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万見
- PDB-4nie: Crystal structure of the orphan nuclear receptor ROR(gamma)t liga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nie
タイトルCrystal structure of the orphan nuclear receptor ROR(gamma)t ligand-binding domain in complex with small molecule ligand
要素
  • Nuclear receptor ROR-gamma
  • Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION/AGONIST / nuclear receptor / ligand binding domain / TRANSCRIPTION-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / lymph node development / adipose tissue development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE / Chem-NBH / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ma, Y.L. / Yang, L.Q.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Discovery of Tertiary Amine and Indole Derivatives as Potent ROR gamma t Inverse Agonists.
著者: Yang, T. / Liu, Q. / Cheng, Y. / Cai, W. / Ma, Y. / Yang, L. / Wu, Q. / Orband-Miller, L.A. / Zhou, L. / Xiang, Z. / Huxdorf, M. / Zhang, W. / Zhang, J. / Xiang, J.N. / Leung, S. / Qiu, Y. / ...著者: Yang, T. / Liu, Q. / Cheng, Y. / Cai, W. / Ma, Y. / Yang, L. / Wu, Q. / Orband-Miller, L.A. / Zhou, L. / Xiang, Z. / Huxdorf, M. / Zhang, W. / Zhang, J. / Xiang, J.N. / Leung, S. / Qiu, Y. / Zhong, Z. / Elliott, J.D. / Lin, X. / Wang, Y.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年12月25日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
D: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6848
ポリマ－64,2414
非ポリマー1,4444
水3,405189
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
D: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8424
ポリマ－32,1202
非ポリマー7222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8424
ポリマ－32,1202
非ポリマー7222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.085, 86.349, 91.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / Retinoid-related ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 30627.467 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 263-509 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1F3, RORC, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 1492.788 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 684-697 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E7EWM1, UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NBH / N-(4-{[benzyl(propyl)amino]methyl}phenyl)-2-[4-(ethylsulfonyl)phenyl]acetamide / N-[4-[[ベンジル(プロピル)アミノ]メチル]フェニル]-2-[4-(エチルスルホニル)フェニル]アセトアミド


分子量: 464.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32N2O3S
#4: 化合物 ChemComp-DMX / 3-[BENZYL(DIMETHYL)AMMONIO]PROPANE-1-SULFONATE


分子量: 257.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 14% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker AXIOM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→91.98 Å / Num. all: 36351 / Num. obs: 36335 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 35890 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.028 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24677 1812 5 %RANDOM
Rwork0.20751 ---
obs0.20946 34458 99.72 %-
all-36371 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å2-0 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 98 189 4382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9961.9715880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13939543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3225519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.55523.284204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.71515758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.071529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.220.3172058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.220.3172057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3840.4732574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.3840.4732575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4110.5172292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4110.5192293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6460.7443304
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0283.6395125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.0273.6485126
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.008→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 124 -
Rwork0.263 2490 -
obs--99.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04420.15440.17211.9769-0.33341.1916-0.0610.0307-0.04170.08350.0432-0.0572-0.03130.03510.01780.1990.01510.00560.22150.01390.15718.607-13.956-8.39
21.12881.16890.27095.54721.09910.9838-0.12030.0640.1649-0.00860.18310.094-0.18070.0369-0.06280.25540.0086-0.01790.2490.030.180115.66320.432-17.795
342.392829.97666.135126.95383.606423.4563-0.1619-0.4776-0.45550.6522-1.0842.1097-1.1881-0.44431.24590.30860.01420.32920.163-0.29721.19133.09215.462-4.25
416.3692-2.7946-2.440514.76035.775831.02640.2980.33810.62640.0641-0.20980.6682-0.3792-1.0745-0.08820.1816-0.00220.00680.29450.10850.43740.21-8.819-12.507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A264 - 508
2X-RAY DIFFRACTION2B264 - 508
3X-RAY DIFFRACTION3C687 - 695
4X-RAY DIFFRACTION4D687 - 696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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