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- PDB-4ndy: Human MHF1-MHF2 DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndy
タイトルHuman MHF1-MHF2 DNA complex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Centromere protein S
  • Centromere protein X
キーワードDNA Binding Protein/DNA / Histone Fold / DNA repair / genome maintenance / centromere construction / Fanconi Anemia / FancM / nucleus / DNA Binding Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / kinetochore assembly / inner kinetochore / replication fork processing / interstrand cross-link repair / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Mitotic Prometaphase ...FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / kinetochore assembly / inner kinetochore / replication fork processing / interstrand cross-link repair / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / positive regulation of protein ubiquitination / chromosome segregation / Fanconi Anemia Pathway / RHO GTPases Activate Formins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Centromere protein X / Centromere protein S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.999 Å
データ登録者Zhao, Q. / Saro, D. / Sachpatzidis, A. / Sung, P. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The MHF complex senses branched DNA by binding a pair of crossover DNA duplexes.
著者: Zhao, Q. / Saro, D. / Sachpatzidis, A. / Singh, T.R. / Schlingman, D. / Zheng, X.F. / Mack, A. / Tsai, M.S. / Mochrie, S. / Regan, L. / Meetei, A.R. / Sung, P. / Xiong, Y.
履歴
登録2013年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
O: DNA (26-MER)
P: DNA (26-MER)
C: Centromere protein S
D: Centromere protein X
G: Centromere protein S
H: Centromere protein X
A: Centromere protein S
B: Centromere protein X
I: Centromere protein S
J: Centromere protein S
K: Centromere protein S
L: Centromere protein X
M: Centromere protein X
N: Centromere protein X
Q: Centromere protein S
R: Centromere protein S
S: Centromere protein S
T: Centromere protein S
U: Centromere protein X
V: Centromere protein X
W: Centromere protein X
X: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,83224
ポリマ－236,83224
非ポリマー00
水00
1
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
I: Centromere protein S
J: Centromere protein S
M: Centromere protein X
N: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9446
ポリマ－56,9446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
O: DNA (26-MER)
P: DNA (26-MER)
K: Centromere protein S
L: Centromere protein X
T: Centromere protein S
U: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9068
ポリマ－72,9068
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
O: DNA (26-MER)
P: DNA (26-MER)
Q: Centromere protein S
R: Centromere protein S
V: Centromere protein X
W: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9446
ポリマ－56,9446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Centromere protein S
B: Centromere protein X
S: Centromere protein S
X: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9814
ポリマ－40,9814
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Centromere protein S
D: Centromere protein X
G: Centromere protein S
H: Centromere protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9814
ポリマ－40,9814
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)250.098, 250.098, 65.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8098.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7864.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: タンパク質
Centromere protein S / CENP-S / Apoptosis-inducing TAF9-like domain-containing protein 1 / FANCM-interacting histone fold ...CENP-S / Apoptosis-inducing TAF9-like domain-containing protein 1 / FANCM-interacting histone fold protein 1 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 16 kDa


分子量: 12091.949 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APITD1, CENPS, FAAP16, MHF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rossetta 2 / 参照: UniProt: Q8N2Z9
#4: タンパク質
Centromere protein X / CENP-X / FANCM-interacting histone fold protein 2 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 10 kDa ...CENP-X / FANCM-interacting histone fold protein 2 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 10 kDa / Retinoic acid-inducible gene D9 protein homolog / Stimulated by retinoic acid gene 13 protein homolog


分子量: 8398.796 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STRA13, CENPX, FAAP10, MHF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rossetta 2 / 参照: UniProt: A8MT69

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.39 %
結晶化温度: 300 K / 手法: micro-batch under oil
詳細: 0.1-0.3M Ammonium Phosphate, Micro-batch under oil, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.461
11-K, -H, -L20.046
11-h,-k,l30.045
11K, H, -L40.449
反射解像度: 6.99→108.3 Å / Num. all: 7215 / Num. obs: 7171 / % possible obs: 99.39 % / Observed criterion σ(F): 0
反射 シェル解像度: 6.99→100 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
APEXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.999→108.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 613.494 / SU ML: 2.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.648 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2791 439 6.1 %RANDOM
Rwork0.2419 ---
obs0.244 7171 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 616.81 Å2 / Biso mean: 310.2741 Å2 / Biso min: 158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.27 Å20 Å20 Å2
2---20.27 Å20 Å2
3---40.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.999→108.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13734 2132 0 0 15866
LS精密化 シェル解像度: 6.999→7.178 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 75 -
Rwork0.265 436 -
all-511 -
obs--94.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8151-2.3805-2.2122.0470.99892.307-1.75411.01241.3531.37980.8261-0.75241.2365-0.47020.9282.150.09870.03332.3090.08062.5105114.750528.249846.1394
215.3798-6-4.70214.1412.38593.8032-3.01751.80931.45851.49931.2909-0.62451.4702-0.19051.72652.5561-0.4293-0.11322.2623-0.05292.1311115.339427.213544.6338
31.87490.42010.45840.81450.39331.3162-1.2183-1.6108-0.8368-1.33850.3567-0.6402-1.3959-0.57090.86162.86030.11240.2472.58350.08112.5563113.8809-29.321216.64
430.649115.50599.407210.33685.8213.7425-0.3268-0.41230.8081-0.3515-0.20180.5117-0.76-0.25610.52863.82770.37650.47122.9352-0.13882.454114.0304-28.408317.5782
53.56871.1023-3.60419.5115-5.95636.31661.1998-0.038-0.0421-0.0241-1.1861.0776-1.16711.2802-0.01383.0881-0.1712-1.06324.08210.02862.482530.0341-34.0163-11.2021
60.19370.1982-0.35041.07770.80222.9957-0.12720.0326-0.31390.7983-0.8019-0.0840.71050.72950.92913.8726-0.2327-1.09423.6474-0.2454.377731.307-38.8681-11.8733
72.89734.96250.171713.3923-1.83641.02180.33010.22520.08231.7694-1.2499-0.679-0.94770.52050.91982.70680.17870.2572.8345-0.33963.54436.231-53.2284-6.9962
811.4608-9.9289-6.886215.669711.61668.69450.3740.3316-0.8840.6399-1.090.47320.4587-1.00820.7162.1070.06070.18851.99570.21022.84949.4537-56.42-6.6125
92.01290.0446-3.18854.3864.499410.05430.2370.4174-0.09880.568-0.160.17810.3092-0.4973-0.07711.5853-0.19220.2531.51270.10961.611939.9908-94.8477-5.7006
101.27580.1417-2.26256.48124.3939.8067-0.2092-1.48151.0418-1.66380.0330.22280.5713.410.17622.0594-0.0806-0.01132.39-0.03893.247439.0903-90.7021-5.1509
1112.4546-0.0466-3.332310.41610.27040.9945-0.7218-1.6084-0.3578-0.56640.5128-1.40710.62660.46450.20892.00950.3731-0.13592.21540.01161.125580.955450.076441.5295
125.28195.63871.2136.0221.28440.36630.6114-0.19240.16110.6549-0.30680.20590.11910.2801-0.30462.42830.2363-0.10772.0023-0.12522.369768.635945.116413.7696
130.436-0.62180.60484.80922.28983.8849-0.804-0.17660.2667-0.20230.5396-0.2993-1.3009-0.37990.26442.51460.0063-0.2942.62480.00682.1977100.555116.259830.8073
140.9262-1.84680.06114.8141-0.91040.5985-0.5960.1902-0.92710.0110.3881.12560.1934-0.82690.2082.7241-0.2515-0.39843.2831-0.54333.283794.059312.784930.9018
1515.2162-5.18482.097113.65511.1064.08880.40770.1274-0.4455-0.2812-0.48680.3158-1.11510.21370.07912.271-0.43790.15222.43950.06470.045773.642852.364540.4145
160.1757-0.65790.37773.9338-1.76281.0572-0.3267-0.35210.1660.317-0.0594-0.27410.2539-0.55540.38622.17650.0510.11361.9735-0.20432.131664.675747.825914.0699
1720.06465.62942.37255.1594-1.99042.4836-0.8425-1.0301-1.1141-0.0440.0869-1.0967-0.7663-0.21850.75552.2540.17310.02161.8392-0.15271.189480.2185-51.358720.187
188.07210.6657-2.04247.9288-8.12238.77951.4234-0.3469-1.06740.1655-0.35511.01120.2610.5218-1.06842.3448-0.0925-0.52361.6691-0.10822.177469.9504-45.663346.0937
1910.4724-9.313812.26769.2801-9.265917.371-0.03920.2926-0.16730.61440.19840.37910.86820.3713-0.15930.9288-0.430.6042.08850.38931.945461.7408-82.05211.6818
207.83222.7284-2.1691.34650.857513.2518-0.51343.1023-0.35860.24980.39370.41770.7219-0.36590.11972.6379-0.37040.56244.26740.15243.0502101.4448-16.618229.8638
213.85765.0552-0.02667.1249-0.30460.2191-1.08720.87061.07090.00131.35490.29530.05-0.9238-0.26774.122-0.4065-0.10034.4901-0.3794.592394.8687-12.492129.394
228.16621.5432-0.2186.0477-4.98044.4381-0.63021.3562-0.11060.80771.13020.1773-0.216-0.5451-0.53.20520.14730.27512.0256-0.32981.689373.1514-53.214921.1782
230.86661.00190.05494.44815.527910.4896-0.553-0.2240.5443-0.1512-0.2390.9116-0.3015-0.92980.79211.92030.0881-0.11572.0540.12412.086366.6386-47.425844.8748
243.87122.04931.89433.5904-0.0173.9237-0.71181.09750.53220.7959-0.6778-0.5131-0.66331.70111.38961.7395-0.14490.25562.07510.1222.598758.9597-78.77371.3104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2F1 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3O1 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4P1 - 26
5X-RAY DIFFRACTION5C14 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6D8 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7G14 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9A14 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10B8 - 81
11X-RAY DIFFRACTION11I14 - 118
12X-RAY DIFFRACTION12J14 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13K14 - 118
14X-RAY DIFFRACTION14L8 - 81
15X-RAY DIFFRACTION15M8 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16N8 - 81
17X-RAY DIFFRACTION17Q14 - 118
18X-RAY DIFFRACTION18R14 - 106
19X-RAY DIFFRACTION19S14 - 106
20X-RAY DIFFRACTION20T14 - 118
21X-RAY DIFFRACTION21U8 - 81
22X-RAY DIFFRACTION22V8 - 81
23X-RAY DIFFRACTION23W8 - 81
24X-RAY DIFFRACTION24X8 - 81

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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