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万見
- PDB-6zco: Crystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocaps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zco
タイトルCrystal Structure of C-terminal Dimerization Domain of Nucleocapsid Phosphoprotein from SARS-CoV-2, crystal form II
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / SARS Coronavirus 2
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.361 Å
データ登録者Zinzula, L. / Basquin, J. / Nagy, I. / Bracher, A.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: High-resolution structure and biophysical characterization of the nucleocapsid phosphoprotein dimerization domain from the Covid-19 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2.
著者: Zinzula, L. / Basquin, J. / Bohn, S. / Beck, F. / Klumpe, S. / Pfeifer, G. / Nagy, I. / Bracher, A. / Hartl, F.U. / Baumeister, W.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1231
ポリマ－15,1231
非ポリマー00
水2,738152
1
A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2462
ポリマ－30,2462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.203, 88.203, 42.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 15122.770 Da / 分子数: 1 / 断片: Dimerization domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
プラスミド: PRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: tba

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→44.096 Å / Num. obs: 34588 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.6 % / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.041 / Net I/av σ(I): 11.7 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.361-1.433.51.0930.744140.6981.4461.09386.6
1.43-1.525.80.743147630.3520.8750.74398.5
1.52-1.638.10.4331.745850.1720.4940.433100
1.63-1.768.90.2482.942510.0930.2790.248100
1.76-1.928.70.1524.439360.0630.1820.152100
1.92-2.159.30.077935630.0280.0860.077100
2.15-2.488.50.05312.931400.0220.0650.053100
2.48-3.048.80.03219.526670.0120.0360.032100
3.04-4.38.70.02424.520910.0090.0280.024100
4.3-44.0968.90.01832.611780.0060.020.01899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6yun

6yun


解像度: 1.361→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.352 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0468 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 1709 5 %RANDOM
Rwork0.1495 ---
obs0.1517 32473 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.48 Å2 / Biso mean: 28.894 Å2 / Biso min: 14.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---2.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.361→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数936 0 0 153 1089
Biso mean---41.64 -
残基数----118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.019992
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.9431342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02332176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0695123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.80923.40447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63915174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.93158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.0631935
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.7375101
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.69351962
LS精密化 シェル解像度: 1.362→1.397 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 97 -
Rwork0.504 1794 -
all-1891 -
obs--72.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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