PDB-4nbu: Crystal structure of FabG from Bacillus sp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nbu

タイトル

Crystal structure of FabG from Bacillus sp

要素

3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. SG-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Mcandrew, R.P. / Javidpour, P. / Beller, H.R. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Biochemical and Structural Studies of NADH-Dependent FabG Used To Increase the Bacterial Production of Fatty Acids under Anaerobic Conditions.
著者: Javidpour, P. / Pereira, J.H. / Goh, E.B. / McAndrew, R.P. / Ma, S.M. / Friedland, G.D. / Keasling, J.D. / Chhabra, S.R. / Adams, P.D. / Beller, H.R.

履歴

登録	2013年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nbu.cif.gz	393.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nbu.ent.gz	324.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nbu_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nbu_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	4nbu_validation.xml.gz	47.3 KB	表示
CIF形式データ	4nbu_validation.cif.gz	67.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/4nbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/4nbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nbtC 4nbvC 4nbwC 1q7bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tox-3 3tox-2 4cqm-1 5h5x-3 4ure-1 4cql-3 2ph3-1 3uf0-1 3uf0-3 2wdz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.412, 68.774, 70.000
Angle α, β, γ (deg.)	67.85, 88.65, 62.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase 分子量: 27040.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. SG-1 (バクテリア) / 遺伝子: BSG1_13201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6CQL2
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA 分子量: 851.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₈P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 938 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Sodium citrate and 20% PEG 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→23.32 Å / Num. all: 201546 / Num. obs: 201546 / % possible obs: 93.68 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.34→1.3731 Å / % possible all: 93.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1405)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q7B

1q7b

解像度: 1.34→23.32 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 17.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1644	2006	1 %
R_work	0.1557	-	-
obs	0.1558	201546	93.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→23.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7286	0	230	938	8454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	10497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.902	2889
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.3731	0.2583	110	0.2287	11873	X-RAY DIFFRACTION	78
1.3731-1.4102	0.198	133	0.2141	13164	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4102-1.4517	0.22	148	0.2016	13814	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4517-1.4985	0.2026	132	0.1861	14228	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4985-1.5521	0.1857	143	0.1669	14353	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5521-1.6142	0.1754	149	0.1533	14397	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6142-1.6877	0.1539	152	0.1464	14456	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6877-1.7766	0.15	150	0.1435	14490	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7766-1.8879	0.1426	146	0.1461	14657	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8879-2.0336	0.1642	151	0.1466	14668	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0336-2.238	0.1777	143	0.1431	14738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.238-2.5615	0.1379	153	0.1515	14847	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5615-3.2259	0.1553	147	0.1558	14912	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2259-23.3317	0.1651	149	0.1522	14943	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3027	0.2528	0.1846	0.9545	0.1681	1.1832	0.0045	0.173	-0.086	-0.3568	0.1434	0.2745	0.3207	-0.2236	-0.0724	0.2715	-0.0701	-0.077	0.1862	0.0095	0.1805	57.1027	24.7518	56.5112
2	0.814	0.3089	0.0224	0.9326	-0.1948	1.4537	0.0043	0.0958	-0.1145	-0.1416	0.0134	0.0079	0.2183	-0.0129	-0.0218	0.1468	-0.0072	-0.0158	0.0872	-0.0108	0.1038	69.5099	24.6102	67.2127
3	2.235	-0.0941	0.1292	2.2222	0.4074	1.7138	-0.0211	-0.1504	-0.0742	0.0492	-0.0102	0.3588	0.1521	-0.2993	0.012	0.1149	-0.0302	-0.0147	0.113	0.0173	0.1346	60.0317	38.5839	69.0949
4	2.627	-0.2382	0.4065	0.9724	0.1103	2.6785	-0.0279	-0.2253	0.0111	0.3316	-0.0221	-0.0113	-0.078	-0.0302	0.0331	0.1752	-0.0455	0.002	0.1105	-0.0102	0.0765	85.5837	62.5817	100.2781
5	1.9656	0.3028	0.7464	0.6854	0.0274	1.0813	-0.0241	-0.0157	0.0876	0.0256	-0.0449	-0.0073	-0.1348	0.0498	0.0646	0.1011	-0.0137	0.0089	0.0757	0.0018	0.0606	82.3634	62.7139	83.8518
6	1.957	0.6152	-0.1104	2.0457	0.1236	2.4686	0.0878	-0.1512	0.1578	0.1991	-0.1048	0.2886	-0.1279	-0.319	-0.0032	0.1181	-0.0094	0.0243	0.1017	-0.0124	0.1062	74.3518	50.1928	92.1504
7	3.9759	-0.8904	-0.0033	3.3127	0.0036	3.7699	0.0739	-0.0844	-0.1113	0.2395	-0.0662	-0.2366	0.1901	0.1453	0.0104	0.1327	-0.005	-0.0527	0.1058	0.0408	0.1167	90.1039	26.1219	98.4131
8	7.5441	4.0641	7.1043	4.2145	4.0296	8.107	0.4059	-0.0453	-0.4901	0.2199	-0.0348	-0.2385	0.776	0.1268	-0.3744	0.2422	0.0032	-0.0457	0.1355	0.0309	0.1524	86.9941	17.7185	95.9794
9	2.0447	-1.707	0.328	4.5414	1.0116	7.7248	0.2529	-0.416	-0.5142	0.6576	-0.0927	0.1857	0.9271	-0.4218	-0.1765	0.3488	-0.0702	-0.0346	0.2122	0.0992	0.2254	77.7934	15.6604	100.0213
10	0.9747	0.0804	0.0056	1.1689	-0.0228	2.5464	0.074	-0.0585	-0.077	0.0637	-0.0463	0.0022	0.1716	-0.0152	0.0014	0.0943	-0.0127	-0.018	0.0634	0.0084	0.0867	77.2002	26.4832	84.6522
11	2.8966	0.3031	-0.3728	3.2319	0.044	3.8909	0.0239	0.3743	-0.3274	-0.2405	-0.0454	-0.4731	0.3492	0.4066	0.0168	0.1647	0.0256	-0.0114	0.1341	-0.0032	0.155	88.0895	31.6397	83.362
12	4.2103	-2.7716	-2.3217	2.2229	1.379	1.3739	0.2418	0.5511	-0.0977	-0.6066	-0.4389	-0.4115	0.2974	0.247	-0.0025	0.2702	0.0751	0.0752	0.3036	-0.008	0.2839	97.6584	37.8526	74.9919
13	3.5402	-0.444	-1.3989	2.0805	0.3664	2.8878	0.0402	-0.1386	-0.0472	0.1105	-0.0409	-0.1144	0.0155	0.1012	0.0005	0.0823	-0.0242	-0.0132	0.0358	0.0086	0.0743	83.6159	40.059	89.7547
14	1.1214	0.1673	0.6943	0.7762	-0.1058	1.3954	-0.0899	0.0819	0.1523	-0.1155	0.0202	0.1365	-0.1479	-0.0333	0.0572	0.1248	-0.0013	-0.0234	0.0848	0.0079	0.109	68.2921	62.7037	61.71
15	1.4587	-0.4809	-0.0408	2.4136	-0.1053	2.5503	0.0092	0.132	0.1439	-0.2644	-0.0133	-0.2771	-0.0373	0.3232	0.0064	0.1431	-0.022	0.0057	0.1106	0.009	0.1027	75.5827	48.7656	60.0187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 179 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 69 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 70 through 179 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 180 through 250 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 9 through 56 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 57 through 69 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 70 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 85 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 180 through 200 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 201 through 218 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 219 through 250 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 9 through 179 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 180 through 250 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)