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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndl
タイトルComputational design and experimental verification of a symmetric homodimer
要素ENH-c2b, computational designed homodimer
キーワードDE NOVO PROTEIN / helix-turn-helix
機能・相同性Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Mou, Y. / Huang, P.S. / Hsu, F.C. / Huang, S.J. / Mayo, S.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Computational design and experimental verification of a symmetric protein homodimer.
著者: Mou, Y. / Huang, P.S. / Hsu, F.C. / Huang, S.J. / Mayo, S.L.
履歴
登録2013年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ENH-c2b, computational designed homodimer
A: ENH-c2b, computational designed homodimer
C: ENH-c2b, computational designed homodimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5473
ポリマ－26,5473
非ポリマー00
水181
1
B: ENH-c2b, computational designed homodimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8491
ポリマ－8,8491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: ENH-c2b, computational designed homodimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8491
ポリマ－8,8491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ENH-c2b, computational designed homodimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8491
ポリマ－8,8491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.550, 167.770, 29.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ENH-c2b, computational designed homodimer


分子量: 8848.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 1% w/v tryptone, 20% w/v polyethylene glycerol 3350, 0.05 M HEPES sodium, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.915
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月24日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→24.6 Å / Num. obs: 5697

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→24.6 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 31.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3585 130 4.38 %
Rwork0.312 --
obs0.313 2968 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1070 0 0 1 1071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7721489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.371372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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