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- PDB-4njc: RNA Polymerase interacting protein YkzG from Geobacillus stearoth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4njc
タイトルRNA Polymerase interacting protein YkzG from Geobacillus stearothermophilus
要素Geobacillus stearothermophilus YkzG
キーワードTRANSCRIPTION / DNA Dependant RNA Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNAP, epsilon subunit-like / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Keller, A.N. / Lewis, P.J.
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2014
タイトル: ε, a new subunit of RNA polymerase found in gram-positive bacteria.
著者: Andrew N Keller / Xiao Yang / Jana Wiedermannová / Olivier Delumeau / Libor Krásný / Peter J Lewis /
要旨: RNA polymerase in bacteria is a multisubunit protein complex that is essential for gene expression. We have identified a new subunit of RNA polymerase present in the high-A+T Firmicutes phylum of ...RNA polymerase in bacteria is a multisubunit protein complex that is essential for gene expression. We have identified a new subunit of RNA polymerase present in the high-A+T Firmicutes phylum of Gram-positive bacteria and have named it ε. Previously ε had been identified as a small protein (ω1) that copurified with RNA polymerase. We have solved the structure of ε by X-ray crystallography and show that it is not an ω subunit. Rather, ε bears remarkable similarity to the Gp2 family of phage proteins involved in the inhibition of host cell transcription following infection. Deletion of ε shows no phenotype and has no effect on the transcriptional profile of the cell. Determination of the location of ε within the assembly of RNA polymerase core by single-particle analysis suggests that it binds toward the downstream side of the DNA binding cleft. Due to the structural similarity of ε with Gp2 and the fact they bind similar regions of RNA polymerase, we hypothesize that ε may serve a role in protection from phage infection.
履歴
登録2013年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geobacillus stearothermophilus YkzG
B: Geobacillus stearothermophilus YkzG
C: Geobacillus stearothermophilus YkzG
D: Geobacillus stearothermophilus YkzG
E: Geobacillus stearothermophilus YkzG
F: Geobacillus stearothermophilus YkzG
G: Geobacillus stearothermophilus YkzG
H: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6938
ポリマ－64,6938
非ポリマー00
水66737
1
A: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0871
ポリマ－8,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.650, 82.780, 83.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Geobacillus stearothermophilus YkzG


分子量: 8086.619 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K2H5X8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.29 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179, 0.97941, 0.95369
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541791
20.979411
30.953691
反射解像度: 2.3→41.33 Å / Num. obs: 21483 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1439)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→23.065 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 1125 5.22 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2158 19734 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→23.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3505 0 0 37 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7154779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1591414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.350.33951410.2653251399
2.35-2.40460.281260.26552507100
2.4046-2.46470.31641400.2541242799
2.4647-2.53120.34951330.26612552100
2.5312-2.60560.30541560.25272486100
2.6056-2.68960.39351210.2794246898
2.6896-2.78560.3651410.2589248399
2.7856-2.89690.38961170.2592538100
2.8969-3.02850.27111360.26072506100
3.0285-3.18770.29281070.25292550100
3.1877-3.38690.25371340.24092457100
3.3869-3.64740.2861540.2267247898
3.6474-4.01280.26971450.2124245898
4.0128-4.58940.17331410.1572478100
4.5894-5.76720.18821490.15522490100
5.7672-23.06610.23581550.19592491100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.87951.51711.0536.06161.9328.19340.1461-0.0083-0.18830.6132-0.292-0.05070.08140.41420.12250.45670.01520.00060.32110.0270.282821.236243.93924.6401
24.8530.9302-2.65386.56280.05364.4638-0.29020.0650.1856-0.18080.3646-0.090.22560.1186-0.10530.6257-0.06360.00190.46840.00410.311713.384955.137940.5973
33.48480.0087-0.32969.2895-1.02597.6657-0.0658-0.0863-0.08960.02810.0378-0.40910.15590.28990.04220.49830.03550.02440.35140.00650.355121.233821.347523.1695
44.6174-1.638-0.74625.81710.28987.92340.23830.9198-0.3494-0.5382-0.1811-0.25210.32350.3934-0.04760.4753-0.00480.06680.561-0.03080.362122.649939.13756.9132
55.2078-0.6425-1.12585.90790.50586.70540.07540.643-0.3014-1.1767-0.19030.21430.3921-0.0120.15670.99960.02560.00970.5544-0.0580.412517.88544.992716.0713
65.55560.06782.39735.7253-1.66394.8216-0.0578-0.1558-0.6587-0.71910.14890.03940.768-0.1606-0.06660.8589-0.02210.12120.4049-0.02370.420613.661638.455247.0025
73.5913-1.97760.55525.99130.64164.1229-0.04220.43980.2799-0.044-0.1336-0.153-0.37850.16490.13480.663-0.11330.00250.64090.08370.418.880559.81340.9249
87.0652-2.44160.14826.3755-0.83288.0986-0.2678-0.03860.44980.09290.193-0.4412-0.99480.65450.03410.5862-0.1038-0.01570.35530.01630.35219.864764.227118.2863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN H
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN G

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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