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万見
- PDB-4nm6: Crystal structure of TET2-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nm6
タイトルCrystal structure of TET2-DNA complex
要素
  • 5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3'
  • Methylcytosine dioxygenase TET2
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / DNA hydroxylation / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / Specification of primordial germ cells / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation ...leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / Specification of primordial germ cells / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation / ferrous iron binding / response to organic cyclic compound / chromosome / cell cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.026 Å
データ登録者Hu, L. / Li, Z. / Cheng, J. / Rao, Q. / Gong, W. / Liu, M. / Wang, P. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of TET2-DNA Complex: Insight into TET-Mediated 5mC Oxidation.
著者: Hu, L. / Li, Z. / Cheng, J. / Rao, Q. / Gong, W. / Liu, M. / Shi, Y.G. / Zhu, J. / Wang, P. / Xu, Y.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylcytosine dioxygenase TET2
B: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2088
ポリマ－58,8093
非ポリマー3995
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.296, 88.186, 262.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Methylcytosine dioxygenase TET2


分子量: 51454.398 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TET2, KIAA1546, Nbla00191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6N021, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6N021, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*(5CM)P*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3'


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 136分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細PROTEIN CONSTRUCT COMPRISES UNP RESIDUES 1129-1480 AND 1844-1936 CONNECTED BY A (GGGGS)3 LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 23% PEG2000 MME, 0.1 M MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792, 1.2818
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月10日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
21.28181
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 34839 / % possible obs: 93.84 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.86
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 89.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.026→41.805 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1731 4.97 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2044 34834 93.82 %-
all-34839 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.026→41.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3202 431 14 131 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3441450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.026-2.0860.27661330.21492605X-RAY DIFFRACTION90
2.086-2.15330.29141560.21192624X-RAY DIFFRACTION92
2.1533-2.23020.28261330.21522710X-RAY DIFFRACTION93
2.2302-2.31950.25271290.22032712X-RAY DIFFRACTION93
2.3195-2.42510.26681230.21642799X-RAY DIFFRACTION95
2.4251-2.55290.27841230.20832766X-RAY DIFFRACTION95
2.5529-2.71280.26771620.22792799X-RAY DIFFRACTION96
2.7128-2.92230.27481580.22612809X-RAY DIFFRACTION96
2.9223-3.21620.25721540.21472799X-RAY DIFFRACTION95
3.2162-3.68140.26061590.20282822X-RAY DIFFRACTION96
3.6814-4.63720.20411640.18182801X-RAY DIFFRACTION95
4.6372-41.81370.2221370.1932857X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.9709 Å / Origin y: 0.5435 Å / Origin z: -34.388 Å
111213212223313233
T0.423 Å2-0.0042 Å2-0.1287 Å2-0.4315 Å20.0384 Å2--0.45 Å2
L1.9659 °20.0231 °20.3465 °2-1.6766 °20.3348 °2--1.9267 °2
S0.0016 Å °-0.1304 Å °-0.1602 Å °0.0434 Å °-0.089 Å °0.0845 Å °-0.1744 Å °-0.1692 Å °-0.0118 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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