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万見
- PDB-4nnu: Distinct structural features of TFAM drive mitochondrial DNA pack... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nnu
タイトルDistinct structural features of TFAM drive mitochondrial DNA packaging versus transcriptional activation
要素
  • DNA1
  • DNA2
  • Transcription factor A, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / HMG / DNA bending / TFB2M / mtRNAP / mitochondrial / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Ngo, H.B. / Lovely, G.A. / Phillips, R. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Distinct structural features of TFAM drive mitochondrial DNA packaging versus transcriptional activation.
著者: Ngo, H.B. / Lovely, G.A. / Phillips, R. / Chan, D.C.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Other
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: Transcription factor A, mitochondrial
C: DNA1
E: DNA1
D: DNA2
F: DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1446
ポリマ－81,1446
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17200 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area33890 Å2
手法PISA
2
A: Transcription factor A, mitochondrial
C: DNA1
D: DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5723
ポリマ－40,5723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
3
B: Transcription factor A, mitochondrial
E: DNA1
F: DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5723
ポリマ－40,5723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.800, 114.380, 144.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 27067.166 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF6, TCF6L2, TFAM / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00059
#2: DNA鎖 DNA1


分子量: 6823.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAM / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: DNA鎖 DNA2


分子量: 6681.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 9% PEG1500 and 18% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月10日
放射モノクロメーター: Rh coated / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→36.87 Å / Num. obs: 22010 / % possible obs: 30 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TQ6

3tq6


解像度: 2.81→36.017 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 1988 9.04 %Random
Rwork0.2137 ---
all0.219 22010 --
obs0.2181 21991 97.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.46 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.8471 Å20 Å20 Å2
2--5.8153 Å20 Å2
3---2.6158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→36.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3243 1804 0 30 5077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3637529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0572219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8088-2.8790.57071210.50241239X-RAY DIFFRACTION86
2.879-2.95690.49731450.44431434X-RAY DIFFRACTION99
2.9569-3.04380.43691520.35861418X-RAY DIFFRACTION99
3.0438-3.1420.35441400.29611435X-RAY DIFFRACTION99
3.142-3.25420.33091320.25451452X-RAY DIFFRACTION99
3.2542-3.38440.31281430.23091417X-RAY DIFFRACTION99
3.3844-3.53830.25291430.22231429X-RAY DIFFRACTION98
3.5383-3.72470.28891450.21631403X-RAY DIFFRACTION97
3.7247-3.95780.23391430.22231457X-RAY DIFFRACTION99
3.9578-4.2630.23361430.19561434X-RAY DIFFRACTION99
4.263-4.69110.25361450.17051464X-RAY DIFFRACTION99
4.6911-5.3680.2191420.17141443X-RAY DIFFRACTION97
5.368-6.75580.23981480.19461455X-RAY DIFFRACTION98
6.7558-36.020.17261460.15661523X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34591.6947-0.53043.0863-0.50131.31510.20280.01290.16660.2504-0.2024-0.2905-0.17170.08420.06660.29740.01470.02020.332-0.03310.4612-19.7085-3.1842-28.6811
24.97261.2316-6.70670.5203-1.83457.11730.77180.12220.28440.2568-0.3464-0.2492-0.66790.0994-0.450.39360.0070.07370.3990.0110.5567-19.2078-23.7046-40.3553
33.10830.65963.37771.07821.49425.77560.07280.30230.111-0.1753-0.03830.10540.4086-0.4545-0.11970.454-0.0078-0.02390.75580.0710.4236-7.3061-32.0958-63.7142
42.5972-0.2356-1.37032.59590.53090.53220.1907-0.2468-0.7930.3172-0.3049-0.208-0.0155-0.11230.02210.4363-0.0401-0.12590.4130.13320.6867-18.5805-58.8629-38.6787
53.4704-0.6547-0.68734.21531.63613.72250.46850.51360.0486-0.2687-0.5-0.5248-0.05780.30380.04620.2925-0.09990.05210.25330.09470.4082-20.9179-55.0935-48.0437
64.7489-0.98726.28571.7778-1.61437.15510.71590.3857-0.2107-0.125-0.5473-0.35280.39410.462-0.07370.3630.01260.01230.40790.00510.462-18.8282-35.6543-34.3626
72.5646-0.3021-2.04982.41261.20993.89260.0188-0.8772-0.27180.71190.0283-0.0716-0.1866-0.2945-0.12840.54910.0607-0.02811.12540.02250.4843-5.2087-27.1784-11.7779
84.5408-3.0993-0.06786.46341.2394.85641.05810.8717-0.9325-1.4503-0.7941-0.114-0.07450.7722-0.26070.77890.2367-0.03950.67710.01650.7253-15.0053-6.6163-41.6276
91.6488-2.00581.73384.2304-0.25183.3517-0.7972-0.91250.05120.99770.47440.5303-1.7417-0.60580.25081.03480.1751-0.03490.81520.08750.5304-16.7512-28.9003-57.6415
104.95012.4343-0.2624.66351.87781.56930.9173-1.54021.09981.7522-0.70560.15010.1780.6227-0.43691.0888-0.2254-0.08150.87480.14890.8018-14.5259-52.1508-32.5172
110.88160.7169-0.9742.13181.29862.9814-0.4069-0.5459-0.61720.99290.09370.36160.8034-0.1280.39850.89870.11890.1710.98630.12990.6543-15.4586-30.1102-17.0434
120.86690.99380.77421.7834-1.02883.3430.6232-0.15560.17450.8375-0.72390.9242-1.36230.2250.11380.74270.08590.16250.53120.22080.7286-17.2099-25.068-57.6743
134.71931.2021-0.28913.5186-3.57897.13520.10321.0623-0.6887-0.9647-0.0879-1.03751.90070.5861-0.07410.63360.09390.03830.6024-0.06470.7304-11.6133-8.4246-36.646
140.53440.20650.41470.60611.34022.68230.9296-0.9866-0.4438-0.4592-1.24550.51411.9380.38760.45181.018-0.0863-0.14990.83010.37780.9806-15.7754-34.3268-16.7796
155.8130.0482-1.21373.7532-2.872.85370.5755-0.99121.13090.7518-0.2415-0.4998-1.91731.4748-0.16530.7624-0.1030.13670.7020.06520.8645-11.7463-50.6919-37.7503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 44:122)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 123:151)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 152:236)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 44:76)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 77:122)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 123:151)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 152:234)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 1:9)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 10:22)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resseq 1:9)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resseq 10:22)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 1:13)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resseq 14:22)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resseq 1:13)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resseq 14:22)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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