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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4np2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the murine CD44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule | ||||||
要素 | CD44 antigen | ||||||
キーワード | Cell adhesion/inhibitor / Link module / Cell surface receptor / Hyaluronan / non-glycosylated / Cell surface / Cell adhesion-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process ...Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of neutrophil apoptotic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cargo receptor activity / wound healing, spreading of cells / epidermal growth factor receptor binding / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / channel regulator activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / lamellipodium membrane / microvillus / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wnt signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection development / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / apical plasma membrane / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, L.K. / Finzel, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Fragment-Based Identification of an Inducible Binding Site on Cell Surface Receptor CD44 for the Design of Protein-Carbohydrate Interaction Inhibitors. 著者: Liu, L.K. / Finzel, B.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4np2.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4np2.ent.gz | 32.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4np2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4np2_validation.pdf.gz | 463.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4np2_full_validation.pdf.gz | 464.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4np2_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4np2_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4np2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4np2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16724.604 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 23-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Cd44 Ly-24, Ly-24 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15379 |
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-非ポリマー , 5種, 67分子
#2: 化合物 | ChemComp-2L1 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MES / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG MME 5000, MES, (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月20日 / 詳細: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→40.08 Å / Num. all: 46025 / Num. obs: 14170 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.574 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 31.75 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→40.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.2134 / WRfactor Rwork: 0.1745 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8601 / SU B: 2.497 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.1274 / SU Rfree: 0.1227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.19 Å2 / Biso mean: 16.7488 Å2 / Biso min: 7.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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