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- PDB-4nav: Crystal structure of hypothetical protein XCC2798 from Xanthomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nav
タイトルCrystal structure of hypothetical protein XCC2798 from Xanthomonas campestris, Target EFI-508608
要素HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Glenn, A.S. / Chowdhury, S. ...Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Glenn, A.S. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Zhao, S.C. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Stead, M. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein XCC2798 from Xanthomonas campestris, Target EFI-508608
著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Zhao, S. / Hillerich, B. / ...著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Zhao, S. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Stead, M. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
A: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
B: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
C: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2694
ポリマ－78,2694
非ポリマー00
水66737
1
D: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
C: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279

D: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
C: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2694
ポリマ－78,2694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9880 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26400 Å2
手法PISA
2
A: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
B: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279

A: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279
B: HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2694
ポリマ－78,2694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9580 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.903, 156.017, 111.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22B
13D
23C
14A
24B
15A
25C
16B
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROSERSERDA2 - 1812 - 181
21PROPROSERSERAB2 - 1812 - 181
12METMETPHEPHEDA1 - 1801 - 180
22METMETPHEPHEBC1 - 1801 - 180
13METMETALAALADA1 - 1821 - 182
23METMETALAALACD1 - 1821 - 182
14PROPROPHEPHEAB2 - 1802 - 180
24PROPROPHEPHEBC2 - 1802 - 180
15PROPROSERSERAB2 - 1812 - 181
25PROPROSERSERCD2 - 1812 - 181
16METMETPHEPHEBC1 - 1801 - 180
26METMETPHEPHECD1 - 1801 - 180

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL PROTEIN XCC279


分子量: 19567.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: ATCC 33913 / 遺伝子: XCC2798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8P716
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 85mM Tris-HCl, pH 8.5 0.17M sodium acetate 25.5% PEG4000,15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→111.51 Å / Num. all: 21987 / Num. obs: 21866 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.69→2.83 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 3145 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3N1U

3n1u


解像度: 2.69→78.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 32.272 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1095 5.2 %RANDOM
Rwork0.24358 ---
obs0.24516 20128 96.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→78.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5331 0 0 37 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9627396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.196311827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4495722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20123.932234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.60915804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1131541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4892.5012900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4892.5012899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4473.7483618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4473.7483619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8622.6362527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8612.6362528
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0393.883779
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.51519.3915798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.51519.3925799
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D100280.08
12A100280.08
21D97920.09
22B97920.09
31D96940.1
32C96940.1
41A98930.08
42B98930.08
51A97700.11
52C97700.11
61B98220.09
62C98220.09
LS精密化 シェル解像度: 2.688→2.758 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 90 -
Rwork0.316 1490 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03-0.36411.30190.8449-0.34162.34940.24190.0589-0.0791-0.03710.04980.08510.37040.1643-0.29180.16420.0322-0.15410.07240.01190.2567-6.337321.87547.4112
22.3568-0.3186-0.45230.41410.13051.18110.26890.24210.63280.023-0.0588-0.0118-0.19380.021-0.21010.230.04260.29980.04860.12160.526810.658264.36659.0753
31.74820.04661.19651.23890.82772.61210.12030.07160.5933-0.0188-0.1190.1005-0.2059-0.1871-0.00130.18520.06610.24260.03950.09530.4646-18.893764.209816.959
42.3466-0.90490.09690.7306-0.05472.88480.1594-0.3127-0.2764-0.11940.03720.11860.2903-0.6983-0.19660.1516-0.1001-0.16560.23720.0880.2376-20.832621.420834.3147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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