PDB-4nlh: SKICH domain of human TAX1BP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nlh

タイトル

SKICH domain of human TAX1BP1

要素

Tax1-binding protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Ig like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to phagocytic vesicle / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phagophore assembly site / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / autophagosome / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Regulation of TNFR1 signaling / autophagy / kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yang, Y. / Wang, G. / Huang, X. / Zhu, J. / Du, Z.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: SKICH domain of human TAX1BP1
著者: Yang, Y. / Wang, G. / Huang, X. / Zhu, J. / Du, Z.

履歴

登録	2013年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nlh.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nlh.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nlh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nlh_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nlh_full_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示
XML形式データ	4nlh_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4nlh_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nlh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4v23-d 5ktu-d 3n1p-d 6d09-d 1hz6-d 1yae-3 5mlj-d 6sxx-d 7bcn-d 1yh3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tax1-binding protein 1

B: Tax1-binding protein 1

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Tax1-binding protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Tax1-binding protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.160, 64.020, 101.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tax1-binding protein 1 / TRAF6-binding protein 分子量: 15702.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN TAX1BP1, PRO0105, T6BP, TAX1BP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86VP1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 3350, MES 7.2, KBr, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 23821

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→34.689 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7119 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2777	1831	8.39 %
R_work	0.2382	-	-
obs	0.2415	21836	91.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.44 Å² / B_iso mean: 37.5673 Å² / B_iso min: 13.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1842	0	0	225	2067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	2627
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.927	655

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9515	0.6927	101	0.7083	1059	1160	64
1.9515-2.009	0.4002	123	0.3753	1368	1491	83
2.009-2.0738	0.3418	138	0.3118	1535	1673	92
2.0738-2.1479	0.3057	143	0.2621	1584	1727	95
2.1479-2.2339	0.2599	125	0.277	1351	1476	82
2.2339-2.3355	0.4046	123	0.3691	1305	1428	79
2.3355-2.4586	0.3204	146	0.2568	1633	1779	97
2.4586-2.6126	0.3274	150	0.2466	1646	1796	98
2.6126-2.8143	0.2614	154	0.2414	1666	1820	99
2.8143-3.0973	0.2367	152	0.2115	1678	1830	100
3.0973-3.5451	0.2177	157	0.1961	1707	1864	100
3.5451-4.465	0.2248	155	0.1747	1700	1855	99
4.465-34.6944	0.2215	164	0.1654	1773	1937	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8184	0.2915	0.3941	0.3619	-0.1274	0.2087	-0.0296	0.6413	0.3352	-0.1988	-0.0952	-0.1213	0.5581	0.0642	-0.166	0.2767	0.0387	0.0568	0.2354	0.0042	0.1858	0.2802	-14.478	0.3347
2	0.7653	-0.282	-0.0198	0.3926	0.5442	0.6446	0.0776	-0.1713	0.0902	0.2242	0.0688	-0.2851	-0.1341	-0.0406	-0.018	0.2922	-0.0007	0.0542	0.1631	-0.019	0.1545	2.9135	-14.3439	11.0843
3	1.044	0.2828	-0.0354	1.0977	0.6315	0.9699	-0.2718	0.2351	0.4103	-0.5527	0.0624	0.2914	-0.5124	-0.0552	0.3083	0.2786	0.0525	-0.0588	0.1748	-0.0446	0.2194	-5.3035	-5.1962	10.4651
4	0.1773	-0.1747	-0.2185	0.3783	0.2606	0.2885	-0.014	-0.5868	0.1792	0.0908	0.379	-0.3485	0.226	1.0907	0.0113	0.2417	-0.079	0.0685	0.4134	-0.1317	0.2663	16.1002	-11.1156	6.062
5	0.0753	0.4897	-0.0358	1.0952	0.0732	0.4164	-0.0116	-0.1035	0.1542	-0.177	-0.0577	0.0623	0.0436	-0.1483	-0.0246	0.1559	0.0239	0.0014	0.2777	-0.0386	0.1557	-3.9154	-12.1846	15.6102
6	1.2946	-0.8187	-0.2762	0.4608	0.2725	0.5758	0.2364	0.3269	-0.0098	0.0612	-0.2338	-0.0391	-0.1785	-0.2292	0.0663	0.2241	-0.0086	0.017	0.147	0.0369	0.1228	-4.6304	-12.9785	8.9996
7	0.0155	0.0216	-0.054	0.126	-0.1558	0.2141	-0.087	0.1263	0.122	0.2011	-0.0613	-0.3811	-0.2358	0.5389	0.2018	0.3649	-0.0297	-0.0634	0.4774	0.2783	0.8541	21.791	-32.0813	28.6981
8	0.3922	0.1859	0.0082	0.4493	0.1373	1.7445	-0.0003	-0.2319	-0.4725	-0.142	-0.0836	-0.53	-0.0488	-0.2634	-0.4667	0.2173	-0.0101	-0.0238	0.213	0.0712	0.3471	9.1957	-34.339	24.7447
9	0.0093	0.0475	0.0175	0.2105	0.0219	0.3922	-0.0371	-0.2949	0.2368	-0.1379	-0.1651	-0.2279	-0.7408	0.26	-0.0671	0.6174	-0.2953	-0.7465	0.4226	-0.0298	1.197	22.8104	-23.0282	35.1624
10	0.3412	-0.1751	0.324	0.3192	-0.206	0.2899	0.1745	-0.0257	0.1909	-0.1478	-0.2432	-0.4059	0.0971	-0.1546	-0.0528	0.2652	-0.0864	-0.0124	0.276	0.1071	0.5295	14.386	-23.615	20.942
11	0.819	0.0849	0.8726	0.0676	0.1631	1.7151	-0.4738	0.2312	0.5627	-0.6582	-0.4429	-1.2262	-0.774	0.1777	-0.668	0.5395	-0.078	0.1668	0.2095	0.1754	0.5187	14.6178	-20.3646	19.2686
12	0.1635	-0.0668	-0.2344	0.072	0.0896	0.7933	0.189	-0.3507	-0.329	0.7189	0.2451	-0.4866	-0.5568	-0.0543	0.5068	0.6053	-0.1051	-0.3956	0.5859	0.0146	0.7584	18.863	-25.503	41.7724
13	0.6186	-0.0597	0.2367	3.3385	-0.3406	1.7572	0.1382	-0.313	0.5819	-0.4845	0.2464	-2.3261	-0.4538	-0.2002	0.6335	0.1383	-0.057	0.1048	0.049	0.4007	-0.1157	9.5751	-28.3297	21.472
14	0.1275	-0.0321	-0.2294	0.7526	0.0128	0.2966	-0.6307	-0.5106	0.3396	0.2742	-0.2674	-0.1808	-0.5189	0.2506	-0.5538	0.4	-0.5674	-0.2004	0.2293	0.4121	1.0961	23.4853	-20.2283	27.0871
15	0.2259	0.1244	-0.0767	0.6881	-0.4759	0.3327	0.3319	0.5819	-0.1836	-1.174	-0.2057	-0.7596	0.9685	-0.1164	0.3114	0.4718	0.0352	0.2007	0.3192	0.1001	0.3749	10.1034	-36.7188	15.6289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 20 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 48 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 68 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 80 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 81 through 105 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 124 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 15 through 20 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 38 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 48 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 54 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 55 through 68 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 69 through 80 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 81 through 105 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 106 through 114 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 115 through 124 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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