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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nez | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an engineered protein with ferredoxin fold, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR276 | ||||||
![]() | Engineered protein OR276 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / protein engineering / ferredoxin fold / structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Ribosomal protein S10 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / tetrabutylphosphonium![]() | ||||||
生物種 | artificial gene (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. ...Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR276 著者: Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast ...著者: Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 695.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 697.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | dimer,38.91 kD,97.8% |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20369.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This is a designed protein. / 由来: (合成) artificial gene (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 化合物 | ChemComp-4NE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Protein solution - 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution - 25% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.4, 5% w/v Tetrabutylphosphonium bromide, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein solution - 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution - 25% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.4, 5% w/v Tetrabutylphosphonium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 8323 / Num. obs: 8240 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 64.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.992 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.395→27.566 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.7953 Å / Origin y: 40.7593 Å / Origin z: 30.5393 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |