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- PDB-4nih: Crystal structure of AlkB E136L mutant protein with cofactors bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nih
タイトルCrystal structure of AlkB E136L mutant protein with cofactors bound to dsDNA containing m6A/A
要素
  • 5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(6MA)P*AP*CP*CP*GP*T)-3'
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / DNA/RNA direct repair / jelly-roll fold / DNA/RNA demethylation repair / Fe(II) / 2-KG / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / DNA / DNA (> 10) / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.374 Å
データ登録者Yi, C.Q. / Zhu, C.X.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Switching Demethylation Activities between AlkB Family RNA/DNA Demethylases through Exchange of Active-Site Residues.
著者: Zhu, C. / Yi, C.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
B: 5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(6MA)P*AP*CP*CP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1326
ポリマ－30,8393
非ポリマー2933
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.072, 76.369, 53.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB


分子量: 22814.148 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-216 / 変異: S129C/E136L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(6MA)P*AP*CP*CP*GP*T)-3'


分子量: 4073.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3'


分子量: 3950.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 475分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG4000, 0.1 M sodium chloride, 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.374→50 Å / Num. obs: 59661 / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 1.374→1.43 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BIE

3bie


解像度: 1.374→27.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.834 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18003 3178 5.1 %RANDOM
Rwork0.15881 ---
obs0.15987 59661 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å20 Å20.12 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.374→27.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 506 17 472 2565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0172311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.7713258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2534502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37523.41879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.58915275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.531512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.374→1.409 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 195 -
Rwork0.3 3719 -
obs--82.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2429-0.0024-0.02280.32790.09870.05260.0015-0.00420.0171-0.01380.00320.00720.00440.0099-0.00470.0206-0.0024-0.00110.03340.00440.004521.63781.926576.309
22.13310.10750.32221.39351.7943.62850.11280.2323-0.06470.00950.07570.1046-0.17470.1556-0.18850.07560.00780.01710.0512-0.00170.105612.0255-7.530451.7774
30.5709-0.3595-0.11440.65060.12580.03080.0490.0372-0.0453-0.0229-0.0550.0109-0.012-0.00760.0060.02840.0083-0.00870.0385-0.00290.007926.798-16.125364.1388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 5
3X-RAY DIFFRACTION2C10 - 13
4X-RAY DIFFRACTION3B6 - 13
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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