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万見
- PDB-4ngg: Structure of human Dicer Platform-PAZ-Connector Helix cassette in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ngg
タイトルStructure of human Dicer Platform-PAZ-Connector Helix cassette in complex with 13-mer siRNA having 5'-A and UU-3' ends (2.6 Angstrom resolution)
要素
  • 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'
  • Endoribonuclease Dicer
キーワードHYDROLASE/RNA / PAZ domain / platform domain / connector helix / siRNA / RNase III domain / endoribonuclease / pre-miRNA / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system myelin formation / global gene silencing by mRNA cleavage / pre-miRNA binding / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA decay / apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of myelination / ribonuclease III ...peripheral nervous system myelin formation / global gene silencing by mRNA cleavage / pre-miRNA binding / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA decay / apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of myelination / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / positive regulation of Schwann cell differentiation / nerve development / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / miRNA processing / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA endonuclease activity / neuron projection morphogenesis / helicase activity / double-stranded RNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / paz domain / paz domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily ...Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / paz domain / paz domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Tian, Y. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: A Phosphate-Binding Pocket within the Platform-PAZ-Connector Helix Cassette of Human Dicer.
著者: Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.B. / Park, J.E. / Heo, I. / Kim, V.N. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease Dicer
B: 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1423
ポリマ－39,0472
非ポリマー951
水37821
1
B: 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'

A: Endoribonuclease Dicer
B: 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2604
ポリマ－43,1653
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endoribonuclease Dicer
B: 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'
ヘテロ分子

A: Endoribonuclease Dicer
B: 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2846
ポリマ－78,0944
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.897, 97.240, 106.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease Dicer / Helicase with RNase motif / Helicase MOI


分子量: 34928.336 Da / 分子数: 1
断片: platform-PAZ-connector helix cassette (UNP residues 765-1065)
変異: K822A/K823A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DICER, DICER1, HERNA, KIAA0928 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UPY3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*U)-3'


分子量: 4118.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: siRNA
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0-6.4, 10% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月16日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14296 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.269 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.6990.72214000.5861100
2.69-2.89.80.56714190.6231100
2.8-2.93100.39413880.6591100
2.93-3.08100.25514180.7321100
3.08-3.28100.17114210.8981100
3.28-3.53100.12314301.1341100
3.53-3.889.90.0914071.5661100
3.88-4.459.80.0714492.1081100
4.45-5.69.50.06114512.4561100
5.6-508.90.03615131.902199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NGD

4ngd


解像度: 2.6→33.421 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8016 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 711 5.05 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.1888 14068 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.34 Å2 / Biso mean: 54.6717 Å2 / Biso min: 22.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2157 270 5 21 2453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0943497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.633969
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.80070.33291200.238426472767
2.8007-3.08230.29411560.230726102766
3.0823-3.52790.26481500.201526432793
3.5279-4.44320.22231490.167926712820
4.4432-33.42340.21041360.170527862922
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.6471 Å / Origin y: 27.2647 Å / Origin z: 14.7966 Å
111213212223313233
T0.3411 Å20.0123 Å2-0.0316 Å2-0.3231 Å2-0.0111 Å2--0.3388 Å2
L2.234 °20.3653 °20.0908 °2-1.9375 °20.4346 °2--1.069 °2
S-0.1068 Å °0.0793 Å °0.3993 Å °-0.1023 Å °-0.0421 Å °0.3757 Å °-0.1206 Å °-0.0678 Å °0.114 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA756 - 1221
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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