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万見
- PDB-4neu: X-ray structure of Receptor Interacting Protein 1 (RIP1)kinase do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4neu
タイトルX-ray structure of Receptor Interacting Protein 1 (RIP1)kinase domain with a 1-aminoisoquinoline inhibitor
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / ATP binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ATP:ADP antiporter activity / ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death ...regulation of ATP:ADP antiporter activity / ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNF signaling / programmed necrotic cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / necroptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage differentiation / T cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / peptidyl-serine autophosphorylation / positive regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of programmed necrotic cell death / TRP channels / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to tumor necrosis factor / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / protein catabolic process / cellular response to growth factor stimulus / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to oxidative stress / protein autophosphorylation / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / receptor complex / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / endosome membrane / intracellular signal transduction / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / positive regulation of protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q1A / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Nolte, R.T. / Ward, P. / kahler, K.M. / Campobasso, N.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: Discovery of Small Molecule RIP1 Kinase Inhibitors for the Treatment of Pathologies Associated with Necroptosis.
著者: Harris, P.A. / Bandyopadhyay, D. / Berger, S.B. / Campobasso, N. / Capriotti, C.A. / Cox, J.A. / Dare, L. / Finger, J.N. / Hoffman, S.J. / Kahler, K.M. / Lehr, R. / Lich, J.D. / Nagilla, R. / ...著者: Harris, P.A. / Bandyopadhyay, D. / Berger, S.B. / Campobasso, N. / Capriotti, C.A. / Cox, J.A. / Dare, L. / Finger, J.N. / Hoffman, S.J. / Kahler, K.M. / Lehr, R. / Lich, J.D. / Nagilla, R. / Nolte, R.T. / Ouellette, M.T. / Pao, C.S. / Schaeffer, M.C. / Smallwood, A. / Sun, H.H. / Swift, B.A. / Totoritis, R.D. / Ward, P. / Marquis, R.W. / Bertin, J. / Gough, P.J.
履歴
登録2013年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2455
ポリマ－76,4182
非ポリマー8273
水4,270237
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6353
ポリマ－38,2091
非ポリマー4262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6102
ポリマ－38,2091
非ポリマー4011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.249, 149.249, 187.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.444714, -0.681609, 0.581067), (-0.706265, -0.132116, -0.69551), (0.550835, -0.71969, -0.422643)87.86397, 131.1768, 74.78335

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1 / Serine/threonine-protein kinase RIP


分子量: 38209.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-Q1A / 1-[4-(1-aminoisoquinolin-5-yl)phenyl]-3-(5-tert-butyl-1,2-oxazol-3-yl)urea


分子量: 401.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Potasium Chloride, 0.05 BisTris, pH=6.5, 40 % v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) Crystals were looped and plunged into liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→106.5 Å / Num. all: 25792 / Num. obs: 25792 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 15.807 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23537 822 3.2 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
all0.18254 25792 --
obs0.1808 24724 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4323 0 61 237 4621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9726054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87637449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12324.811185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92615811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.321518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 60 -
Rwork0.242 1717 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2821-1.32941.59024.6068-2.56473.4021-0.1452-0.063-0.36150.20070.21920.4110.3776-0.4563-0.0740.4422-0.07950.03950.28760.07690.147123.32653.35855.295
23.79664.4012-2.152210.7765-0.98246.0055-0.02610.069-0.5185-0.0259-0.00520.23220.6681-0.58810.03130.3871-0.0491-0.0010.31140.07070.265425.10454.87747.671
34.1544-0.9987-0.42332.8175-0.22072.9537-0.0021-0.24520.0290.24560.0657-0.05790.25220.0788-0.06360.238-0.00810.02240.09180.00440.010338.02468.21648.79
41.0931.48970.45044.41470.10272.02180.1051-0.57450.240.2047-0.25291.1796-0.0227-0.84220.14790.391-0.0410.06690.6164-0.05260.433323.55875.65852.433
51.6345-0.5497-0.88131.75471.46793.39540.0957-0.11040.2353-0.11160.0941-0.2817-0.14720.1674-0.18990.2074-0.0420.04570.1073-0.00630.070140.42279.96548.614
69.1652-0.0902-1.27965.9504-0.50396.6-0.0270.37360.6752-0.24640.177-1.4759-0.41262.0055-0.150.3701-0.09310.03640.9595-0.13880.633369.47269.47224.562
71.9911-0.0228-0.89861.44080.05374.7169-0.10470.1732-0.0336-0.00690.1169-0.03280.5523-0.1099-0.01210.2181-0.0250.03670.0560.0030.033146.80660.26819.665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4A152 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5A207 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7B93 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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