PDB-4nc9: Crystal structure of phosphatidyl mannosyltransferase PimA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nc9

タイトル

Crystal structure of phosphatidyl mannosyltransferase PimA

要素

GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / GT-B

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-Man:Man3GlcNAc2-PP-Dol alpha-1,2-mannosyltransferase activity / phosphatidyl-myo-inositol alpha-mannosyltransferase / phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase activity / UDP-sulfoquinovose:DAG sulfoquinovosyltransferase activity / sulfolipid biosynthetic process / glycolipid biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.192 Å

データ登録者

Giganti, D. / Albesa-Jove, D. / Bellinzoni, M. / Guerin, M.E. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Secondary structure reshuffling modulates glycosyltransferase function at the membrane.
著者: Giganti, D. / Albesa-Jove, D. / Urresti, S. / Rodrigo-Unzueta, A. / Martinez, M.A. / Comino, N. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Chenal, A. / Guerin, M.E. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4nc9.ent.gz	443.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4nc9_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	4n9wC 2gekS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zmr-d 7m0o-d 2fxk-d 2yow-d 6i06-d 6edd-d 5e8q-d 5xch-d 1v6s-1 1f5j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

B: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

C: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

D: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

166 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

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2

B: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

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5

A: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

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6

C: GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.620, 137.620, 168.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )
2	1	chain D and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )
1	2	chain B and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)
2	2	chain C and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	A	-1 - 56
1	2	1	chain A and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	A	69 - 131
1	3	1	chain A and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	A	133 - 272
1	4	1	chain A and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	A	274 - 373
2	1	1	chain D and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	D	-1 - 56
2	2	1	chain D and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	D	69 - 131
2	3	1	chain D and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	D	133 - 272
2	4	1	chain D and (resseq -1:56 or resseq 69:131 or resseq 133:272 or resseq 274:373 )	D	274 - 373
1	1	2	chain B and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)	B	1 - 59
1	2	2	chain B and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)	B	69 - 131
1	3	2	chain B and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)	B	159 - 171
2	1	2	chain C and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)	C	1 - 59
2	2	2	chain C and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)	C	69 - 131
2	3	2	chain C and (resseq 1:59 or resseq 69:131 or resseq 159:171)	C	159 - 171

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase / Alpha-mannosyltransferase / Guanosine diphosphomannose-phosphatidyl-inositol alpha- ...Alpha-mannosyltransferase / Guanosine diphosphomannose-phosphatidyl-inositol alpha-mannosyltransferase / Phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase / PI alpha-mannosyltransferase 分子量: 41541.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2935, MSMEI_2861, pimA / プラスミド: pET28a-pimA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: A0QWG6, phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

GDP-mannose-dependent alpha-(1-2)-phosphatidylinositol mannosyltransferase / Alpha-mannosyltransferase / Guanosine diphosphomannose-phosphatidyl-inositol alpha- ...

分子量: 41541.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2935, MSMEI_2861, pimA / プラスミド: pET28a-pimA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: A0QWG6, phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0668 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月6日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0668 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.19→43.52 Å / Num. all: 31022 / Num. obs: 31022 / % possible obs: 99.59 % / Observed criterion σ(F): 1.38 / Observed criterion σ(I): 1.5 / R_merge(I) obs: 0.061
反射シェル	解像度: 3.19→3.36 Å / R_merge(I) obs: 0.512 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2GEK

2gek

解像度: 3.192→43.52 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2562	1567	5.04 %	random
R_work	0.2118	-	-	-
obs	0.2141	29522	99.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.192→43.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10233	0	0	66	10299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.903	14222
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.151	3563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1868

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4958	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.954
1	2	D	4958	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.954
2	1	B	1914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.704
2	2	C	1914	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1917-3.2947	0.3447	114	0.3043	2597	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2947-3.4124	0.3303	142	0.2563	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4124-3.549	0.2694	130	0.234	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.549-3.7104	0.3005	143	0.2528	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7104-3.9059	0.2946	140	0.2336	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9059-4.1504	0.2333	139	0.2162	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1504-4.4706	0.2742	147	0.1947	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4706-4.92	0.2219	157	0.1859	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-5.6306	0.2679	172	0.2061	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6306-7.089	0.2734	144	0.227	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
7.089-43.5249	0.2089	139	0.1854	2832	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4723	0.3252	0.0282	3.8197	-0.5526	4.532	0.2736	0.8531	1.4287	-0.7228	-0.2823	-0.8062	-0.8439	1.1771	0.0729	0.8255	-0.0643	0.2175	0.7846	0.1897	0.8914	73.9328	22.115	-19.8132
2	4.2141	-0.0958	4.3014	3.7981	-1.159	6.0066	0.392	0.4626	-0.1824	-0.0449	-0.0969	-0.0642	-0.058	0.2086	-0.338	0.5246	0.1212	0.0178	0.4197	0.0248	0.5149	59.6742	11.841	-21.8362
3	2.0174	-0.9242	-0.7964	3.8109	1.322	3.433	-0.0038	-0.7543	0.6998	0.5399	-0.0309	-0.0229	-0.2206	0.3305	0.0864	0.6181	-0.1413	0.1026	0.654	-0.1686	0.7367	68.476	16.8958	5.3069
4	6.4725	-0.8621	-2.5761	3.8417	0.634	3.2142	0.2302	-1.3527	1.4531	1.0347	-0.0627	0.2394	-0.8115	0.2578	-0.1067	1.0377	-0.0589	0.0258	0.8998	-0.4344	0.9713	63.7208	24.2853	15.3866
5	9.3368	-2.2774	-1.3383	6.9942	-0.2069	4.3198	-0.4261	-0.5834	-0.8951	1.2667	0.1608	0.5613	0.5693	-0.2568	0.0642	0.8484	-0.0689	0.1386	0.5038	-0.0181	0.5495	62.8861	8.5573	10.8357
6	4.6624	0.6177	0.9123	5.9481	-3.1458	8.1249	0.3573	1.3546	-0.3454	-0.724	-0.1064	-0.163	-0.0571	0.7841	-0.619	0.6799	0.1337	0.117	0.8899	-0.0238	0.7173	74.8891	7.3166	-21.0281
7	4.9745	-0.3229	-0.7055	4.5815	-0.9371	4.3002	0.3818	1.1569	-0.9735	-0.8892	-0.3259	0.1961	0.8228	-0.0193	0.0239	0.9317	0.2153	-0.1765	0.669	-0.2603	0.6575	43.8331	2.5596	-37.27
8	1.5326	-0.079	0.9279	9.0511	-2.0817	1.085	-0.0172	0.364	0.3442	-0.3172	-0.1705	-0.0659	0.6156	0.6314	-0.2219	0.743	0.2278	0.0474	0.7848	0.1196	0.913	53.5707	25.6814	-46.0117
9	1.6719	1.0876	-0.7202	5.6748	-3.3915	3.6816	-0.2261	-0.5353	-0.8693	0.688	0.1743	0.4427	0.6837	-0.1124	0.1417	1.1569	0.1328	0.2538	0.7383	0.218	1.1148	30.367	-4.2467	-8.1433
10	4.0618	-0.1917	-1.7699	3.1217	-0.8759	5.0968	0.3744	0.3752	-0.046	0.1168	-0.1428	0.5118	-0.7847	-0.4189	-0.661	0.77	0.1321	-0.0161	0.5389	0.0185	0.6852	34.7153	13.7049	-24.4152
11	6.9719	1.9855	0.6391	7.0573	0.0755	5.685	-0.1921	-0.6988	-1.0574	0.8673	-0.0065	0.7592	0.588	-0.1811	0.2579	0.7368	0.0478	0.2045	0.4644	0.1241	0.6982	69.3224	-24.6997	-5.9574
12	4.9005	-1.168	-0.0214	3.4108	-1.102	2.4635	-0.1474	-0.042	-0.868	0.0681	0.1739	0.806	-0.2951	-0.1187	-0.0878	0.7268	0.0681	0.1469	0.3633	0.0679	0.6614	66.7209	-11.6825	-15.1914
13	2.2111	-0.0393	2.2394	3.1731	-1.6257	3.2018	-0.2055	-1.8605	-1.1056	0.7327	0.1197	-1.0043	0.8771	1.5837	0.0583	1.0491	0.4187	-0.2859	2.1241	0.2706	1.3471	95.6997	-9.5851	6.3708
14	2.5063	2.0991	-0.6369	5.8795	1.91	2.6323	-0.0263	-0.3901	0.6008	0.3874	0.0579	0.0918	0.2099	0.6859	0.0333	0.7401	0.0867	0.009	0.684	0.0321	0.5877	82.4167	-2.8989	-3.3368
15	6.8262	1.2065	-4.5888	2.265	-0.6218	5.0157	0.2462	1.6021	0.564	-0.4753	0.0532	-0.0397	-0.2784	-0.8562	-0.3222	0.7707	0.2447	0.0431	0.7889	0.137	0.5157	87.7245	-11.338	-37.6586
16	2.617	-1.49	0.5924	7.6152	1.3294	5.0913	0.0766	0.3066	1.8215	-0.4088	-0.2292	-0.6414	-1.3834	-0.1229	0.2282	1.1989	0.0453	0.1213	0.6245	0.0717	1.5123	108.9717	10.1863	-36.2414
17	5.5199	1.7336	1.552	1.9528	0.8174	1.8796	0.1109	-0.4141	0.0248	-0.0733	-0.1603	-0.5002	-0.0737	-0.2156	0.0287	0.9121	0.0775	0.141	0.7564	0.0211	0.9119	106.2013	-8.1396	-30.7996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:108)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 109:157)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 158:203)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 204:276)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 277:347)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 348:375)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq -1:130)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 131:163)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 164:329)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 330:373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq -2:108)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 109:181)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 182:301)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 302:373)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 0:190)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 191:295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 296:373)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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