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- PDB-4noc: The crystal structure of a CBS Domain-containing Protein of Unkno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4noc
タイトルThe crystal structure of a CBS Domain-containing Protein of Unknown Function from Kribbella flavida DSM 17836.
要素Putative signal transduction protein with CBS domains
キーワードSIGNALING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative signal transduction protein with CBS domains
類似検索 - 構成要素
生物種Kribbella flavida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a CBS Domain-containing Protein of Unknown Function from Kribbella flavida DSM 17836.
著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative signal transduction protein with CBS domains
B: Putative signal transduction protein with CBS domains
C: Putative signal transduction protein with CBS domains
D: Putative signal transduction protein with CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,63516
ポリマ－65,4824
非ポリマー1,15312
水2,324129
1
A: Putative signal transduction protein with CBS domains
B: Putative signal transduction protein with CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2217
ポリマ－32,7412
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
2
C: Putative signal transduction protein with CBS domains
ヘテロ分子

C: Putative signal transduction protein with CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,70212
ポリマ－32,7412
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area5740 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
3
D: Putative signal transduction protein with CBS domains
ヘテロ分子

D: Putative signal transduction protein with CBS domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1256
ポリマ－32,7412
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.434, 99.434, 260.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B form a dimer. The chain C and its symmetry related molecule by the operator of ( x,-y+1/2,-z+1/4) form a dimer. The chain D and its symmetry related molecule by the operator of ( -x,-y,z) form a dimer.

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要素

#1: タンパク質
Putative signal transduction protein with CBS domains


分子量: 16370.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_0464 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D2PVT0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6M Ammomnium Sulfate (diabasic), 0.1M Sodium acetate/Acetate acid and 0.2M Sodium Chloride., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979451
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 29395 / Num. obs: 29395 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 51.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1447 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.522 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 1488 5.07 %random
Rwork0.1925 ---
all0.1949 29346 --
obs0.1949 29346 99.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4158 0 60 129 4347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0985840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0061521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2992-2.37340.31621270.25762485X-RAY DIFFRACTION99
2.3734-2.45820.31621580.23332480X-RAY DIFFRACTION100
2.4582-2.55660.32061150.22832532X-RAY DIFFRACTION100
2.5566-2.6730.26211480.22372475X-RAY DIFFRACTION100
2.673-2.81390.29161210.22452537X-RAY DIFFRACTION100
2.8139-2.99010.28681350.22592523X-RAY DIFFRACTION100
2.9901-3.22090.27931520.21732532X-RAY DIFFRACTION100
3.2209-3.54480.25421480.19192533X-RAY DIFFRACTION100
3.5448-4.05730.21691310.16982559X-RAY DIFFRACTION100
4.0573-5.110.18681180.14912624X-RAY DIFFRACTION100
5.11-39.52820.21951350.20332578X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.7781-2.1047-5.85367.57120.51763.7066-0.43670.228-1.0095-0.34040.0723-0.01710.7250.3520.32930.3746-0.028-0.09070.287-0.07360.4548-31.139-17.462544.134
22.60012.28871.05897.8852-1.02858.41350.5524-0.06230.18270.8001-0.47770.0164-0.0827-0.3273-0.20560.41350.06340.00460.3788-0.12420.3114-34.6774-8.745765.0579
38.19382.20921.70844.3639-1.07059.09160.05230.1886-0.09710.12430.06070.00570.22150.0821-0.17270.28450.08450.01310.4353-0.11920.3134-30.1374-5.134759.4034
47.29090.44623.7472.87591.65696.1296-0.1566-1.32710.65320.83290.3768-0.4953-0.40310.32050.02080.65110.0235-0.03770.6607-0.31270.519-24.55620.151574.5686
50.0639-0.4503-0.37362.88712.19381.8420.3696-0.77670.3431-0.4509-0.10430.11-1.54240.4129-0.08610.7481-0.0844-0.06690.3425-0.4733-0.302-28.66841.577553.7961
64.5171-2.247-2.97455.212-0.11824.3981-0.17670.0962-0.10680.26330.2247-0.0041-0.0079-0.1932-0.07090.20580.0347-0.08080.2716-0.09220.3061-26.7161-12.249841.9195
78.2458-0.2752-6.20893.0161-2.39568.2938-0.5224-0.5692-0.73910.463-0.0376-0.08760.17470.39150.47050.65830.1644-0.36120.9512-0.13580.7183-8.8542-16.750963.7462
85.3461-1.00092.95891.0116-0.78724.57950.0472-0.5373-0.15220.46390.3724-0.34710.41880.9341-0.34240.42280.1392-0.1660.6017-0.18840.5843-9.7793-14.258150.5847
97.6607-1.56231.73213.088-1.78279.1249-0.04370.17190.61360.0520.238-0.4269-0.39570.0626-0.14850.2284-0.03980.0450.2964-0.10120.3717-19.4919-7.007529.7457
105.18113.06853.02091.91430.84048.4739-0.48230.40630.1497-0.16840.4905-0.3205-0.52182.1008-0.08350.40040.0544-0.07010.5584-0.13440.6305-6.9831-11.278343.5747
113.76530.0173-5.06019.55682.45297.4445-0.6338-0.8412-0.06780.26640.8054-1.44170.68590.8471-0.2990.4435-0.028-0.13860.9999-0.23350.7092-11.5974-6.549172.3775
125.619-2.221.03786.98380.54974.52520.1826-0.9828-0.0334-0.16990.1869-0.60690.09270.0412-0.26110.41360.1611-0.16680.6787-0.14140.368-15.2654-11.879167.4012
132.712-1.618-0.09489.8014-6.10264.5962-0.3320.2579-0.5992-0.48261.32331.3741-0.2952-1.3023-0.79440.6109-0.1178-0.15990.4229-0.03030.4514-43.739913.958423.4196
145.59611.1316-1.00827.2391-0.23443.39920.3350.1341-0.0201-0.4583-0.11350.44380.3117-0.0843-0.14860.3818-0.0512-0.13040.36240.02150.2515-39.109127.28920.7197
152.93722.19544.07523.10334.09346.4524-0.2978-0.2638-0.27450.41120.4363-0.63620.6050.5361-0.2380.3196-0.07760.0720.43010.00050.356-28.085846.052427.638
163.29873.84332.94454.86633.41442.5401-0.520.54060.5202-1.33260.34621.0926-0.01780.27310.080.5957-0.1028-0.12350.48840.12040.4638-37.866146.310319.8549
174.49273.4257-3.21846.5561-1.20842.7297-0.42990.4227-0.5241-0.93630.6207-1.3879-0.20770.3324-0.02280.4987-0.20420.02460.4446-0.07350.43-32.14227.208516.6775
186.4495-1.55920.28265.8458-1.9368.7342-0.05520.1317-0.7021-0.4910.29490.66330.97620.1617-0.07630.31650.0877-0.02960.23510.01830.3287-34.85687.121530.8377
196.6144-1.23110.43526.5635-1.40218.9894-0.00220.2203-0.3981-0.12560.1470.5124-0.2126-0.431-0.18930.23770.0661-0.02180.19150.02510.305-41.170411.88530.1133
209.1565-6.04982.17396.0235-4.79165.91950.19131.158-0.6495-0.8155-0.17420.3670.1725-0.2761-0.10330.4668-0.17450.03780.6405-0.21480.5316-10.7222-8.892114.2874
214.0552.43871.44674.86640.35421.7568-0.37391.2552-0.2182-0.37470.1408-0.2943-0.01560.01690.28410.3214-0.09310.04930.5505-0.12760.53180.3098-12.04219.5141
226.1609-0.644-3.77358.0337-1.76495.597-0.382-0.1593-1.1656-0.0687-0.26380.1390.12820.44650.54650.4019-0.0075-0.15430.51160.03170.715222.3243-8.429226.7187
233.1047-2.6561-0.45617.06510.90196.2527-0.4849-0.7-1.20580.03750.2024-0.1730.64450.51040.33490.4839-0.05490.00150.3607-0.03930.66433.4137-15.707624.5685
249.1816-1.66950.66293.1922-1.16286.19660.06290.87390.41090.04590.04940.5631-0.3584-0.2074-0.0310.2961-0.10430.05950.4243-0.01630.4313-18.49760.194921.7326
256.9822.00260.07138.6917-0.80114.546-0.44440.59020.6732-0.88690.22120.38080.32980.0970.20670.2596-0.12010.030.6726-0.08010.4955-13.1285-2.53516.3505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 56 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 101 through 148 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 18 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 19 through 56 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 57 through 74A)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 75 through 100 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 101 through 117 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 118 through 145 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 0 through 18 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 19 through 56 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 57 through 69 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 70 through 83 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 84 through 99 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 100 through 118 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 119 through 146 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 18 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 19 through 56 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 57 through 76 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 77 through 100 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 101 through 118 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 119 through 145 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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