PDB-4nj7: PB1 Domain of AtARF7 - SeMet Derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nj7

タイトル

PB1 Domain of AtARF7 - SeMet Derivative

要素

Auxin response factor 7

キーワード

PROTEIN BINDING / PB1 domain / Beta-grasp fold

機能・相同性

機能・相同性情報

callus formation / lateral root formation / response to ethylene / blue light signaling pathway / lateral root development / gravitropism / phototropism / leaf development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Korasick, D.A. / Westfall, C.S. / Lee, S.G. / Nanao, M. / Jez, J.M. / Strader, L.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular basis for AUXIN RESPONSE FACTOR protein interaction and the control of auxin response repression.
著者: Korasick, D.A. / Westfall, C.S. / Lee, S.G. / Nanao, M.H. / Dumas, R. / Hagen, G. / Guilfoyle, T.J. / Jez, J.M. / Strader, L.C.

履歴

登録	2013年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4nj6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tzd-4 3ab5-1 7ju2-2 1sv4-1 2qb1-2 6ak2-1 2xnr-d 1acp-d 2k94-d 1igv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Auxin response factor 7

B: Auxin response factor 7

C: Auxin response factor 7

D: Auxin response factor 7

E: Auxin response factor 7

F: Auxin response factor 7

G: Auxin response factor 7

H: Auxin response factor 7

I: Auxin response factor 7

J: Auxin response factor 7

K: Auxin response factor 7

L: Auxin response factor 7

M: Auxin response factor 7

N: Auxin response factor 7

O: Auxin response factor 7

P: Auxin response factor 7

177 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Auxin response factor 7

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2

B: Auxin response factor 7

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3

C: Auxin response factor 7

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4

D: Auxin response factor 7

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5

E: Auxin response factor 7

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6

F: Auxin response factor 7

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7

G: Auxin response factor 7

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8

H: Auxin response factor 7

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9

I: Auxin response factor 7

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10

J: Auxin response factor 7

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11

K: Auxin response factor 7

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12

L: Auxin response factor 7

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13

M: Auxin response factor 7

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14

N: Auxin response factor 7

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15

O: Auxin response factor 7

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16

P: Auxin response factor 7

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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.936, 150.936, 184.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Auxin response factor 7 / Auxin-responsive protein IAA21/IAA23/IAA25 / Protein BIPOSTO / Protein NON-PHOTOTROPIC HYPOCOTYL 4 ...

分子量: 11074.795 Da / 分子数: 16 / 断片: PB1 Domain (UNP Residues 1036-1126) / 変異: K1042A, D1092A, D1096A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARF7, BIP, IAA21, IAA23, IAA25, NPH4, TIR5, At5g20730, T1M15.130
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P93022

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG-3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→47.634 Å / Num. all: 28097 / Num. obs: 28097 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→47.6 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 32.72 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	1829	6.51 %
R_work	0.257	-	-
obs	0.261	28097	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.57 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3781 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.3781 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.3622 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9822	0	0	0	9822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.025	9980
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.048	13434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.791	3652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.118	1480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1706

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.1838	0.3808	137	0.3088	1982	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1838-3.2775	0.3586	140	0.3036	1981	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2775-3.3832	0.3677	136	0.304	1954	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3832-3.5041	0.3609	124	0.2873	2058	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5041-3.6444	0.3223	146	0.2864	1993	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6444-3.8102	0.3226	136	0.285	2045	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8102-4.011	0.3351	132	0.2698	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
4.011-4.2621	0.3185	143	0.2376	2064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2621-4.5909	0.2604	153	0.2017	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5909-5.0525	0.2631	127	0.2029	2058	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0525-5.7825	0.2943	142	0.2475	2050	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7825-7.2812	0.2963	156	0.2835	2007	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2812-47.6392	0.2802	157	0.2619	2020	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4636	0.5344	-3.9583	7.8839	-3.3125	5.4839	0.154	0.1103	0.0977	0.6875	0.0555	0.3107	-1.0903	1.8724	0.1323	0.3322	-0.1164	0.0647	0.8223	0.0132	0.4163	-26.3477	139.8168	4.605
2	6.5241	0.1331	2.1313	6.3552	-1.9901	8.3332	-0.0543	-0.2927	0.1614	0.3325	0.2044	0.6121	-0.2679	-0.3717	-0.1733	0.5395	-0.1047	0.2943	0.6224	-0.1239	0.5142	-34.2005	135.903	2.8752
3	9.1235	0.6954	-1.4026	9.1123	5.7732	6.8741	0.4584	-1.4077	-1.656	0.8669	-0.19	-1.5241	0.4104	0.9725	-0.471	0.4816	-0.0038	0.0865	0.6205	-0.0399	0.6218	-28.1934	119.9717	35.7313
4	4.2497	2.9928	-3.093	6.8631	0.2697	4.3289	0.2365	1.339	0.4407	0.3038	1.3473	-0.1877	-0.0305	0.2447	1.6409	0.134	0.1115	0.0973	0.7693	0.1198	0.3329	-37.0785	127.9423	27.6716
5	8.9786	2.8327	-0.5802	8.8669	3.5576	3.5376	0.21	0.4878	1.3802	-1.3082	-0.8561	0.5541	-0.9242	-0.9315	0.4054	0.5637	-0.0705	0.0703	0.7324	0.1815	0.6089	-33.4557	127.9912	29.8948
6	7.9658	-0.3539	1.0337	6.6592	-1.6229	4.4679	-0.6528	0.792	1.2031	-0.7453	0.6483	-1.1422	-0.1359	-0.5724	0.8285	0.4088	0.0606	0.0547	0.5363	-0.1605	0.6008	-17.6139	94.4094	31.4759
7	6.5622	1.6983	0.2699	2.136	0.203	4.7509	-0.7122	1.112	0.1283	-0.1682	-0.2984	0.9099	0.7628	-1.5387	0.0653	0.1205	-0.4908	-0.1268	0.9489	-0.8228	0.6627	-29.0731	90.0046	37.319
8	2.5772	-1.631	-0.8344	6.5833	0.1266	8.6096	0.2974	0.6108	-1.1059	-0.1187	-0.0862	0.5424	1.4063	-0.2978	-0.3562	0.6539	-0.034	0.0282	0.6116	-0.059	0.7522	-17.7641	87.6601	40.9561
9	8.8023	3.9012	-1.3322	2.6603	0.2859	3.8595	-0.9177	1.3066	0.3265	0.5484	0.0818	0.295	-1.3294	-0.4969	-0.6512	0.729	-0.097	0.0179	0.5121	-0.0623	0.4935	-20.8343	101.6502	45.8157
10	3.3786	1.0699	3.4795	7.2894	-4.2128	7.6848	0.4099	-0.3954	2.162	0.7108	0.3105	1.0818	-1.4037	-1.0847	-0.0884	0.5426	-0.1056	0.1978	0.2866	-0.1607	0.8063	-24.1126	97.9018	41.9903
11	1.9993	-5.0421	9.7664	2.9154	-4.0375	6.3015	-0.4201	0.4545	3.3367	0.8309	-0.1245	-0.1858	-1.2902	0.965	1.0917	0.8126	0.2224	0.1883	1.1435	0.0034	0.7339	-5.1266	100.0542	41.0235
12	8.4718	0.6976	-1.3233	2.0055	3.3477	6.1634	0.107	1.0818	0.7925	0.7625	0.0703	-0.538	-0.3975	0.263	-0.2589	0.4228	-0.1462	-0.0244	0.7113	0.345	1.1977	-6.6829	104.6568	-8.3791
13	2.5492	-3.0818	-1.1972	6.177	-0.1475	1.5783	0.4751	0.984	1.1002	0.1748	0.2832	0.693	-0.679	-0.3971	-0.4085	0.5357	0.0624	0.0548	0.8475	0.1903	0.6595	-18.7083	110.6241	-10.3295
14	8.5018	-5.4708	-2.7866	7.0427	4.4829	6.6648	-0.2827	0.4973	0.2625	-1.7952	0.5298	0.7187	-0.2027	0.3907	-0.4427	0.7818	-0.1625	-0.0393	0.5913	0.1856	0.5722	-16.3592	100.1622	-10.2992
15	1.5091	0.0772	-2.0251	4.6512	-1.1747	2.9729	-0.6012	-1.5829	0.7999	-0.3256	-0.0102	0.825	-0.3066	-0.1471	-0.001	-0.0853	0.1352	-0.5282	0.724	0.2857	0.959	-17.6982	101.2068	3.1543
16	6.5774	1.1919	-1.2565	2.7284	1.584	2.6446	-0.047	-1.184	0.2856	0.2529	0.0561	0.7817	-0.0239	-1.4208	-0.0925	0.1684	0.1859	0.05	1.226	0.2452	0.8319	-23.1529	109.2545	0.133
17	7.4717	0.9544	-4.3301	0.6604	-0.5701	2.4839	-1.446	-0.7541	-2.0252	0.5625	0.2325	-0.2052	0.8129	-0.1216	-0.8347	0.6925	-0.065	-0.0666	0.6962	0.1319	0.6804	-9.4476	98.6935	-2.1748
18	4.2283	-3.8092	-1.5191	6.6252	0.6891	0.8846	0.1787	0.8881	0.5397	0.0597	0.1952	-0.3821	0.0903	-0.2772	-0.1993	0.5025	0.0534	-0.0165	0.5661	0.1988	0.8637	-19.9641	97.0492	10.0852
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精密化 TLSグループ

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59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN K AND (RESSEQ 1072:1091)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN K AND (RESSEQ 1092:1096)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN K AND (RESSEQ 1097:1113)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN K AND (RESSEQ 1114:1123)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN L AND (RESSEQ 1039:1050)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN L AND (RESSEQ 1051:1071)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN L AND (RESSEQ 1072:1124)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN M AND (RESSEQ 1040:1050)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN M AND (RESSEQ 1051:1060)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN M AND (RESSEQ 1061:1091)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN M AND (RESSEQ 1097:1104)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN M AND (RESSEQ 1105:1118)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN M AND (RESSEQ 1119:1123)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN N AND (RESSEQ 1041:1054)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	CHAIN N AND (RESSEQ 1055:1061)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	CHAIN N AND (RESSEQ 1062:1071)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	CHAIN N AND (RESSEQ 1072:1091)
76	X-RAY DIFFRACTION	76	CHAIN N AND (RESSEQ 1092:1104)
77	X-RAY DIFFRACTION	77	CHAIN N AND (RESSEQ 1105:1111)
78	X-RAY DIFFRACTION	78	CHAIN N AND (RESSEQ 1112:1118)
79	X-RAY DIFFRACTION	79	CHAIN N AND (RESSEQ 1119:1124)
80	X-RAY DIFFRACTION	80	CHAIN O AND (RESSEQ 1040:1060)
81	X-RAY DIFFRACTION	81	CHAIN O AND (RESSEQ 1061:1071)
82	X-RAY DIFFRACTION	82	CHAIN O AND (RESSEQ 1072:1109)
83	X-RAY DIFFRACTION	83	CHAIN O AND (RESSEQ 1110:1118)
84	X-RAY DIFFRACTION	84	CHAIN O AND (RESSEQ 1119:1126)
85	X-RAY DIFFRACTION	85	CHAIN P AND (RESSEQ 1039:1060)
86	X-RAY DIFFRACTION	86	CHAIN P AND (RESSEQ 1061:1071)
87	X-RAY DIFFRACTION	87	CHAIN P AND (RESSEQ 1072:1086)
88	X-RAY DIFFRACTION	88	CHAIN P AND (RESSEQ 1087:1091)
89	X-RAY DIFFRACTION	89	CHAIN P AND (RESSEQ 1092:1096)
90	X-RAY DIFFRACTION	90	CHAIN P AND (RESSEQ 1097:1104)
91	X-RAY DIFFRACTION	91	CHAIN P AND (RESSEQ 1105:1113)
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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