PDB-4nk5: Crystal structure of FabI-NAD complex from Candidatus Liberibacte...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4nk5

タイトル

Crystal structure of FabI-NAD complex from Candidatus Liberibacter asiaticus

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enoyl-ACP Reductase I

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Liberibacter asiaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Jiang, L. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures and kinetic properties of enoyl-acyl carrier protein reductase I from Candidatus Liberibacter asiaticus.
著者: Jiang, L. / Gao, Z. / Li, Y. / Wang, S. / Dong, Y.

履歴

登録	2013年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nk5.cif.gz	587.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nk5.ent.gz	486.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nk4C 3grkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bit-1 5c4f-1 5c4c-1 4fra-1 3sxc-2 6ih1-1 5c4d-1 3cb6-d 5c3d-1 2rix-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.272, 203.272, 82.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-410- HOH
2	1	B-301- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / FabI 分子量: 33032.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Liberibacter asiaticus (バクテリア) 遺伝子: WSI_01645 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: M4Q2P0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 35% v/v 2-ethoxyethanol, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月19日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 52181 / Num. obs: 52181 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 2624 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GRK

3grk

解像度: 2.7→47.804 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2575	2646	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1867	-	-	-
all	0.1903	52181	-	-
obs	0.1867	52096	96.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.512 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.077 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.077 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.154 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11838	0	176	234	12248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.224	16669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.113	4543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7491	0.4008	112	0.2976	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7491-2.802	0.3333	153	0.2582	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
2.802-2.8592	0.344	139	0.2447	2626	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8592-2.9213	0.3039	145	0.2187	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9213-2.9893	0.2923	120	0.2195	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9893-3.064	0.3088	128	0.2256	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
3.064-3.1469	0.314	149	0.2068	2617	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1469-3.2394	0.2924	149	0.2181	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2394-3.344	0.344	136	0.221	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
3.344-3.4635	0.2923	142	0.2138	2581	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4635-3.6021	0.2764	158	0.2068	2571	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6021-3.766	0.2838	139	0.2138	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
3.766-3.9644	0.209	132	0.1722	2591	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9644-4.2127	0.2344	141	0.1511	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2127-4.5377	0.1904	153	0.1442	2552	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5377-4.9939	0.2202	150	0.1331	2589	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9939-5.7155	0.216	152	0.152	2596	X-RAY DIFFRACTION	96
5.7155-7.197	0.2345	129	0.1888	2618	X-RAY DIFFRACTION	95
7.197-47.8119	0.2028	119	0.1497	2650	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -76.542 Å / Origin y: -31.707 Å / Origin z: -2.82 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.213 Å²	0.0792 Å²	-0.0419 Å²	-	0.0673 Å²	0.017 Å²	-	-	-0.0085 Å²
L	0.0684 °²	0.0061 °²	0.0711 °²	-	-0.0053 °²	-0.0263 °²	-	-	0.0498 °²
S	-0.0207 Å °	-0.0576 Å °	0.0254 Å °	0.0462 Å °	-0.0953 Å °	0.0312 Å °	0.0039 Å °	-0.1854 Å °	-0.0885 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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