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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4noe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DdrB bound to 30b ssDNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / single-stranded DNA annealing / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to desiccation / double-strand break repair via single-strand annealing / cellular response to gamma radiation / single-stranded DNA binding / DNA repair 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sugiman-Marangos, S.N. / Weiss, Y.M. / Junop, M.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism for accurate, protein-assisted DNA annealing by Deinococcus radiodurans DdrB. 著者: Sugiman-Marangos, S.N. / Weiss, Y.M. / Junop, M.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 313.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16920.033 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-144 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ddrB, DR0070, DR_0070 / プラスミド: pET151/D-Topo / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 9180.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 6% PEG2000, 0.1 M HEPES, pH 6.5, 0.05 M calcium chloride, 1 mM reduced L-glutathione, 1 mM oxidized L-glutathione, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→80.79 Å / Num. all: 46259 / Num. obs: 46259 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6641 / Rsym value: 0.813 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4HQB 解像度: 2.2→65.88 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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