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- PDB-4niy: Crystal structure of trypsiligase (K60E/N143H/Y151H/D189K trypsin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4niy
タイトルCrystal structure of trypsiligase (K60E/N143H/Y151H/D189K trypsin) complexed to YRH-ecotin (M84Y/M85R/A86H ecotin)
要素
  • Cationic trypsin
  • Ecotin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Trypsin inhibitor / Serine proteinase / Enzyme design / Activation domain / Peptide ligation / Reverse proteolysis / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity ...trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. ...Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Ecotin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Schoepfel, M. / Parthier, C. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: N-terminal protein modification by substrate-activated reverse proteolysis.
著者: Liebscher, S. / Schopfel, M. / Aumuller, T. / Sharkhuukhen, A. / Pech, A. / Hoss, E. / Parthier, C. / Jahreis, G. / Stubbs, M.T. / Bordusa, F.
履歴
登録2013年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Cationic trypsin
C: Cationic trypsin
D: Cationic trypsin
E: Ecotin
F: Ecotin
G: Ecotin
H: Ecotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,55713
ポリマ－158,3328
非ポリマー2265
水59433
1
A: Cationic trypsin
E: Ecotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6233
ポリマ－39,5832
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
2
B: Cationic trypsin
F: Ecotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6884
ポリマ－39,5832
非ポリマー1052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
3
C: Cationic trypsin
G: Ecotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6233
ポリマ－39,5832
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
4
D: Cationic trypsin
H: Ecotin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6233
ポリマ－39,5832
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.241, 78.615, 98.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:184 OR RESSEQ 191:200 OR RESSEQ 202:243 )
21CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...
31CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...
41CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...
12CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...
22CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...
32CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...
42CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111CHAIN A AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:184 OR RESSEQ 191:200 OR RESSEQ 202:243 )A20 - 137
121CHAIN A AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:184 OR RESSEQ 191:200 OR RESSEQ 202:243 )A153 - 184
131CHAIN A AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:184 OR RESSEQ 191:200 OR RESSEQ 202:243 )A191 - 200
141CHAIN A AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:184 OR RESSEQ 191:200 OR RESSEQ 202:243 )A202 - 243
211CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...B20 - 57
221CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...B59 - 137
231CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...B154 - 184
241CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...B191 - 200
251CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...B202 - 217
261CHAIN B AND (RESSEQ 20:57 OR RESSEQ 59:137 OR RESSEQ...B222 - 243
311CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...C20 - 137
321CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...C153 - 158
331CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...C160 - 184
341CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...C191 - 200
351CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...C202 - 217
361CHAIN C AND (RESSEQ 20:137 OR RESSEQ 153:158 OR RESSEQ...C221 - 243
411CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D20 - 22
421CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D24
431CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D27 - 112
441CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D117 - 136
451CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D153 - 155
461CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D157 - 172
471CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D174 - 184
481CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D191 - 197
491CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D199 - 200
4101CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D202 - 214
4111CHAIN D AND (RESSEQ 20:22 OR RESSEQ 24:24 OR RESSEQ...D221 - 242
112CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...F7 - 17
122CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...F19 - 30
132CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...F32 - 53
142CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...F55 - 85
152CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...F87 - 88
162CHAIN F AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...F92 - 141
212CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...G7 - 17
222CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...G19 - 30
232CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...G32 - 53
242CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...G55 - 88
252CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...G92 - 134
262CHAIN G AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...G136 - 141
312CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H7 - 17
322CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H19 - 30
332CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H32 - 53
342CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H55 - 84
352CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H86 - 88
362CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H92 - 132
372CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H134
382CHAIN H AND (RESSEQ 7:17 OR RESSEQ 19:30 OR RESSEQ...H136 - 141
412CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E7 - 8
422CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E10 - 17
432CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E19 - 30
442CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E32 - 53
452CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E55 - 85
462CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E87 - 88
472CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E92 - 136
482CHAIN E AND (RESSEQ 7:8 OR RESSEQ 10:17 OR RESSEQ...E138 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.866939, -0.497498, -0.03021), (-0.497655, 0.860683, 0.107531), (-0.027496, 0.108257, -0.993743)-53.5229, -14.6342, 20.0779
2given(0.999263, 0.038003, 0.00541), (-0.038351, 0.982435, 0.182624), (0.001626, -0.182697, 0.983168)5.72223, -42.252899, -29.7012
3given(-0.871638, -0.483273, -0.081814), (-0.489677, 0.851248, 0.188665), (-0.021533, 0.20451, -0.978628)-38.7318, -53.5476, 45.858898
4given(-0.844327, -0.525498, -0.104705), (-0.535339, 0.818957, 0.206691), (-0.022867, 0.230568, -0.972788)-36.955601, -56.571602, 45.751099
5given(0.999852, 0.015509, 0.007506), (-0.016427, 0.989473, 0.143781), (-0.005197, -0.143883, 0.989581)5.79988, -41.178299, -30.135201
6given(-0.847869, -0.529031, -0.035277), (-0.529011, 0.839619, 0.123233), (-0.035574, 0.123147, -0.991751)-53.993, -16.9597, 20.1931

-
要素

#1: タンパク質
Cationic trypsin / Beta-trypsin / Alpha-trypsin chain 1 / Alpha-trypsin chain 2


分子量: 23337.330 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-246 / 変異: K60E, N143H, Y151H, D189K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質
Ecotin


分子量: 16245.554 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-162 / 変異: M84Y, M85R, A86H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eco, eti, b2209, JW2197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23827
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris/HCl, 10 mM CaCl2, 20% (w/v) polyethyleneglycol 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→49.596 Å / Num. obs: 33639 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 49.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.84-3.020.6921.9620471534698.8
3.02-3.220.3923.4919496506999.9
3.22-3.480.2485.4318314475399.9
3.48-3.810.1329.4716847437699.9
3.81-4.260.08413.7115192395599.9
4.26-4.910.05819.3213466352299.8
4.91-60.05919.0811288297299.9
6-8.420.05920.588604230798.9
8.420.03729.254694133998.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→49.596 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7929 / SU ML: 0.38 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1681 5 %
Rwork0.1917 --
obs0.1948 33622 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.72 Å2 / Biso mean: 26.9233 Å2 / Biso min: 1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→49.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10536 0 5 33 10574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2314546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8443919
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1434X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
12B1434X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
13C1450X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
14D1036X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
21F1019X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
22G1019X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
23H999X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
24E1011X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.84-2.92720.371370.30062620275798
2.9272-3.02170.32881380.260426082746100
3.0217-3.12970.26141410.229526722813100
3.1297-3.2550.30651380.224826402778100
3.255-3.40310.29361410.219726742815100
3.4031-3.58250.30741390.205326532792100
3.5825-3.80680.26011400.188526512791100
3.8068-4.10060.21641400.178826742814100
4.1006-4.51310.2171410.159226652806100
4.5131-5.16550.22111410.165326782819100
5.1655-6.50570.24431420.184126922834100
6.5057-49.60370.21091430.1672714285798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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