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- PDB-4nm8: Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nm8
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound to H3 influenza hemagglutinin
要素
  • (Antibody CR8043, ...) x 2
  • (Hemagglutinin ...) x 2
キーワードviral protein/immune system / Viral fusion protein / immunoglobulin / virus attachment and entry / immune recognition / viral protein-immune system complex / Immunoglobulin'
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / viral budding from plasma membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / host cell surface receptor binding / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin kappa light chain / Ig-like domain-containing protein / Hemagglutinin / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.0041 Å
データ登録者Lee, P.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2014
タイトル: A common solution to group 2 influenza virus neutralization.
著者: Robert H E Friesen / Peter S Lee / Esther J M Stoop / Ryan M B Hoffman / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Wenli Yu / Jarek Juraszek / Wouter Koudstaal / Mandy Jongeneelen / Hans J W M Korse / ...著者: Robert H E Friesen / Peter S Lee / Esther J M Stoop / Ryan M B Hoffman / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Wenli Yu / Jarek Juraszek / Wouter Koudstaal / Mandy Jongeneelen / Hans J W M Korse / Carla Ophorst / Els C M Brinkman-van der Linden / Mark Throsby / Mark J Kwakkenbos / Arjen Q Bakker / Tim Beaumont / Hergen Spits / Ted Kwaks / Ronald Vogels / Andrew B Ward / Jaap Goudsmit / Ian A Wilson /
要旨: The discovery and characterization of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza viruses have raised hopes for the development of monoclonal antibody (mAb)-based immunotherapy and the ...The discovery and characterization of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza viruses have raised hopes for the development of monoclonal antibody (mAb)-based immunotherapy and the design of universal influenza vaccines. Only one human bnAb (CR8020) specifically recognizing group 2 influenza A viruses has been previously characterized that binds to a highly conserved epitope at the base of the hemagglutinin (HA) stem and has neutralizing activity against H3, H7, and H10 viruses. Here, we report a second group 2 bnAb, CR8043, which was derived from a different germ-line gene encoding a highly divergent amino acid sequence. CR8043 has in vitro neutralizing activity against H3 and H10 viruses and protects mice against challenge with a lethal dose of H3N2 and H7N7 viruses. The crystal structure and EM reconstructions of the CR8043-H3 HA complex revealed that CR8043 binds to a site similar to the CR8020 epitope but uses an alternative angle of approach and a distinct set of interactions. The identification of another antibody against the group 2 stem epitope suggests that this conserved site of vulnerability has great potential for design of therapeutics and vaccines.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.32017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_related.db_id
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 Chain
B: Hemagglutinin HA2 Chain
C: Hemagglutinin HA1 Chain
D: Hemagglutinin HA2 Chain
E: Hemagglutinin HA1 Chain
F: Hemagglutinin HA2 Chain
L: Antibody CR8043, Light Chain
H: Antibody CR8043, Heavy Chain
M: Antibody CR8043, Light Chain
I: Antibody CR8043, Heavy Chain
N: Antibody CR8043, Light Chain
J: Antibody CR8043, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,37626
ポリマ-314,06012
非ポリマー4,31614
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)241.491, 142.355, 170.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 Chain


分子量: 35506.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 Chain


分子量: 20197.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7

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抗体 , 2種, 6分子 LMNHIJ

#3: 抗体 Antibody CR8043, Light Chain / Immunoglobulin kappa light chain EU


分子量: 24228.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DOX7, UniProt: P01834*PLUS
#4: 抗体 Antibody CR8043, Heavy Chain


分子量: 24753.713 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686I15212, DKFZp686P15220 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6N089, UniProt: S6C4S0*PLUS

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, 2種, 14分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月22日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. all: 34622 / Num. obs: 34622 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 92.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 4→4.2 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4271 / Rsym value: 0.826 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FNK, 4NM4
解像度: 4.0041→43.821 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2924 1730 5.01 %RANDOM
Rwork0.2397 ---
obs0.2423 34531 97.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.0041→43.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21392 0 280 0 21672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22730148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2768067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0783378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0041-4.12180.33861410.29622365X-RAY DIFFRACTION85
4.1218-4.25480.31011360.26812767X-RAY DIFFRACTION99
4.2548-4.40670.3071420.25082774X-RAY DIFFRACTION99
4.4067-4.5830.28941520.23812708X-RAY DIFFRACTION98
4.583-4.79130.27741430.23732739X-RAY DIFFRACTION97
4.7913-5.04360.27371450.23542799X-RAY DIFFRACTION100
5.0436-5.35910.28961290.22462784X-RAY DIFFRACTION99
5.3591-5.7720.27721400.23522776X-RAY DIFFRACTION99
5.772-6.35130.32231240.24122753X-RAY DIFFRACTION98
6.3513-7.26670.31031580.24422800X-RAY DIFFRACTION100
7.2667-9.14160.27611690.22312746X-RAY DIFFRACTION98
9.1416-43.82370.28721510.23662790X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2559-0.1296-0.04280.5955-0.06950.5536-0.05850.04940.05590.02330.0035-0.2257-0.03370.19540.01930.1626-0.0617-0.00260.2801-0.01380.37979.930910.093241.1245
21.1024-0.3210.14350.8778-0.24741.1807-0.05230.28710.3905-0.2744-0.0278-0.0283-0.2659-0.10790.04310.42470.0879-0.17710.25730.01530.3722-28.679753.847937.2112
31.10240.26940.35650.65220.50560.4148-0.15070.57380.9215-0.22420.2584-0.2219-0.94830.0431-0.08921.5198-0.2449-0.03350.72010.30421.4158-20.178985.453326.9066
40.7092-0.1282-0.23790.68610.31030.87840.0271-0.27510.1150.27620.07730.1479-0.06720.00630.02460.48790.12480.17310.33220.02090.2369-27.4465-7.318582.4404
50.9357-0.0727-0.22860.2883-0.13370.2273-0.0078-0.9948-0.02960.8913-0.296-0.28880.3940.24330.26871.69780.1798-0.25141.47380.05630.6472-18.173-13.9497114.7687
61.22750.3815-0.19452.0885-0.3960.6185-0.04530.1503-0.2671-0.2715-0.0342-0.04190.4331-0.24750.02410.3633-0.1823-0.01070.3778-0.03010.3522-29.5611-15.9576.5667
70.5118-0.0549-0.18530.3623-0.10480.3854-0.01190.4195-0.7242-0.2388-0.0560.30940.78590.32090.0851.75480.0470.36951.041-0.54041.2374-21.8725-40.6146-16.1887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B or chain C or chain D or chain E or chain F
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 1:121 or chain L and resid 1:114
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 122:213 or chain L and resid 115:211
4X-RAY DIFFRACTION4chain I and resid 1:121 or chain M and resid 1:114
5X-RAY DIFFRACTION5chain I and resid 122:213 or chain M and resid 115:211
6X-RAY DIFFRACTION6chain J and resid 1:121 or chain N and resid 1:114
7X-RAY DIFFRACTION7chain J and resid 122:213 or chain N and resid 115:211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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