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- PDB-4ncs: Human sialidase 2 in complex with 2,3-difluorosialic acid (covale... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ncs
タイトルHuman sialidase 2 in complex with 2,3-difluorosialic acid (covalent intermediate)
要素Sialidase-2
キーワードHYDROLASE / Sialidase / Human neuraminidase / fluoro-sialic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Sialic acid metabolism / glycoprotein catabolic process / glycosphingolipid catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity ...Sialic acid metabolism / glycoprotein catabolic process / glycosphingolipid catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / catalytic complex / lysosome / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FSR / PHOSPHATE ION / Sialidase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Buchini, S. / Gallat, F.-X. / Greig, I.R. / Kim, J.-H. / Wakatsuki, S. / Chavas, L.M.G. / Withers, S.G.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Tuning mechanism-based inactivators of neuraminidases: mechanistic and structural insights.
著者: Buchini, S. / Gallat, F.X. / Greig, I.R. / Kim, J.H. / Wakatsuki, S. / Chavas, L.M. / Withers, S.G.
履歴
登録2013年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8954
ポリマ－42,3761
非ポリマー5193
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.144, 88.256, 92.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sialidase-2 / Cytosolic sialidase / N-acetyl-alpha-neuraminidase 2


分子量: 42375.586 Da / 分子数: 1 / 変異: D46A,H168N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEU2 / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y3R4, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-FSR / (2S,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-2,3-bis(fluoranyl)-4-oxidanyl-6-[(1S,2S)-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid / 2,3-difluorosialic acid


タイプ: L-saccharide / 分子量: 329.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17F2NO8
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Sodium/potassium phosphate buffer, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31.2 Å / Num. all: 9832 / Num. obs: 9808 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / % possible all: 99.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VCU

1vcu


解像度: 2.201→31.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.204 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22451 953 5.1 %RANDOM
Rwork0.16051 ---
obs0.16385 9306 99.75 %-
all-9330 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2--3.61 Å20 Å2
3----3.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→31.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2749 0 31 212 2992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192947
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9181.9624037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8373.0016212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6475368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61523.217143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53315442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3271525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5052.8261432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5052.8261432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7864.2151792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7854.2181793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2033.2641515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1533.2351486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9794.712197
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.79324.4213431
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.56823.9173319
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 82 -
Rwork0.164 1266 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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