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- PDB-4nl2: Crystal Structure of Listeria monocytogenes Hfq -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nl2
タイトルCrystal Structure of Listeria monocytogenes Hfq
要素Protein hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN / LSm/Sm proteins / RNA chaperone
機能・相同性SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / S-1,2-PROPANEDIOL / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kovach, A.R. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: Recognition of U-rich RNA by Hfq from the Gram-positive pathogen Listeria monocytogenes.
著者: Kovach, A.R. / Hoff, K.E. / Canty, J.T. / Orans, J. / Brennan, R.G.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Protein hfq
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
E: Protein hfq
F: Protein hfq
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,88213
ポリマ－52,3506
非ポリマー5337
水70339
1
D: Protein hfq
A: Protein hfq
B: Protein hfq
ヘテロ分子

D: Protein hfq
A: Protein hfq
B: Protein hfq
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,11116
ポリマ－52,3506
非ポリマー76110
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area12040 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
2
C: Protein hfq
E: Protein hfq
F: Protein hfq
ヘテロ分子

C: Protein hfq
E: Protein hfq
F: Protein hfq
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,65410
ポリマ－52,3506
非ポリマー3044
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.600, 66.850, 106.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Protein hfq


分子量: 8724.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: hfq, LMHCC_1277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8DG33
#2: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% 1,2-propanediol, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→106.51 Å / Num. all: 14557 / Num. obs: 14557 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.745.80.471.61205620630.47100
2.74-2.915.80.3562.11162419880.356100
2.91-3.115.90.2382.81078618400.238100
3.11-3.365.90.15351029917600.153100
3.36-3.685.90.1146.5938515960.114100
3.68-4.115.80.0967.4849914600.096100
4.11-4.755.80.0778.2759213080.077100
4.75-5.815.80.0788.3644411200.078100
5.81-8.225.60.087.950008900.08100
8.22-46.0785.10.0676.526905320.06799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å46.08 Å
Translation2.6 Å46.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.078 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8069 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 730 5.03 %
Rwork0.2129 13792 -
obs0.2159 14522 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.26 Å2 / Biso mean: 40.9897 Å2 / Biso min: 20.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3499 0 35 39 3573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4814823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0391325
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6001-2.80080.30711340.242127142848
2.8008-3.08260.30981520.243726942846
3.0826-3.52850.28061630.21227222885
3.5285-4.4450.26331390.197227632902
4.445-46.08530.24311420.205628993041

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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