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万見
- PDB-4nnr: FKBP13-FK506 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nnr
タイトルFKBP13-FK506 Complex
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
キーワードisomerase/isomerase inhibitor / loop crossing / immunophilin / FKBP / peptidyl-prolyl isomerase / Isomerase / isomerase-isomerase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FK506 binding / : / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2/11 / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Schultz, L.W. / Martin, P.K. / Liang, J. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994
タイトル: Atomic structure of the Immunophilin FKBP13-FK506 Complex: Insights into the Composite Binding Surface for Calcineurin
著者: Schultz, L.W. / Martin, P.K. / Liang, J. / Schreiber, S.L. / Clardy, J.
履歴
登録2013年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9554
ポリマ－31,3472
非ポリマー1,6082
水2,018112
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4772
ポリマ－15,6731
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4772
ポリマ－15,6731
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.260, 74.060, 39.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2 / PPIase FKBP2 / 13 kDa FK506-binding protein / 13 kDa FKBP / FKBP-13 / FK506-binding protein 2 / ...PPIase FKBP2 / 13 kDa FK506-binding protein / 13 kDa FKBP / FKBP-13 / FK506-binding protein 2 / FKBP-2 / Immunophilin FKBP13 / Rotamase


分子量: 15673.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP2, FKBP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26885, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年7月17日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→18 Å / Num. all: 13559 / Num. obs: 13559 / % possible obs: 87.05 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.98-2.13153
2.13-2.34194
2.35-2.68194
2.69-3.38195

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解析

ソフトウェア
名称分類
SDMSデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SDMSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→17.3 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.221 680 5% phenix
Rwork0.159 --
obs0.159 13559 -
all-13559 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→17.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 114 112 1800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.98-2.130.2904930.2302X-RAY DIFFRACTION152353
2.13-2.350.27631370.2012X-RAY DIFFRACTION274293
2.35-2.680.25491390.1842X-RAY DIFFRACTION275794
2.68-3.380.22831530.1637X-RAY DIFFRACTION283595
3.38-17.30.16591580.1168X-RAY DIFFRACTION302298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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