PDB-4nci: Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 R805E mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nci

タイトル

Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 R805E mutation

要素

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Adenosine Triphosphatase / DNA Repair / Fungal Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Classen, S. / Williams, G.J. / Arvai, A.S. / Williams, R.S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: ATP-driven Rad50 conformations regulate DNA tethering, end resection, and ATM checkpoint signaling.
著者: Deshpande, R.A. / Williams, G.J. / Limbo, O. / Williams, R.S. / Kuhnlein, J. / Lee, J.H. / Classen, S. / Guenther, G. / Russell, P. / Tainer, J.A. / Paull, T.T.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nci.cif.gz	191.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nci.ent.gz	155.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nci	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nchC 4ncjC 4nckC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v0e-d 5xpj-1 3czu-d 4uci-2 6y7z-d 2evh-d 6hh9-3 3p7a-d 6ejk-2 3rin-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.108, 68.019, 74.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA double-strand break repair Rad50 ATPase 分子量: 38580.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 / 変異: R805E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1167, rad50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: P58301
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

分子量: 38580.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 / 変異: R805E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1167, rad50 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: P58301

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 100 mM Bicine, 6-14% PEG 20000, 2 mM Dioxane, pH 8.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	90	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.97945
シンクロトロン	ALS	12.3.1	2	1.11583

検出器

タイプ	ID	検出器
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	1.11583	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 30041 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 56.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.75

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.36		0.914	1.61	1,2	99.8
2.36-2.43		0.709	2.12	1,2	100
2.43-2.5		0.486	3.05	1,2	99.8
2.5-2.57		0.393	3.73	1,2	100
2.57-2.66		0.297	4.94	1,2	100
2.66-2.75		0.209	6.92	1,2	99.9
2.75-2.85		0.164	8.56	1,2	100
2.85-2.97		0.12	11.56	1,2	100
2.97-3.1		0.091	14.78	1,2	99.9
3.1-3.25		0.07	18.06	1,2	100
3.25-3.43		0.047	25.12	1,2	100
3.43-3.64		0.034	31.79	1,2	99.9
3.64-3.89		0.029	36.71	1,2	100
3.89-4.2		0.025	41.99	1,2	100
4.2-4.6		0.025	46.5	1,2	100
4.6-5.15		0.025	47.75	1,2	100
5.15-5.94		0.028	47.26	1,2	100
5.94-7.28		0.026	47.11	1,2	100
7.28-10.29		0.018	51.64	1,2	99.7
	10.29	0.017	52.99	1,2	91.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_1233	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→37.243 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	1518	5.05 %
R_work	0.2015	-	-
obs	0.2041	30041	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.1298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.243 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2376	0	0	172	2548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.726	3310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.644	895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	421

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3741	0.3128	126	0.3009	2546	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3741-2.4589	0.3159	150	0.2843	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4589-2.5573	0.2939	159	0.2701	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5573-2.6737	0.2582	137	0.2463	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6737-2.8146	0.3107	173	0.2284	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8146-2.9909	0.3404	125	0.2324	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9909-3.2217	0.283	125	0.2285	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2217-3.5457	0.2536	150	0.2041	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5457-4.0582	0.2118	134	0.1799	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0582-5.1108	0.2009	105	0.1664	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1108-37.2484	0.2832	134	0.1931	2576	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2312	3.5528	-0.0941	4.8802	-0.4815	5.5495	-0.0185	0.1097	0.1342	-0.0397	-0.0217	0.424	0.52	-0.4743	0.1325	0.381	0.0059	-0.0614	0.3299	-0.0372	0.4581	-7.5754	-6.1453	15.1333
2	6.6272	2.4385	3.7268	3.1516	0.2593	5.1158	-0.1416	0.425	0.3246	-0.1474	0.1366	0.3251	-0.1819	0.1748	-0.0013	0.538	-0.0184	0.0115	0.4088	-0.0439	0.4243	-0.4385	1.3433	11.2648
3	7.7674	-0.1163	3.7942	3.1374	1.4319	5.5808	0.2268	-0.5406	-0.3067	0.2641	-0.2368	-0.4426	0.2668	0.2236	0.0425	0.4726	-0.0991	-0.0209	0.4332	0.0711	0.3935	18.6783	3.0605	29.8457
4	5.5268	3.18	3.3018	7.2443	2.9369	6.0585	0.5148	-1.296	-0.1638	1.182	-0.2194	-0.207	0.4933	-0.1159	-0.218	0.7275	-0.0784	0.1126	0.7753	-0.1352	0.5138	-4.6918	-6.9569	31.5593

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:59)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 67:165)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 730:822)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 823:882)

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