PDB-4nl5: Mycobacterium tuberculosis heme-degrading protein MhuD in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nl5

タイトル

Mycobacterium tuberculosis heme-degrading protein MhuD in complex with heme and cyanide

要素

Heme-degrading monooxygenase HmoB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (mycobilin-producing) / cell wall / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Morse, R.P. / Chao, A. / Goulding, C.W.

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and Spectroscopic Insights into Heme Degradation by Mycobacterium tuberculosis MhuD.
著者: Graves, A.B. / Morse, R.P. / Chao, A. / Iniguez, A. / Goulding, C.W. / Liptak, M.D.

履歴

登録	2013年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nl5.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nl5.ent.gz	74.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nl5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nl5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4nl5_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	4nl5_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1woc-2 5qro-d 4ocf-3 5qsj-d 1j6t-d 1woc-3 5qrl-d 2mbs-d 2aoi-d 5a68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heme-degrading monooxygenase HmoB

B: Heme-degrading monooxygenase HmoB

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Heme-degrading monooxygenase HmoB

ヘテロ分子

B: Heme-degrading monooxygenase HmoB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.970, 60.400, 78.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heme-degrading monooxygenase HmoB / Heme oxygenase / Mycobacterial heme utilization degrader / MHUD 分子量: 13192.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: mhuD, MT3698, Rv3592 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: O06156, UniProt: P9WKH3*PLUS, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 6.0, 0.2 M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.23 Å / Num. all: 103418 / Num. obs: 15989 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.7 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX	AutoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	AutoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→39.23 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2238	1595	10.01 %	Random
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.1782	15935	99.94 %	-
all	-	110652	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1505	0	98	94	1697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1661
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	2282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.834	546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	296

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9614	0.2444	144	0.1958	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9614-2.0315	0.2527	141	0.1837	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0315-2.1128	0.2429	141	0.1835	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1128-2.209	0.2387	144	0.1846	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.3254	0.2604	143	0.1766	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3254-2.4711	0.2611	142	0.1831	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4711-2.6618	0.2113	143	0.1918	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6618-2.9296	0.2332	146	0.1891	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9296-3.3533	0.247	145	0.1827	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3533-4.2241	0.2063	148	0.1577	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2241-39.2383	0.1901	158	0.1531	1413	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7098	0.5952	-4.9656	2.3985	-0.729	5.1243	-0.0561	0.1903	0.1051	-0.1082	0.0878	-0.245	-0.1492	0.2088	-0.036	0.1327	0.0028	0.0186	0.2093	0.0301	0.1591	-3.8494	-0.9819	13.2437
2	2.014	-0.0862	-1.6955	5.9089	2.5451	8.5698	0.3808	0.7509	-1.0413	0.3136	0.5336	-0.6148	0.6697	0.6803	-0.8997	0.2291	0.0961	-0.0936	0.3819	-0.0762	0.4057	5.1065	-10.6389	13.4399
3	6.5405	2.6597	-5.257	2.6101	-1.047	5.7192	-0.1482	-0.3121	-0.9263	0.3876	-0.1667	-0.4162	0.8082	0.21	0.3082	0.2871	-0.0097	0.0013	0.2085	0.046	0.3368	-8.4445	-12.9306	17.5306
4	6.54	-4.1793	0.3789	9.5578	3.3076	7.933	-0.1536	0.3784	0.2159	-0.1615	-0.0342	-0.0957	-0.3149	0.6462	0.2064	0.1504	-0.0283	0.0094	0.2472	0.0399	0.2105	-0.8066	0.7824	3.4669
5	1.8622	-1.8433	1.1799	4.6914	1.9922	4.1674	-0.2679	-0.3468	-0.3495	0.0988	0.0567	0.2854	0.4866	-0.0018	0.202	0.1249	0.037	0.0274	0.167	0.0327	0.144	-11.0166	-5.8931	14.5421
6	6.1967	0.5337	3.5975	7.3173	-4.8246	2.0104	0.0378	-0.8142	0.224	0.8285	-0.0825	0.109	-0.9579	-0.262	0.0393	0.3572	0.0205	0.038	0.3713	0.0078	0.1431	-14.5277	-4.2617	24.8542
7	9.5839	0.7016	-6.3975	3.7701	-3.1609	2.0145	-0.2325	-1.2713	-0.0515	-0.0464	0.1331	-0.0555	0.3414	0.6405	0.084	0.2303	0.0016	-0.0229	0.3989	0.011	0.1969	-4.9608	-6.9584	27.843
8	9.1567	9.3341	-7.7874	1.9981	-6.9228	7.6234	-1.0195	-1.1274	-0.674	0.3572	1.0546	-0.902	0.6705	0.4019	-0.2541	0.5148	0.1039	-0.0294	0.7281	-0.0139	0.4006	7.187	-5.2327	21.6918
9	2.0021	2.9295	7.8225	3.0372	1.8971	5.5262	0.0352	-0.6664	0.1573	0.1831	-0.126	0.1762	-0.1846	-0.2781	0.0507	0.2305	0.0495	0.0212	0.2629	-0.0184	0.1698	-11.2763	2.7289	15.502
10	6.6306	-5.1491	-3.7752	5.4926	1.904	7.195	-0.1294	0.3225	-1.1202	-0.1708	0.0433	0.5057	0.857	-0.9122	0.0638	0.2235	-0.0988	0.0118	0.3498	-0.0302	0.4413	-22.2213	-7.5695	3.8269
11	8.8815	-7.4312	-2.8098	9.8062	4.3941	6.5001	0.1824	0.1309	0.1965	-0.2064	-0.268	-0.0752	-0.3748	-0.1067	0.0652	0.0811	0.001	0.0173	0.183	-0.0334	0.1776	-12.3079	1.4115	1.0529
12	4.1176	-1.8745	-3.8423	9.3218	1.8148	5.9587	-0.176	0.008	0.0805	-0.0105	0.0549	0.6882	-0.3173	-0.8832	0.1453	0.1592	0.0798	-0.0264	0.3319	-0.0089	0.1852	-27.2961	6.9686	3.0517
13	6.4039	-8.86	-5.7008	2.0291	7.8205	5.2087	-0.1432	0.3982	-0.6139	0.312	-0.6651	0.8397	0.5733	-1.0161	0.7249	0.3767	-0.1539	0.0188	0.4527	-0.0424	0.4476	-23.2598	-7.3981	-6.519
14	2.6964	-3.4617	-2.9857	9.3706	9.9204	2.0485	-0.0003	-0.0146	-0.4787	0.3933	-0.6312	0.6819	0.2341	-1.0132	0.6535	0.2526	0.0055	0.0367	0.2589	0.0092	0.2622	-18.2233	-5.9507	2.0808
15	7.9051	-3.0467	-0.491	4.5719	-2.3808	8.2714	-0.1138	-0.6103	0.096	0.2746	-0.0883	-0.2536	-1.1168	-0.4686	0.2229	0.2553	0.0281	0.0382	0.2349	-0.0506	0.1756	-15.7986	7.3614	12.1061
16	8.9022	-3.6354	-3.3546	5.3657	4.3067	8.4193	0.0048	0.0372	-0.6236	0.022	-0.1802	0.1605	0.3288	-0.1443	0.1435	0.1177	-0.0049	0.0297	0.1582	0.0124	0.1318	-13.8031	-4.3325	0.8164
17	2.0423	-6.9909	7.2144	9.6981	-6.5838	8.8428	0.4452	1.044	0.0095	-0.6012	-0.4829	-0.261	0.1594	0.5492	0.0299	0.2652	-0.0271	0.0064	0.2553	-0.0434	0.2139	-14.065	-3.2145	-10.854
18	0.0737	-0.9053	-0.7812	2.0001	9.5595	8.4085	-0.0014	0.3471	0.1651	-0.3521	-0.6993	1.3272	-0.6625	-1.8421	0.6699	0.6339	0.1071	-0.0964	0.7425	0.1105	0.4313	-27.3615	9.4624	-7.3005
19	3.0701	-3.0719	1.9845	9.0075	-3.8114	5.1187	0.2059	0.1462	-0.1364	-0.0861	-0.1871	0.1905	0.1009	0.041	-0.0334	0.0948	-0.0301	0.006	0.1365	-0.0325	0.1208	-8.4141	-3.8895	4.2604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 59 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 60 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 68 through 75 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 76 through 85 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 86 through 93 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 94 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 11 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 12 through 25 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 26 through 35 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 36 through 42 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 43 through 50 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 51 through 59 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 60 through 75 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 76 through 83 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 84 through 101 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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