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- PDB-4noe: Crystal structure of DdrB bound to 30b ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4noe
タイトルCrystal structure of DdrB bound to 30b ssDNA
要素
  • 5'-D(*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP)-3'
  • Single-stranded DNA-binding protein DdrB
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / single-stranded DNA annealing / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to desiccation / double-strand break repair via single-strand annealing / cellular response to gamma radiation / single-stranded DNA binding / DNA repair
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA binding protein DdrB-like / DdrB-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Single-stranded DNA-binding protein DdrB
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sugiman-Marangos, S.N. / Weiss, Y.M. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2016
タイトル: Mechanism for accurate, protein-assisted DNA annealing by Deinococcus radiodurans DdrB.
著者: Sugiman-Marangos, S.N. / Weiss, Y.M. / Junop, M.S.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32016年5月4日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
B: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
C: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
D: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
E: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
F: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8618
ポリマ-93,7816
非ポリマー802
9,836546
1
A: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
B: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
C: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
D: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
E: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
F: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
B: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
C: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
D: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
E: Single-stranded DNA-binding protein DdrB
F: 5'-D(*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,72216
ポリマ-187,56212
非ポリマー1604
21612
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area38280 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area61620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.760, 131.760, 102.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-259-

HOH

21A-278-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein DdrB / DNA damage response protein B


分子量: 16920.033 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: ddrB, DR0070, DR_0070 / プラスミド: pET151/D-Topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RY80
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP)-3'


分子量: 9180.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6% PEG2000, 0.1 M HEPES, pH 6.5, 0.05 M calcium chloride, 1 mM reduced L-glutathione, 1 mM oxidized L-glutathione, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→80.79 Å / Num. all: 46259 / Num. obs: 46259 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6641 / Rsym value: 0.813 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(AutoMR)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX(AutoMR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HQB
解像度: 2.2→65.88 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 2356 5.1 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.1918 46201 99.97 %-
all-46259 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5145 610 2 546 6303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2478183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8882118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24490.26781420.20322523X-RAY DIFFRACTION100
2.2449-2.29370.2561210.20962537X-RAY DIFFRACTION100
2.2937-2.34710.25611430.22542X-RAY DIFFRACTION100
2.3471-2.40580.30071320.20352544X-RAY DIFFRACTION100
2.4058-2.47090.28881450.20322539X-RAY DIFFRACTION100
2.4709-2.54360.28451350.20182548X-RAY DIFFRACTION100
2.5436-2.62570.23681370.19672555X-RAY DIFFRACTION100
2.6257-2.71950.26131370.20542529X-RAY DIFFRACTION100
2.7195-2.82840.26831370.19832587X-RAY DIFFRACTION100
2.8284-2.95710.25851380.19612543X-RAY DIFFRACTION100
2.9571-3.1130.22641390.18572568X-RAY DIFFRACTION100
3.113-3.30810.20191380.17182571X-RAY DIFFRACTION100
3.3081-3.56350.19991400.17262590X-RAY DIFFRACTION100
3.5635-3.9220.19271400.17092604X-RAY DIFFRACTION100
3.922-4.48940.22081390.15812617X-RAY DIFFRACTION100
4.4894-5.65580.20431430.17672656X-RAY DIFFRACTION100
5.6558-65.90950.26011500.24472792X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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