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- PDB-4nk8: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG D317... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nk8
タイトルCrystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG D317A mutant
要素Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase
キーワードISOMERASE / AlgG / Pseudomonas / parallel beta-helix / alginate / mannuronate / polysaccharide epimerase / lysine methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Parallel beta-helix repeat-2 / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like ...: / Parallel beta-helix repeat-2 / Right handed beta helix domain / Right handed beta helix region / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannuronan C5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2924 Å
データ登録者Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Catalytic Mechanism and Mode of Action of the Periplasmic Alginate Epimerase AlgG.
著者: Wolfram, F. / Kitova, E.N. / Robinson, H. / Walvoort, M.T. / Codee, J.D. / Klassen, J.S. / Howell, P.L.
履歴
登録2013年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0921
ポリマ－55,0921
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1842
ポリマ－110,1842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area31190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.599, 125.599, 98.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase


分子量: 55091.824 Da / 分子数: 1 / 変異: D317A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP
参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月5日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.292→50 Å / Num. obs: 40515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 50.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.208 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.292-2.38190.72439880.866199.7
2.38-2.4821.60.55539960.9151100
2.48-2.5922.30.43340140.9551100
2.59-2.7322.30.30940111.0851100
2.73-2.922.30.21740101.2351100
2.9-3.1222.30.16340501.3941100
3.12-3.4422.10.12940391.6211100
3.44-3.9321.90.10540671.7461100
3.93-4.9530.80.11140961.393199.9
4.95-5031.30.07442440.8871100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.45 Å47.61 Å
Translation7.45 Å47.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2924→47.609 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7645 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 3844 4.95 %
Rwork0.2085 --
obs0.2099 40446 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.61 Å2 / Biso mean: 39.1219 Å2 / Biso min: 21.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2924→47.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 0 29 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1514594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9731258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2924-2.32140.36471400.31652575271594
2.3214-2.35190.42451320.30812723285599
2.3519-2.38410.31311460.289427712917100
2.3841-2.41820.35571440.276627242868100
2.4182-2.45430.31081440.254627522896100
2.4543-2.49260.33371330.274727422875100
2.4926-2.53350.27571390.266127282867100
2.5335-2.57720.33861360.269527392875100
2.5772-2.6240.37271460.268327752921100
2.624-2.67450.3121460.278526932839100
2.6745-2.72910.31681440.266327612905100
2.7291-2.78840.28651360.257127272863100
2.7884-2.85330.34581440.251527622906100
2.8533-2.92460.26521400.249227202860100
2.9246-3.00370.30841480.262127462894100
3.0037-3.09210.35221440.260427412885100
3.0921-3.19180.29531520.258227632915100
3.1918-3.30590.20641490.245927552904100
3.3059-3.43820.2731480.233426872835100
3.4382-3.59470.26171380.22527692907100
3.5947-3.78410.23291460.206227792925100
3.7841-4.02110.20381460.18827172863100
4.0211-4.33130.19991360.169627812917100
4.3313-4.76690.18161420.143226972839100
4.7669-5.45580.19751460.163227602906100
5.4558-6.87040.17771330.186527352868100
6.8704-47.61950.1641460.165827522898100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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