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- PDB-4nbr: Crystal Structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nbr
タイトルCrystal Structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase from Brucella melitensis ATCC 23457
要素Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / short chain dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus bv. 1 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase from Brucella melitensis ATCC 23457
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Structure summary
改定 1.22014年12月17日Group: Data collection
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2022
ポリマ－29,1101
非ポリマー921
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子

A: Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4054
ポリマ－58,2202
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
3
A: Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子

A: Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4054
ポリマ－58,2202
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.760, 76.620, 87.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-489-

HOH

21A-629-

HOH

31A-654-

HOH

41A-655-

HOH

51A-722-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase


分子量: 29110.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus bv. 1 (ウシ流産菌)
株: ATCC 23457 / 遺伝子: BruAb2_0805 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q577I6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: JCSG+(e1): 1M Sodium Citrate Tribasic, 0.1M Sodium Cacodylate/HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 53242 / Num. obs: 53190 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 18.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.35-1.390.4522.9115483387399.9
1.39-1.420.3834.0820296381499.9
1.42-1.460.3375.06221403654100
1.46-1.510.256.74218513601100
1.51-1.560.1918.7221169348599.9
1.56-1.610.179.88206323373100
1.61-1.670.13512198903254100
1.67-1.740.11414.2919231313499.9
1.74-1.820.09516.9618498301799.9
1.82-1.910.07520.59179252909100
1.91-2.010.06124.77169252748100
2.01-2.130.05229.36160442604100
2.13-2.280.04532.67150642447100
2.28-2.460.04235.8614028228499.9
2.46-2.70.0438.0812905210299.9
2.7-3.020.03741.6211775192499.9
3.02-3.490.03444.7110402170799.8
3.49-4.270.03247.648861146599.9
4.27-6.040.03247.566723113999.8
6.040.03445.99353465696.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SJ7

3sj7


解像度: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.1286 / WRfactor Rwork: 0.0981 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9235 / SU B: 1.341 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0398 / SU Rfree: 0.0399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1332 2702 5.1 %RANDOM
Rwork0.1004 ---
all0.102 55891 --
obs0.102 53189 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.3 Å2 / Biso mean: 15.711 Å2 / Biso min: 4.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-0 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 6 330 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9552931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84834745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33123.48886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.84915335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5631517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5051.1711105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5051.171104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8461.771388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.6734190
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.768570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.45354397
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 177 -
Rwork0.179 3693 -
all-3870 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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