PDB-4ncl: Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ncl

タイトル

Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (517-970) from Chaetomium thermophilum in complex with GDP

要素

Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

キーワード

TRANSLATION / Translation initiation / GTPase / eIF5B/IF2 / Subunit joining / Ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.115 Å

データ登録者

Kuhle, B. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: eIF5B employs a novel domain release mechanism to catalyze ribosomal subunit joining.
著者: Kuhle, B. / Ficner, R.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月6日	Group: Structure summary
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ncl.cif.gz	362.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ncl.ent.gz	295.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ncl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ncl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ncl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ncl_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4ncl_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n3gC 4n3nSC 4n3sC 4ncfC 4ncnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lj6-d 4lj8-d 6eev-d 2cjs-d 4ncf-1 4n3s-2 7kjh-1 3csg-d 4lj4-d 3vx8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (4) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (4)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (4)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (4)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

B: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.900, 72.960, 199.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	521 - 980
2	1	1	chain B	B	520 - 968

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein 分子量: 50972.512 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 516-946 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類) 株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0029840 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S8G9
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE MISMATCH (RESIDUES 576-599) IS A WRONGLY ASSIGNMENT INTRON IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM ...THE MISMATCH (RESIDUES 576-599) IS A WRONGLY ASSIGNMENT INTRON IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM SEQUENCE. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS WITH HOMOLOGUES FROM OTHER SPECIES SHOWED THAT THIS INTRON CORRESPONDS TO A PROTEIN SEQUENCE, WHICH IS PRESENT AND HIGHLY CONSERVED IN ALL OTHER SPECIES. IN ADDITION, ISOLATION OF THE GENE FROM A CHAETOMIUM THERMOPHILUM CDNA LIBRARY WITH APPROPRIATE PRIMERS AMPLIFIED THE GENE INCLUDING THE WRONGLY ASSIGNED INTRON.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15 % PEG 8000, 0.5 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82658 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.82658 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 2.12 Å / Num. obs: 56555 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 37.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.79

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.12-2.21		0.631	2.97	1	99.9
2.21-2.32		0.485	3.82	1	100
2.32-2.52		0.305	5.66	1	99.7
2.52-3.34		0.106	13.8	1	99.7
3.34-3.74		0.04	31.01	1	99.6
3.74-4.16		0.028	38.8	1	99.6
4.16-4.57		0.024	43.51	1	99.6
4.57-14		0.018	54.03	1	99.3
14-17		0.012	76.08	1	100
17-50		0.015	68.7	1	91.6
	50			1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.86 Å
Translation	2.5 Å	47.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 4N3N

4n3n

解像度: 2.115→47.865 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	2828	5.01 %
R_work	0.2139	-	-
obs	0.2157	56440	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.3775 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.115→47.865 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6720	0	58	192	6970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	9510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.753	2679
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1083
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1233

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3917	X-RAY DIFFRACTION	8.077	TORSIONAL
1	2	B	3917	X-RAY DIFFRACTION	8.077	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.115-2.1515	0.357	140	0.3194	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1515-2.1906	0.3803	137	0.2992	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1906-2.2327	0.3272	141	0.2868	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2327-2.2783	0.3298	139	0.2857	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2783-2.3278	0.3228	139	0.2667	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3278-2.382	0.3361	141	0.2533	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.382-2.4416	0.3213	140	0.2518	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4416-2.5076	0.3194	140	0.252	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5076-2.5814	0.3203	139	0.2507	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5814-2.6647	0.3192	141	0.2435	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6647-2.7599	0.3226	140	0.245	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7599-2.8704	0.2654	140	0.241	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8704-3.001	0.3026	142	0.2413	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.001-3.1592	0.2838	141	0.2434	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1592-3.3571	0.2595	141	0.2265	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3571-3.6162	0.2406	141	0.2086	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6162-3.98	0.208	144	0.1957	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-4.5555	0.1908	143	0.1604	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5555-5.7379	0.1718	146	0.169	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7379-47.8769	0.209	153	0.1891	2876	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1872	-0.5265	-1.2925	2.8592	0.0648	3.8086	0.0656	-0.1935	-0.6773	0.1827	0.1047	-0.1797	0.6099	0.1711	-0.183	0.4712	0.033	-0.0071	0.5455	0.0235	0.4545	-9.004	-5.352	39.6781
2	2.4679	-0.0291	-0.3057	1.7158	-0.1953	3.5365	-0.1335	-0.1574	0.0424	-0.0187	0.1003	-0.2515	-0.1429	0.4386	0.0035	0.3451	-0.0484	-0.0086	0.323	-0.0599	0.377	-3.2624	2.1117	38.9882
3	1.8346	-0.37	-0.6743	2.2779	2.3759	6.2582	0.0489	-0.1071	-0.0026	0.2087	0.0672	-0.1374	0.1171	-0.4226	-0.1924	0.4212	0.0505	0.0228	0.4519	0.0087	0.4789	-18.2137	-2.541	40.0793
4	2.3743	0.4712	-0.1698	1.8658	1.2264	4.1369	0.0156	0.3189	-0.1615	0.1116	0.0037	-0.0409	-0.0496	-0.6086	-0.0117	0.3437	0.0235	-0.0395	0.4462	0.0336	0.3818	-15.045	-5.4106	28.7498
5	5.1796	-0.546	-2.5235	1.0939	-0.1218	4.0427	0.2093	0.8907	0.2988	-0.0145	-0.2116	0.1948	-0.8546	-1.1951	0.0474	0.4447	0.131	-0.0623	0.7884	0.0113	0.4248	-22.4257	-0.694	23.8888
6	3.5787	1.0792	0.5122	0.7339	-0.3835	2.8374	0.0623	0.0231	0.1818	-0.4084	-0.0391	0.1234	-0.4293	0.1569	-0.0732	0.2482	0.0334	0.0005	0.3121	0.011	0.2681	-10.1044	2.6178	31.3618
7	3.9345	0.6336	-1.037	3.2536	-0.5611	4.0319	0.0446	-0.1581	-0.0882	0.1016	-0.0394	-0.3001	-0.0349	0.4697	-0.0217	0.3936	0.0263	-0.0561	0.4207	-0.0366	0.398	-3.7189	-0.1706	60.8685
8	3.1271	1.7478	0.4575	1.8089	0.1143	0.8261	0.0094	-0.7024	0.5234	0.2748	-0.1918	0.4494	-0.0442	-0.0335	0.178	0.5229	0.0008	-0.0149	0.4703	-0.0763	0.5123	-20.931	1.3367	66.0131
9	3.5142	2.1487	-0.9884	3.7943	-0.2568	2.9301	-0.1241	-0.0054	0.3717	-0.3046	0.142	0.4184	0.3699	-0.5496	-0.0222	0.4891	-0.0492	-0.046	0.5395	-0.0026	0.4779	-33.1919	-10.5397	61.1854
10	2.849	0.9047	-1.7481	3.1464	-0.7479	3.011	-0.3601	0.704	-0.5698	-0.9458	0.3463	0.14	0.736	-0.775	0.0942	0.6603	-0.18	-0.0212	0.4477	-0.0139	0.4694	-33.719	-19.2484	56.2837
11	2.4122	0.19	-0.2595	0.7642	0.6638	4.8707	-0.0499	-0.3327	-0.1897	0.2077	0.0301	-0.0454	0.0491	0.205	0.0285	0.3354	0.0654	0.0011	0.4799	0.0423	0.3715	-7.8826	-31.6901	-5.8804
12	3.0631	0.4869	0.3181	1.4833	1.0149	4.8371	-0.0805	0.0339	-0.0552	-0.0205	0.1106	-0.0017	-0.1163	-0.3535	-0.0477	0.2875	0.0556	-0.0118	0.4458	0.019	0.3402	-16.4907	-31.2479	-17.2854
13	0.4423	-0.442	0.4575	2.5413	-0.2472	3.2138	0.1259	0.1572	0.0614	0.0711	-0.1951	-0.3115	0.0746	0.2607	-0.0046	0.3931	-0.0012	-0.0435	0.6165	-0.0109	0.4619	-5.6745	-31.1143	13.0142
14	5.6966	1.0647	0.8015	1.6334	-0.206	1.9554	-0.105	-0.1805	0.2815	0.1482	0.0403	0.0765	0.0366	0.0868	0.0607	0.3616	0.0426	-0.016	0.398	0.0388	0.2894	-16.2179	-36.1527	16.8696
15	2.8403	0.5916	-0.526	3.7135	-0.5645	2.753	-0.336	0.1451	-0.0803	-0.2496	0.308	0.0798	0.5881	-0.174	0.0321	0.6987	-0.0481	0.0036	0.4978	0.0004	0.4557	-33.0767	-51.466	11.9057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 521 through 544 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 545 through 604 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 605 through 626 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 627 through 672 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 673 through 709 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 710 through 738 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 739 through 826 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 827 through 879 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 880 through 929 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 930 through 970 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 520 through 626 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 627 through 737 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 738 through 782 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 783 through 906 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 907 through 968 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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