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- PDB-4nfd: Structure of PILR L108W mutant in complex with sialic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfd
タイトルStructure of PILR L108W mutant in complex with sialic acid
要素Paired immunoglobulin-like type 2 receptor beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgV-like / immune-related activation receptor / CD99 / sialic acid / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / MHC class I protein binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Paired immunoglobulin-like type 2 receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.708 Å
データ登録者Lu, Q. / Lu, G. / Qi, J. / Li, Y. / Zhang, Y. / Wang, H. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: PILR alpha and PILR beta have a siglec fold and provide the basis of binding to sialic acid
著者: Lu, Q. / Lu, G. / Qi, J. / Wang, H. / Xuan, Y. / Wang, Q. / Li, Y. / Zhang, Y. / Zheng, C. / Fan, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paired immunoglobulin-like type 2 receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4302
ポリマ－14,1211
非ポリマー3091
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.580, 39.571, 41.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Paired immunoglobulin-like type 2 receptor beta / Activating receptor PILR-beta / Cell surface receptor FDFACT


分子量: 14121.013 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-150 / 変異: L109W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDFACT, PILR, PILRB, PP1551 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UKJ0
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 1.4M sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 12120 / Num. obs: 11851 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 15.14
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3.922 / Num. unique all: 988 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NFB

4nfb


解像度: 1.708→41.479 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 566 4.78 %Random
Rwork0.1706 ---
obs0.1725 11832 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.429 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5847 Å2-0 Å24.1054 Å2
2---4.6627 Å2-0 Å2
3---10.2474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.708→41.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数998 0 21 108 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.141456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.364388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006185
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.708-1.88040.25681560.2113274698
1.8804-2.15250.22411250.16582833100
2.1525-2.71180.24261400.17552839100
2.7118-41.49090.17721450.1597284898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3252 Å / Origin y: 1.3773 Å / Origin z: 15.027 Å
111213212223313233
T0.0564 Å20.0003 Å20.0018 Å2-0.0599 Å20.0017 Å2--0.066 Å2
L0.0109 °2-0.0096 °20.001 °2-0.0197 °2-0.0003 °2--0.0294 °2
S-0.0036 Å °0.0044 Å °0.0167 Å °0.0103 Å °-0.0063 Å °-0.0205 Å °-0.024 Å °-0.0104 Å °-0.0136 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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