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万見
- PDB-4nez: Crystal Structure of an engineered protein with ferredoxin fold, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nez
タイトルCrystal Structure of an engineered protein with ferredoxin fold, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR276
要素Engineered protein OR276
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein engineering / ferredoxin fold / structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Ribosomal protein S10 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / tetrabutylphosphonium
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.395 Å
データ登録者Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. ...Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR276
著者: Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast ...著者: Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2013年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered protein OR276
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7513
ポリマ－20,3691
非ポリマー3822
水36020
1
A: Engineered protein OR276
ヘテロ分子

A: Engineered protein OR276
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5016
ポリマ－40,7382
非ポリマー7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2640 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.834, 71.073, 109.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

TRS

21A-202-

4NE

31A-301-

HOH

41A-308-

HOH

51A-320-

HOH

詳細dimer,38.91 kD,97.8%

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要素

#1: タンパク質 Engineered protein OR276


分子量: 20369.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This is a designed protein. / 由来: (合成) artificial gene (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-4NE / tetrabutylphosphonium / テトラブチルホスホニウム


分子量: 259.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein solution - 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution - 25% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.4, 5% w/v Tetrabutylphosphonium bromide, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein solution - 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution - 25% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.4, 5% w/v Tetrabutylphosphonium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 8323 / Num. obs: 8240 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 64.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.395→27.566 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 815 10.05 %
Rwork0.2184 --
obs0.2209 8106 97.8 %
all-8219 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.992 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.395→27.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1294 0 25 20 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4871773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.586536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3953-2.54530.37031300.34281161X-RAY DIFFRACTION96
2.5453-2.74170.34821330.31891213X-RAY DIFFRACTION97
2.7417-3.01730.29151340.29711182X-RAY DIFFRACTION98
3.0173-3.45310.25171390.24821232X-RAY DIFFRACTION99
3.4531-4.34780.27521390.20231244X-RAY DIFFRACTION99
4.3478-27.56780.18841400.1821259X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.7953 Å / Origin y: 40.7593 Å / Origin z: 30.5393 Å
111213212223313233
T0.262 Å2-0.0817 Å20.013 Å2-0.4656 Å2-0.0494 Å2--0.5462 Å2
L1.5082 °2-0.6779 °20.1314 °2-3.5917 °22.2683 °2--2.9349 °2
S-0.27 Å °-0.0989 Å °0.1707 Å °0.491 Å °0.5158 Å °-0.8918 Å °-0.3697 Å °0.4614 Å °0.3534 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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