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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nii | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AlkB D135I mutant protein with cofactors bound to dsDNA containing m6A/A | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/DNA / DNA/RNA direct repair / jelly-roll fold / DNA/RNA demethylation repair / Fe(II) / 2-KG / OXIDOREDUCTASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yi, C.Q. / Zhu, C.X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Switching Demethylation Activities between AlkB Family RNA/DNA Demethylases through Exchange of Active-Site Residues. 著者: Zhu, C. / Yi, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22828.174 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-215 / 変異: S129C/D135I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 4073.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3950.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 330分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#5: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG4000, 0.1 M sodium chloride, 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月31日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.622→50 Å / Num. obs: 36703 / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.622→1.69 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3BIE 解像度: 1.622→37.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.072 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.409 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.622→37.06 Å
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拘束条件 |
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