PDB-4ni2: Crystal structure of the heterodimeric catalytic domain of wild-t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ni2

タイトル

Crystal structure of the heterodimeric catalytic domain of wild-type human soluble guanylate cyclase

要素

Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3
Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

キーワード

LYASE / heterodimeric / cGMP biosynthesis / nitric oxide / cyclase / GTP-binding / metal-binding / nucleotide binding / CYTOSOL

機能・相同性

機能・相同性情報

retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / cytidylate cyclase activity / trans-synaptic signaling by nitric oxide, modulating synaptic transmission / guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / response to oxygen levels / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seeger, F. / Williams, G.J. / Tainer, J.A. / Garcin, E.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Interfacial residues promote an optimal alignment of the catalytic center in human soluble guanylate cyclase: heterodimerization is required but not sufficient for activity.
著者: Seeger, F. / Quintyn, R. / Tanimoto, A. / Williams, G.J. / Tainer, J.A. / Wysocki, V.H. / Garcin, E.D.

履歴

登録	2013年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ni2.cif.gz	235.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ni2.ent.gz	194.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ni2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ni2_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ni2_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	4ni2_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	4ni2_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4ni2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4ni2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3uvjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k8v-4 3ogo-3 4itm-d 4ha5-1 2a4n-d 4frs-2 4h1e-2 4djv-1 2bab-d 4zsm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
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アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
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フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
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Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (7)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3

B: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

ヘテロ分子

45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.545, 55.834, 139.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Guanylate cyclase soluble subunit alpha-3 / GCS-alpha-3 / GCS-alpha-1 / Soluble guanylate cyclase large subunit 分子量: 21786.258 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 468-661 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUC1A3, GUCSA3, GUCY1A1, GUCY1A3 / プラスミド: pNH-TrxT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pGRO7 chaperone / 参照: UniProt: Q02108, guanylate cyclase
#2: タンパク質	Guanylate cyclase soluble subunit beta-1 / GCS-beta-1 / Guanylate cyclase soluble subunit beta-3 / GCS-beta-3 / Soluble guanylate cyclase small subunit 分子量: 23567.053 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 408-608 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GUC1B3, GUCSB3, GUCY1B1, GUCY1B3 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pGRO7 chaperone / 参照: UniProt: Q02153, guanylate cyclase
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1% tryptone, 50mM HEPES pH 7.0, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→69.7 Å / Num. all: 31908 / Num. obs: 31270 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ELVES		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UVJ

3uvj

解像度: 1.9→69.684 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	1573	5.04 %
R_work	0.16	-	-
obs	0.162	31205	99.73 %
all	-	31289	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→69.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2996	0	24	310	3330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.817	4180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.242	1135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9614	0.2531	122	0.2392	2608	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9614-2.0315	0.2362	137	0.2054	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0315-2.1128	0.2337	153	0.1748	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1128-2.209	0.2096	139	0.1668	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.3254	0.2304	138	0.1683	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3254-2.4711	0.2014	163	0.1607	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4711-2.6619	0.2078	122	0.1631	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6619-2.9298	0.2008	145	0.1664	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9298-3.3538	0.1769	156	0.1497	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3538-4.2253	0.1838	156	0.1431	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2253-69.7309	0.198	142	0.1532	2894	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2842	0.2287	-0.3341	0.3484	0.0114	0.746	-0.0154	0.0716	-0.0439	-0.071	0.0934	0.207	-0.0494	-0.0607	-0	0.2318	0.0099	-0.0148	0.2044	0.0333	0.2435	11.7512	36.124	10.607
2	0.0902	-0.0823	0.0702	0.0714	-0.063	0.051	0.0936	-0.1	-0.483	-0.0193	0.0149	-0.1964	0.0919	-0.2378	-0.0002	0.2325	0.0206	-0.0047	0.3003	0.0476	0.3238	34.6539	23.1944	18.7189
3	1.3021	0.5343	0.4375	0.6711	-0.0973	0.2788	0.167	0.4301	-0.7184	-0.3037	-0.0237	-0.2711	0.4106	0.015	0.0184	0.2843	-0.0156	0.0735	0.2899	-0.0415	0.2432	26.6656	22.5727	5.3212
4	0.0262	0.0732	-0.0719	0.2151	-0.205	0.192	-0.1224	0.1031	-0.0677	-0.212	0.1452	-0.1111	-0.2126	-0.086	0.0001	0.2603	-0.0132	-0.0266	0.257	-0.0061	0.2097	18.5446	31.0186	7.7119
5	0.1293	0.0885	-0.1632	0.0938	-0.0807	0.2144	-0.1854	0.0219	-0.3668	0.0613	0.3094	0.0566	-0.254	-0.0979	0.0001	0.2529	0.0038	-0.0794	0.2803	0.0271	0.2539	7.0245	31.2899	5.1817
6	0.153	0.1623	0.1401	0.2447	0.2419	0.2396	0.1435	0.3795	-0.1682	-0.1992	-0.0405	-0.046	0.1451	-0.152	0.0022	0.2328	0.0026	0.0107	0.2236	-0.04	0.2288	13.986	18.916	8.9828
7	0.8667	0.6387	-0.3642	0.4964	-0.1453	0.3808	-0.1226	0.0258	-0.2562	-0.0372	0.0255	-0.0503	-0.0329	-0.0196	-0.0585	0.2335	0.0105	0.0294	0.184	0.0188	0.2403	19.9197	25.39	14.155
8	0.2658	0.0569	0.15	0.3967	-0.0649	0.1561	-0.0687	0.2157	0.2718	-0.2383	-0.0125	0.2143	-0.5349	0.2412	-0.2531	0.3755	-0.0187	-0.0573	0.2684	0.0298	0.195	15.7034	39.6448	4.4598
9	0.09	0.1105	-0.1317	0.1279	-0.1574	0.1795	0.1004	-0.2094	-0.0577	0.0079	-0.1063	-0.1806	-0.1425	0.0497	-0.0002	0.2514	0.0159	-0.0189	0.2553	0.004	0.2285	13.4108	32.2308	21.6041
10	0.2215	-0.0875	-0.4056	0.3661	-0.0091	0.8369	-0.0693	-0.0569	-0.245	-0.0116	-0.0072	0.2028	0.0294	-0.1148	0	0.187	0.0074	-0.0088	0.2129	0.0025	0.2616	6.053	19.5079	18.5856
11	0.159	-0.0807	0.0412	0.0525	0.0139	0.1112	-0.0608	-0.6369	0.099	0.2827	0.1509	-0.2883	-0.2681	-0.3946	0.0065	0.3215	0.0588	0.0245	0.3178	-0.0137	0.2758	8.4323	26.4828	29.9482
12	0.5424	0.2666	-0.0775	0.1483	0.0927	0.8243	-0.0282	-0.1408	-0.1987	0.1214	-0.023	0.0694	0.1789	-0.4043	0.071	0.1975	0.0287	0.0096	0.2749	0.0117	0.2751	4.6745	20.9259	20.9838
13	0.296	0.409	-0.2012	0.5884	-0.2714	0.4712	0.0533	0.0512	0.1313	-0.1491	-0.0312	-0.287	0.087	0.0631	-0.0135	0.2472	0.0328	0.0477	0.1868	0.0013	0.1786	36.7109	37.5329	15.5021
14	0.1227	-0.0633	0.1361	0.5705	-0.1232	0.1471	0.1114	0.1447	0.2774	0.0882	0.1659	0.6021	0.2044	0.3255	0.0031	0.2655	0.0304	0.0294	0.314	0.0404	0.3734	8.9235	50.7245	15.9741
15	0.2034	0.2305	-0.1702	0.3155	-0.3315	0.3824	-0.2547	0.3434	0.6348	-0.3844	0.0508	-0.0127	-0.0004	-0.1388	-0.0036	0.2837	0.0212	0.0148	0.2598	0.0269	0.2664	22.0826	54.8476	10.8776
16	0.8596	-0.4647	0.0427	1.2125	-0.8217	0.9968	0.0931	0.0906	0.1943	-0.217	-0.1173	-0.1675	0.0007	0.1236	-0.0006	0.2176	0.011	0.0451	0.1965	0.0236	0.2178	35.6859	49.0413	15.9582
17	0.6136	0.6456	0.1772	0.7304	0.3049	0.2688	0.0163	-0.0763	0.2399	-0.0136	0.0013	-0.0662	0.0359	0.0531	0.0064	0.2013	0.014	0.0204	0.1776	0.028	0.1868	26.5003	47.6929	18.9428
18	0.2368	-0.1156	-0.0677	0.0512	0.0307	0.0196	-0.1127	0.2934	-0.0879	-0.499	-0.1223	-0.0122	0.3742	0.203	-0.085	0.4331	0.0199	0.0219	0.2498	0.0075	0.1476	30.8238	33.0793	4.8945
19	0.0383	-0.0164	-0.0693	0.1496	-0.2253	0.4807	-0.0294	0.0196	-0.1215	-0.0101	0.0221	0.2057	0.0519	-0.0229	-0.0002	0.1909	0.0068	0.0141	0.2002	-0.0092	0.1882	26.3224	40.931	25.456
20	0.9998	-0.2284	-0.0115	0.3788	0.5623	1.9086	0.0523	-0.2833	0.0453	0.1231	-0.021	-0.1558	0.0403	0.0624	0.0022	0.2162	-0.0029	-0.0012	0.2265	0.0038	0.1877	35.6559	44.7679	32.053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 471 through 487 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 488 through 498 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 499 through 519 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 520 through 532 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 533 through 544 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 545 through 562 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 563 through 587 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 588 through 598 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 599 through 609 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 610 through 636 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 637 through 646 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 647 through 662 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 411 through 427 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 428 through 442 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 443 through 461 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 462 through 509 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 510 through 533 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 534 through 544 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 545 through 561 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 562 through 608 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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