	-0.5199	0.3073	0.785	1.1573	0.1134	0.4065	0.0162	-0.0323	0.4986	-0.0385	0.2601	9.8523	35.0155	45.3249
33	1.5274	0.5645	-0.7171	0.698	-0.719	2.4331	-0.1452	0.0095	-0.0664	-0.3564	0.1091	0.0481	0.4803	-0.1377	0.003	0.3393	0.0204	-0.0418	0.2151	-0.0099	0.2169	14.282	48.8471	43.3295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 140 through 160 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 161 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 188 through 201 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 202 through 214 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 12 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 41 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 42 through 54 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 55 through 73 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 74 through 89 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 112 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 113 through 125 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 126 through 160 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 161 through 201 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 202 through 214 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid -1 through 12 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 13 through 26 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 27 through 41 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 42 through 72 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 73 through 89 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 90 through 112 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 113 through 126 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 127 through 160 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 161 through 201 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 202 through 214 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 0 through 27 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 28 through 55 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 56 through 112 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 113 through 139 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 140 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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